Locus 5496

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 15,713,110 – 15,713,250
Length 140
Max. P 0.940644
window8718 window8719 window8720 window8721

overview

Window 8

Location 15,713,110 – 15,713,218
Length 108
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.87
Mean single sequence MFE -33.23
Consensus MFE -25.23
Energy contribution -24.70
Covariance contribution -0.53
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.24
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 0.30
SVM RNA-class probability 0.677144
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15713110 108 + 22407834
AUGGGGGUUUAUGGGGAGUU--GGGGAAUUGGAAGGCCAGCCAGAGGUUACGGGGUAUUGGUCAAGCCUUGAGAUUUUACGCAGCUGCGUAAGCUGCGUGGCU-----AUAGUAC--
........((((((....(.--.(((........((((((((...(....)..)))..)))))...)))..)....((((((((((.....))))))))))))-----))))...-- ( -31.40)
>DroVir_CAF1 72141 101 + 1
AUGGGG----AUGGGGGGUA------UAUUGUAGUGUUUG-CCGAGGUUACGAGGCAUUGGUCAAGCCUUGAGAUUUUACGCAGCUGCGUAAGCUGCGUGGCUGU---GUAGUAC--
......----..((.(..((------(......)))..).-))((((((.((((((.........)))))).))))))(((((((..(((.....)))..)))))---)).....-- ( -34.00)
>DroSec_CAF1 41494 108 + 1
AUGGGGAUUUAUGUGGAGUU--GGGGAAUUGGAAGGCCAGACAGAGGUUACGGGGUAUUGGUCAAGCCUUGAGAUUUUACGCAGCUGCGUAAGCUGCGUGGCU-----AUAGUAC--
...........(((((....--...(((((..(((((..(((...(((........))).)))..)))))..)))))(((((((((.....))))))))).))-----)))....-- ( -30.30)
>DroEre_CAF1 40555 113 + 1
AUGGGGAUUUAUGGGGAGUU--UGGGAAUUGGAAGGCCAACCAGAGGUUACGGGGUAUUGGUCAAGCCUUGAGAUUUUACGCAGCUGCGUAAGCUGCGUGGCUAUGCUAUAGUAC--
........((((((.(((((--..((((((..(((((..(((((.(.(.....).).)))))...)))))..))))))((((((((.....)))))))))))).).))))))...-- ( -32.30)
>DroMoj_CAF1 43411 107 + 1
GUGGGU----AGGGGGAGUGUUGGGCUGUAGUAGUGUUUG-UCGAGGUUACGAGGCAUUGGUCAAGCCUUGAGAUUUUACGCAGCUGCGUAAGCUGCGUGGCUGU---GUAGUAC--
......----.....((((.(((((((..(.(((((((..-(((......)))))))))).)..)))).))).))))((((((((..(((.....)))..)))))---)))....-- ( -34.30)
>DroAna_CAF1 32870 108 + 1
-UGAGGACUCCAG-GGAACA--GGAGAAGGGGAGGCCAGGCCAGAGGUUACGAGGUAUUGGUCAAGCCUUGAGAUUUUACGCAGCUGCGUAAGCUGCGUGGCU-----AUAGUACAC
-......((((.(-....).--))))..((.....)).((((.((((((.((((((.........)))))).))))))((((((((.....))))))))))))-----......... ( -37.10)
>consensus
AUGGGGAUUUAUGGGGAGUU__GGGGAAUUGGAAGGCCAGCCAGAGGUUACGAGGUAUUGGUCAAGCCUUGAGAUUUUACGCAGCUGCGUAAGCUGCGUGGCU_____AUAGUAC__
...................................(((.....((((((.((((((.........)))))).))))))((((((((.....)))))))))))............... (-25.23 = -24.70 +  -0.53)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 15,713,110 – 15,713,218
Length 108
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.87
Mean single sequence MFE -22.72
Consensus MFE -15.33
Energy contribution -15.33
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.46
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 1.31
SVM RNA-class probability 0.940644
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15713110 108 - 22407834
--GUACUAU-----AGCCACGCAGCUUACGCAGCUGCGUAAAAUCUCAAGGCUUGACCAAUACCCCGUAACCUCUGGCUGGCCUUCCAAUUCCCC--AACUCCCCAUAAACCCCCAU
--.......-----....((((((((.....))))))))........((((((.(.(((...............)))).))))))..........--.................... ( -21.86)
>DroVir_CAF1 72141 101 - 1
--GUACUAC---ACAGCCACGCAGCUUACGCAGCUGCGUAAAAUCUCAAGGCUUGACCAAUGCCUCGUAACCUCGG-CAAACACUACAAUA------UACCCCCCAU----CCCCAU
--.......---...(((((((((((.....)))))))).........((((.........)))).........))-).............------..........----...... ( -23.00)
>DroSec_CAF1 41494 108 - 1
--GUACUAU-----AGCCACGCAGCUUACGCAGCUGCGUAAAAUCUCAAGGCUUGACCAAUACCCCGUAACCUCUGUCUGGCCUUCCAAUUCCCC--AACUCCACAUAAAUCCCCAU
--.......-----....((((((((.....))))))))........((((((.(((..................))).))))))..........--.................... ( -21.57)
>DroEre_CAF1 40555 113 - 1
--GUACUAUAGCAUAGCCACGCAGCUUACGCAGCUGCGUAAAAUCUCAAGGCUUGACCAAUACCCCGUAACCUCUGGUUGGCCUUCCAAUUCCCA--AACUCCCCAUAAAUCCCCAU
--................((((((((.....))))))))........((((((.(((((...............)))))))))))..........--.................... ( -22.76)
>DroMoj_CAF1 43411 107 - 1
--GUACUAC---ACAGCCACGCAGCUUACGCAGCUGCGUAAAAUCUCAAGGCUUGACCAAUGCCUCGUAACCUCGA-CAAACACUACUACAGCCCAACACUCCCCCU----ACCCAC
--....(((---......((((((((.....)))))))).........((((.........)))).))).......-..............................----...... ( -18.30)
>DroAna_CAF1 32870 108 - 1
GUGUACUAU-----AGCCACGCAGCUUACGCAGCUGCGUAAAAUCUCAAGGCUUGACCAAUACCUCGUAACCUCUGGCCUGGCCUCCCCUUCUCC--UGUUCC-CUGGAGUCCUCA-
.........-----.(((((((((((.....)))))))).........(((((.((....(((...)))...)).))))))))........((((--......-..))))......- ( -28.80)
>consensus
__GUACUAU_____AGCCACGCAGCUUACGCAGCUGCGUAAAAUCUCAAGGCUUGACCAAUACCCCGUAACCUCUGGCUGGCCCUCCAAUUCCCC__AACUCCCCAUAAAUCCCCAU
..............((((((((((((.....))))))))..........))))................................................................ (-15.33 = -15.33 +   0.00)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 0

Location 15,713,145 – 15,713,250
Length 105
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.00
Mean single sequence MFE -38.47
Consensus MFE -24.90
Energy contribution -23.93
Covariance contribution -0.97
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -3.09
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 1.04
SVM RNA-class probability 0.905931
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15713145 105 + 22407834
CAGCCAGAGGUUACGGGGUAUUGGUCAAGCCUUGAGAUUUUACGCAGCUGCGUAAGCUGCGUGGCU--AUAGUAC------ACGAUAA-ACCGUUAUUAUGUGCCAUGUG---CCCC
.((((...))))..(((((((((((..((((..........((((((((.....))))))))))))--((((((.------(((....-..)))))))))..)))).)))---)))) ( -37.50)
>DroVir_CAF1 72168 109 + 1
UUG-CCGAGGUUACGAGGCAUUGGUCAAGCCUUGAGAUUUUACGCAGCUGCGUAAGCUGCGUGGCUGUGUAGUAC------ACGAUAAUACCGUUAUUAUGUACUACACGA-AUACC
..(-((((((((.((((((.........)))))).))))))((((((((.....)))))))))))((((((((((------(..(((((...)))))..))))))))))).-..... ( -48.30)
>DroPse_CAF1 47243 103 + 1
--GUCAAAGGUUACGAGGUAUUGGUCAAGCCUUGAGAUUUAACGCAGCUGCGUAAGCUGCGUGGCU--GUAGUAC------ACGUUAA-GCCGUUAUUAUGUGCCAUGUA---UAUG
--.....(((((.((((((.........)))))).))))).((((((((.....))))))))((((--((((((.------(((....-..)))))))))).))).....---.... ( -31.60)
>DroGri_CAF1 44383 109 + 1
CCG-CCUAGGCUAAG-GGCAUUGGUCAAGCCUUGAGAUUUUACGCAGCUGCGUAAGCUGCAUGGCUGUGUAGUAC------ACGAUAAUACCGUUAUUAUGUAUCGCACUAUACACC
..(-((.(((((...-(((....))).)))))...........((((((.....))))))..))).(((..((((------(..(((((...)))))..)))))..)))........ ( -36.70)
>DroMoj_CAF1 43444 109 + 1
UUG-UCGAGGUUACGAGGCAUUGGUCAAGCCUUGAGAUUUUACGCAGCUGCGUAAGCUGCGUGGCUGUGUAGUAC------ACGAUAAUGCCGUUAUUAUAUACUAUACGA-AUACA
..(-((((((((.((((((.........)))))).))))))((((((((.....)))))))))))(((((((((.------(..(((((...)))))..).))))))))).-..... ( -37.70)
>DroAna_CAF1 32903 110 + 1
AGGCCAGAGGUUACGAGGUAUUGGUCAAGCCUUGAGAUUUUACGCAGCUGCGUAAGCUGCGUGGCU--AUAGUACACGUUCACGAUAA-ACCGUUAUUAUGUGCUAUAUA---CAC-
.((((.((((((.((((((.........)))))).))))))((((((((.....))))))))))))--((((((((.....(((....-..))).....))))))))...---...- ( -39.00)
>consensus
CUG_CAGAGGUUACGAGGCAUUGGUCAAGCCUUGAGAUUUUACGCAGCUGCGUAAGCUGCGUGGCU__GUAGUAC______ACGAUAA_ACCGUUAUUAUGUACCAUACG___CACC
........(((((((((((.........)))))..........((((((.....))))))))))))..((.((((......(((.......)))......)))).)).......... (-24.90 = -23.93 +  -0.97)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 15,713,145 – 15,713,250
Length 105
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.00
Mean single sequence MFE -30.59
Consensus MFE -17.45
Energy contribution -17.53
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.16
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.06
SVM RNA-class probability 0.563695
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15713145 105 - 22407834
GGGG---CACAUGGCACAUAAUAACGGU-UUAUCGU------GUACUAU--AGCCACGCAGCUUACGCAGCUGCGUAAAAUCUCAAGGCUUGACCAAUACCCCGUAACCUCUGGCUG
((((---...((((.(((..((((....-))))..)------)).))))--((((((((((((.....))))))))..........)))).........)))).............. ( -29.20)
>DroVir_CAF1 72168 109 - 1
GGUAU-UCGUGUAGUACAUAAUAACGGUAUUAUCGU------GUACUACACAGCCACGCAGCUUACGCAGCUGCGUAAAAUCUCAAGGCUUGACCAAUGCCUCGUAACCUCGG-CAA
.....-..((((((((((..((((.....))))..)------))))))))).(((((((((((.....)))))))).........((((.........)))).........))-).. ( -40.60)
>DroPse_CAF1 47243 103 - 1
CAUA---UACAUGGCACAUAAUAACGGC-UUAACGU------GUACUAC--AGCCACGCAGCUUACGCAGCUGCGUUAAAUCUCAAGGCUUGACCAAUACCUCGUAACCUUUGAC--
....---.....(((........(((..-....)))------.......--.)))((((((((.....))))))))......((((((..(((........)))....)))))).-- ( -23.09)
>DroGri_CAF1 44383 109 - 1
GGUGUAUAGUGCGAUACAUAAUAACGGUAUUAUCGU------GUACUACACAGCCAUGCAGCUUACGCAGCUGCGUAAAAUCUCAAGGCUUGACCAAUGCC-CUUAGCCUAGG-CGG
.(((((..(..(((((.(((.......)))))))).------.)..))))).(((((((((((.....)))))))).........(((((...........-...))))).))-).. ( -33.14)
>DroMoj_CAF1 43444 109 - 1
UGUAU-UCGUAUAGUAUAUAAUAACGGCAUUAUCGU------GUACUACACAGCCACGCAGCUUACGCAGCUGCGUAAAAUCUCAAGGCUUGACCAAUGCCUCGUAACCUCGA-CAA
.((((-(.((.(((((((..((((.....))))..)------))))))((.((((((((((((.....))))))))..........)))))))).))))).(((......)))-... ( -28.30)
>DroAna_CAF1 32903 110 - 1
-GUG---UAUAUAGCACAUAAUAACGGU-UUAUCGUGAACGUGUACUAU--AGCCACGCAGCUUACGCAGCUGCGUAAAAUCUCAAGGCUUGACCAAUACCUCGUAACCUCUGGCCU
-(((---..(((((.((((....((((.-...))))....)))).))))--)..)))((((((.....))))))...........(((((.((....(((...)))...)).))))) ( -29.20)
>consensus
GGUA___CAUAUAGCACAUAAUAACGGU_UUAUCGU______GUACUAC__AGCCACGCAGCUUACGCAGCUGCGUAAAAUCUCAAGGCUUGACCAAUACCUCGUAACCUCGG_CAA
..........((((.((......((((.....))))......)).))))..((((((((((((.....))))))))..........))))........................... (-17.45 = -17.53 +   0.08)

alignment

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secondary structure

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