Locus 5523

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	15,789,734 – 15,789,888
Length	154
Max. P	0.993239

overview

Window 5

Location	15,789,734 – 15,789,854
Length	120
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.03
Mean single sequence MFE	-36.77
Consensus MFE	-35.29
Energy contribution	-35.60
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.59
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	2.38
SVM RNA-class probability	0.993239
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15789734 120 + 22407834
CUGAGUGUAUGUGUGUACAUCAUAUGUGUAGCCUCCCUAUCCACAACUUUCCCAUGGCGAUAUGUCUCGCUUUGCGGUGCUUGUGGCUAAUUUGAUAAAUAUGCACGCGUUUAUUCAAAU
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>DroSec_CAF1 13603 120 + 1
CUGAGUGUAUGCGUGUACAUCAUAUGUGUAGCCUCUCUAUCCCCAACUUUCCCAGGGCGAUAUGUCUCGCUCUGCGGUGCUUGUGGCUAAUUUGAUAAAUAUGCGCGCGUUUAUUCAAAU
.((((((.(((((((((.((((......(((((.(...............((((((((((......)))))))).)).....).)))))...)))).....))))))))).))))))... ( -38.15)
>DroSim_CAF1 4791 120 + 1
CUGAGUGUAUGUGUGUACAUCAUAUGUGUAGCCUCCCUAUCCACAACUUUCCCAGGGCGAUAUGUCUCGCUCUGCGGUGCUUGUGGCUAAUUUGAUAAAUAUGCGCGCGUUUAUUCAAAU
.((((((.(((((((((.((((......(((((.........((((....((((((((((......)))))))).))...)))))))))...)))).....))))))))).))))))... ( -38.00)
>DroEre_CAF1 11663 117 + 1
CUCAGUGUAUGUGUGUACA---UAUGUGUAGCAUCCCUAUCCACAACUUUCCCAGGGCGAGAUGUCUCGCUCUGCGGUGCUUGUGGUUAAUUUGAUUAAUAUGCACGCGUUUAUUCAAAU
...((((.(((((((..((---(((......((.......((((((....(((((((((((....))))))))).))...))))))......))....)))))))))))).))))..... ( -37.82)
>consensus
CUGAGUGUAUGUGUGUACAUCAUAUGUGUAGCCUCCCUAUCCACAACUUUCCCAGGGCGAUAUGUCUCGCUCUGCGGUGCUUGUGGCUAAUUUGAUAAAUAUGCACGCGUUUAUUCAAAU
.((((((.(((((((((..........((((.....))))((((((....((((((((((......)))))))).))...))))))...............))))))))).))))))... (-35.29 = -35.60 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	15,789,774 – 15,789,888
Length	114
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.56
Mean single sequence MFE	-38.60
Consensus MFE	-26.50
Energy contribution	-28.46
Covariance contribution	1.96
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-1.96
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.59
SVM RNA-class probability	0.792516
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15789774 114 + 22407834
CCACAACUUUCCCAUGGCGAUAUGUCUCGCUUUGCGGUGCUUGUGGCUAAUUUGAUAAAUAUGCACGCGUUUAUUCAAAUCAAUCAGAGUCAGGCGCCG--ACGAGCGCUGCUGGA----
...........(((.(((((......)))))..((((((((((((((..((((((.....(((....)))....))))))........(.....)))).--)))))))))))))).---- ( -34.20)
>DroSec_CAF1 13643 114 + 1
CCCCAACUUUCCCAGGGCGAUAUGUCUCGCUCUGCGGUGCUUGUGGCUAAUUUGAUAAAUAUGCGCGCGUUUAUUCAAAUCAAUCAGAGUCAGACGCCG--ACGAGAGCUGCCGGA----
.((((.(((((.((((((((......))))))))(((((..(.(((((...(((((.((((.((....)).))))...)))))....))))).))))))--..))))).))..)).---- ( -34.20)
>DroAna_CAF1 12597 101 + 1
CCCCGACUUGG-------------------CCUGUGGUGUUUGUGGCUAAUUUGAUAAAUAUGCGCGCGUUUAUUCAAAUCAAUCAGCGUCAGAAGCCACCACGGGUGGCGCUGGGGUGG
(((((.(.(.(-------------------((((((((((((.((((....(((((.((((.((....)).))))...))))).....)))).))).)))))))))).).).)))))... ( -38.00)
>DroSim_CAF1 4831 114 + 1
CCACAACUUUCCCAGGGCGAUAUGUCUCGCUCUGCGGUGCUUGUGGCUAAUUUGAUAAAUAUGCGCGCGUUUAUUCAAAUCAAUCAGAGUCAGGCGCCG--ACAAGAGCUGCUGGA----
(((((.((((..((((((((......))))))))(((((((..(((((...(((((.((((.((....)).))))...)))))....))))))))))))--...)))).)).))).---- ( -38.20)
>DroEre_CAF1 11700 114 + 1
CCACAACUUUCCCAGGGCGAGAUGUCUCGCUCUGCGGUGCUUGUGGUUAAUUUGAUUAAUAUGCACGCGUUUAUUCAAAUCAAUCAGAGUCAGGCGCCG--ACGAGAGCUGCUGGA----
(((((.(((((.(((((((((....)))))))))((((((((((((((.((((((.(((.(((....)))))).)))))).)))))....)))))))))--..))))).)).))).---- ( -48.40)
>consensus
CCACAACUUUCCCAGGGCGAUAUGUCUCGCUCUGCGGUGCUUGUGGCUAAUUUGAUAAAUAUGCGCGCGUUUAUUCAAAUCAAUCAGAGUCAGGCGCCG__ACGAGAGCUGCUGGA____
(((((.(((((.((((((((......))))))))(((((((((...((...(((((.((((.((....)).))))...)))))..))...)))))))))....))))).)).)))..... (-26.50 = -28.46 +   1.96)

alignment

secondary structure

dotplot

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