Locus 5505

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	15,752,956 – 15,753,086
Length	130
Max. P	0.988367

overview

Window 5

Location	15,752,956 – 15,753,064
Length	108
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.13
Mean single sequence MFE	-39.64
Consensus MFE	-26.30
Energy contribution	-26.80
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.18
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	2.10
SVM RNA-class probability	0.987886
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15752956 108 + 22407834
U----GAUUGGCUCU-------GUAAUUGGACGAUUCGGCUGACUCCCUAAGCGCAUCCUGCGCUUAGAGAGCUGUUACUUAUACGGAUGUCUGAGGCACUCCCUCCACCAGGUGGGUU
.----...((.(((.-------......((((.(((((((.(.(((.((((((((.....)))))))).)))).))........)))))))))))).))..(((.((....)).))).. ( -34.41)
>DroVir_CAF1 4453 99 + 1
UCAUUGAAAG-------------------GGCUAUGUGGAUU-CUCUCUAAGCGCAUCCCGCGCUUAGAGAGCGGUUACUUAGACAGAUGUCUGGGGCACACCCUCCACCAGCUGCGUU
..........-------------------((((..(((((..-((((((((((((.....)))))))))))).(((..(((((((....)))))))....))).))))).))))..... ( -42.30)
>DroPse_CAF1 4748 112 + 1
C----GAAAGGCUUAUUGG---UUGGUUGGAUGGUUCGAUUUACUCUCUAAGCGCAUCCCGCGCUUAGAGAGCGGUUUCUUAAACGGAGGUCUGGGGCACGCCUUCUACCAGCUGUGUG
(----....).......((---(((((.((...((((......((((((((((((.....))))))))))))((((((((.....))))).)))))))...))....)))))))..... ( -41.80)
>DroWil_CAF1 8848 98 + 1
-----GAAAGGAUU----------------AUGGUUUAUUUCACUCUCUAAACGCAUCCCGCGCUUAGAGAGCGGUUACUUAGACUGAUGUCUGAGGUAUGCCCUCCACUAGCUCUGUA
-----...((..((----------------((((.........((((((((.(((.....))).)))))))).(((..(((((((....)))))))....)))..))).)))..))... ( -31.50)
>DroAna_CAF1 4647 113 + 1
C----GAAAGGCUGU--GGUACGUUGUUGGACGAUUCGGCUGACUCUCUAAGCGCAUCCCGCACUUAGAGAGCUGUUACUUAGACGGACGUCUGGGGCACUCCCUCCACCAGCUGGGUG
.----....((((((--((.........(((((.((((.(((((((((((((.((.....)).))))))))).......)))).)))))))))(((.....))).))).)))))..... ( -40.61)
>DroPer_CAF1 4779 112 + 1
C----GAAAGGCUUAUUGG---UUGGUUGGAUGGUUCGAUUUACUCUCUAAGCGCAUCCCGCGCUUAGAGAGCGGUUUCUUAGACGGAGGUCUGGGGCACGCCUUCUACCAGCUGUGUG
(----....).......((---(((((.(((.(((........((((((((((((.....))))))))))))..((.((((((((....)))))))).))))).))))))))))..... ( -47.20)
>consensus
C____GAAAGGCUU_________U_GUUGGACGAUUCGGUUUACUCUCUAAGCGCAUCCCGCGCUUAGAGAGCGGUUACUUAGACGGAUGUCUGGGGCACGCCCUCCACCAGCUGUGUG
.........((................................((((((((((((.....))))))))))))..((..(((((((....)))))))..))........))......... (-26.30 = -26.80 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	15,752,956 – 15,753,064
Length	108
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.13
Mean single sequence MFE	-35.27
Consensus MFE	-26.27
Energy contribution	-26.75
Covariance contribution	0.48
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-2.09
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	2.12
SVM RNA-class probability	0.988367
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15752956 108 - 22407834
AACCCACCUGGUGGAGGGAGUGCCUCAGACAUCCGUAUAAGUAACAGCUCUCUAAGCGCAGGAUGCGCUUAGGGAGUCAGCCGAAUCGUCCAAUUAC-------AGAGCCAAUC----A
........((((.((((.....)))).(((....((.......)).(((((((((((((.....)))))))))))))..........))).......-------...))))...----. ( -33.60)
>DroVir_CAF1 4453 99 - 1
AACGCAGCUGGUGGAGGGUGUGCCCCAGACAUCUGUCUAAGUAACCGCUCUCUAAGCGCGGGAUGCGCUUAGAGAG-AAUCCACAUAGCC-------------------CUUUCAAUGA
......(((((((((.(((.(((...((((....))))..)))))).((((((((((((.....))))))))))))-..))))).)))).-------------------.......... ( -40.90)
>DroPse_CAF1 4748 112 - 1
CACACAGCUGGUAGAAGGCGUGCCCCAGACCUCCGUUUAAGAAACCGCUCUCUAAGCGCGGGAUGCGCUUAGAGAGUAAAUCGAACCAUCCAACCAA---CCAAUAAGCCUUUC----G
.............((((((((..(..((((....))))..)..)).(((((((((((((.....)))))))))))))....................---.......)))))).----. ( -31.30)
>DroWil_CAF1 8848 98 - 1
UACAGAGCUAGUGGAGGGCAUACCUCAGACAUCAGUCUAAGUAACCGCUCUCUAAGCGCGGGAUGCGUUUAGAGAGUGAAAUAAACCAU----------------AAUCCUUUC-----
(((..........((((.....))))((((....))))..)))..((((((((((((((.....))))))))))))))...........----------------.........----- ( -33.50)
>DroAna_CAF1 4647 113 - 1
CACCCAGCUGGUGGAGGGAGUGCCCCAGACGUCCGUCUAAGUAACAGCUCUCUAAGUGCGGGAUGCGCUUAGAGAGUCAGCCGAAUCGUCCAACAACGUACC--ACAGCCUUUC----G
......((((.(((.(((.....))).((((....((...((....(((((((((((((.....)))))))))))))..)).))..))))..........))--))))).....----. ( -38.40)
>DroPer_CAF1 4779 112 - 1
CACACAGCUGGUAGAAGGCGUGCCCCAGACCUCCGUCUAAGAAACCGCUCUCUAAGCGCGGGAUGCGCUUAGAGAGUAAAUCGAACCAUCCAACCAA---CCAAUAAGCCUUUC----G
.............((((((((..(..((((....))))..)..)).(((((((((((((.....)))))))))))))....................---.......)))))).----. ( -33.90)
>consensus
CACACAGCUGGUGGAGGGCGUGCCCCAGACAUCCGUCUAAGUAACCGCUCUCUAAGCGCGGGAUGCGCUUAGAGAGUAAACCGAACCAUCCAAC_A_________AAGCCUUUC____G
............((((((........((((....))))........(((((((((((((.....)))))))))))))...............................))))))..... (-26.27 = -26.75 +   0.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	15,752,984 – 15,753,086
Length	102
Sequences	6
Columns	102
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.91
Mean single sequence MFE	-41.49
Consensus MFE	-33.46
Energy contribution	-34.63
Covariance contribution	1.17
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-1.96
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	0.49
SVM RNA-class probability	0.754777
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15752984 102 + 22407834
CUGACUCCCUAAGCGCAUCCUGCGCUUAGAGAGCUGUUACUUAUACGGAUGUCUGAGGCACUCCCUCCACCAGGUGGGUUCUCCUCGGCUGAGCCGCUGGCU
....(((.((((((((.....)))))))).)))((((.......))))..(.((((((....(((.((....)).)))....)))))))..((((...)))) ( -38.40)
>DroVir_CAF1 4473 101 + 1
AUU-CUCUCUAAGCGCAUCCCGCGCUUAGAGAGCGGUUACUUAGACAGAUGUCUGGGGCACACCCUCCACCAGCUGCGUUCGACGCGGCUGCACCGCUGGCU
...-.(((((((((((.....)))))))))))(((((..(((((((....))))))).............((((((((.....)))))))).)))))..... ( -49.00)
>DroPse_CAF1 4780 102 + 1
UUUACUCUCUAAGCGCAUCCCGCGCUUAGAGAGCGGUUUCUUAAACGGAGGUCUGGGGCACGCCUUCUACCAGCUGUGUGCGUCGGGGUUGAGCCGCUGGCU
.....(((((((((((.....)))))))))))((((((((((.....))).(((((.((((((............)))))).)))))...)))))))..... ( -42.40)
>DroGri_CAF1 4512 102 + 1
AUCACUCCCUAAGCGCAUCGCGCACUUAGAGAGCGGUUACUUAGACAGACGUCUGUGGCACCCCCUCCACCAGCUGCGUGCGUCGUGGCUGGGCAGCCGGCU
....(((.(((((.((.....)).))))).)))(((((.(((((.(((((((.((..((.............))..)).))))).)).))))).)))))... ( -37.82)
>DroMoj_CAF1 4500 101 + 1
AUU-CUCUCUAAGCGCAUCGCGCGCCUAGAGAGCGGUUACUUAGACGGAUGUUUGGGGCACGCCCUCCACCAGCUGAGUGCGUCGUGGCUGUACCGCCGGCU
...-(((((((.((((.....)))).)))))))..((.((((((..((.((...((((....)))).))))..))))))))(((((((.....))).)))). ( -39.20)
>DroAna_CAF1 4680 102 + 1
CUGACUCUCUAAGCGCAUCCCGCACUUAGAGAGCUGUUACUUAGACGGACGUCUGGGGCACUCCCUCCACCAGCUGGGUGCGUCUCGGCUGCGGCGCCGGCU
....(((((((((.((.....)).)))))))))............(((.(((((((((......))))).((((((((.....)))))))).)))))))... ( -42.10)
>consensus
AUUACUCUCUAAGCGCAUCCCGCGCUUAGAGAGCGGUUACUUAGACGGAUGUCUGGGGCACGCCCUCCACCAGCUGCGUGCGUCGCGGCUGAGCCGCCGGCU
....((((((((((((.....))))))))))))((((..(((((((....))))))).............((((((((.....))))))))....))))... (-33.46 = -34.63 +   1.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	15,752,984 – 15,753,086
Length	102
Sequences	6
Columns	102
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.91
Mean single sequence MFE	-43.07
Consensus MFE	-31.11
Energy contribution	-31.28
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.24
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	0.29
SVM RNA-class probability	0.669670
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15752984 102 - 22407834
AGCCAGCGGCUCAGCCGAGGAGAACCCACCUGGUGGAGGGAGUGCCUCAGACAUCCGUAUAAGUAACAGCUCUCUAAGCGCAGGAUGCGCUUAGGGAGUCAG
.....((((.....(.((((....(((.((....)).)))....)))).)....))))..........(((((((((((((.....)))))))))))))... ( -41.30)
>DroVir_CAF1 4473 101 - 1
AGCCAGCGGUGCAGCCGCGUCGAACGCAGCUGGUGGAGGGUGUGCCCCAGACAUCUGUCUAAGUAACCGCUCUCUAAGCGCGGGAUGCGCUUAGAGAG-AAU
.((((((((.....))(((.....))).))))))((.(((....))).((((....))))......)).((((((((((((.....))))))))))))-... ( -48.20)
>DroPse_CAF1 4780 102 - 1
AGCCAGCGGCUCAACCCCGACGCACACAGCUGGUAGAAGGCGUGCCCCAGACCUCCGUUUAAGAAACCGCUCUCUAAGCGCGGGAUGCGCUUAGAGAGUAAA
.((((((.((((......)).)).....)))))).(.((((........).))).)............(((((((((((((.....)))))))))))))... ( -37.80)
>DroGri_CAF1 4512 102 - 1
AGCCGGCUGCCCAGCCACGACGCACGCAGCUGGUGGAGGGGGUGCCACAGACGUCUGUCUAAGUAACCGCUCUCUAAGUGCGCGAUGCGCUUAGGGAGUGAU
....(((.((((..((((.(.((.....))).))))...)))))))((((....)))).........((((((((((((((.....)))))))))))))).. ( -46.90)
>DroMoj_CAF1 4500 101 - 1
AGCCGGCGGUACAGCCACGACGCACUCAGCUGGUGGAGGGCGUGCCCCAAACAUCCGUCUAAGUAACCGCUCUCUAGGCGCGCGAUGCGCUUAGAGAG-AAU
....((.(((((.(((.(..(((.(......))))..))))))))))).....................((((((((((((.....))))))))))))-... ( -41.40)
>DroAna_CAF1 4680 102 - 1
AGCCGGCGCCGCAGCCGAGACGCACCCAGCUGGUGGAGGGAGUGCCCCAGACGUCCGUCUAAGUAACAGCUCUCUAAGUGCGGGAUGCGCUUAGAGAGUCAG
...((((......))))(((((.((....((((.((........))))))..)).)))))........(((((((((((((.....)))))))))))))... ( -42.80)
>consensus
AGCCAGCGGCGCAGCCGCGACGCACCCAGCUGGUGGAGGGAGUGCCCCAGACAUCCGUCUAAGUAACCGCUCUCUAAGCGCGGGAUGCGCUUAGAGAGUAAU
.((((((.....................))))))...(((....))).((((....))))........(((((((((((((.....)))))))))))))... (-31.11 = -31.28 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

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