Locus 5482

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 15,647,169 – 15,647,289
Length 120
Max. P 0.874274
window8698 window8699

overview

Window 8

Location 15,647,169 – 15,647,289
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.89
Mean single sequence MFE -44.97
Consensus MFE -31.50
Energy contribution -32.00
Covariance contribution 0.50
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -3.48
Structure conservation index 0.70
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.508452
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15647169 120 + 22407834
AACGAAUAGCCAUUCGGUCCCAGCUUGUGUUGGGGGAUCACCUUGCGGAUUUCCUCGAUGGGCACAUCGGUGCCCACCACGCCCAGCAGAUUGGCAACGCGCACCGAAUGGUUCCGUCUA
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>DroVir_CAF1 20599 118 + 1
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>DroGri_CAF1 5894 120 + 1
AACGAAUACCCAUUCGGUCCCAGCUUGUGCUGCGGUAUCAUUUUGCGUAUCUCCUCGAUGGGUACAUCGGUGCCAACGACACCCAACAAAUUGGCCACGCGCACCGAAUGGUUUCGUCUA
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>DroWil_CAF1 21281 120 + 1
AACGAAUAUCCAUUCGGUCCCAGCUUGUGUUGGGGUAUAACUUUGCGUAUCUCCUCAAUGGGCACAUCGGUGCCAACAACGCCCAACAGAUUUGCCACACGUACCGAAUGAUUUCGUCUA
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>DroMoj_CAF1 3929 120 + 1
AACGAAUAUCCAUUCGGUCCCAGCUUGUGCUGUGGUAUCAUCUUUCGUAUCUCCUCAAUGGGCACAUCGGUGCCCACCACACCCAACAGAUUUGCCACGCGCACCGAAUGGUUUCGUCUA
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>DroAna_CAF1 7958 120 + 1
AACGAAUAGCCAUUCGGUCCUAGCUUGUGCUGGGGGAUGACCUUGCGGAUCUCCUCGAUGGGCACAUCGGUGCCCACCACACCCAGCAGAUUGGCAACGCGAACCGAAUGGUUCCGUCUA
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>consensus
AACGAAUAGCCAUUCGGUCCCAGCUUGUGCUGGGGUAUCACCUUGCGUAUCUCCUCGAUGGGCACAUCGGUGCCCACCACACCCAACAGAUUGGCAACGCGCACCGAAUGGUUUCGUCUA
.(((((...(((((((((((((((....)))).)).......................(((((((....)))))))..........................))))))))).)))))... (-31.50 = -32.00 +   0.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 15,647,169 – 15,647,289
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.89
Mean single sequence MFE -51.25
Consensus MFE -38.08
Energy contribution -38.62
Covariance contribution 0.53
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -3.80
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.88
SVM RNA-class probability 0.874274
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15647169 120 - 22407834
UAGACGGAACCAUUCGGUGCGCGUUGCCAAUCUGCUGGGCGUGGUGGGCACCGAUGUGCCCAUCGAGGAAAUCCGCAAGGUGAUCCCCCAACACAAGCUGGGACCGAAUGGCUAUUCGUU
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>DroVir_CAF1 20599 118 - 1
UAGACGAAACCAUUCGGUGCGCGUUGCGAAUCUGUUGGGUGUGGUGGGCACCGAUGUGCCCAUCGAGGAGAUACGGAAAAUGAUACCACAGCACA-GCUG-GACCGAAUGGCUAUUCGUU
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>DroGri_CAF1 5894 120 - 1
UAGACGAAACCAUUCGGUGCGCGUGGCCAAUUUGUUGGGUGUCGUUGGCACCGAUGUACCCAUCGAGGAGAUACGCAAAAUGAUACCGCAGCACAAGCUGGGACCGAAUGGGUAUUCGUU
..((((((.(((((((((..(((((.....((((.((((((.(((((....))))))))))).))))....))))).........((.((((....)))))))))))))))...)))))) ( -52.90)
>DroWil_CAF1 21281 120 - 1
UAGACGAAAUCAUUCGGUACGUGUGGCAAAUCUGUUGGGCGUUGUUGGCACCGAUGUGCCCAUUGAGGAGAUACGCAAAGUUAUACCCCAACACAAGCUGGGACCGAAUGGAUAUUCGUU
..((((((.(((((((((..(((((.....((...(((((...((((....))))..)))))..)).....)))))..........((((........)))))))))))))...)))))) ( -40.50)
>DroMoj_CAF1 3929 120 - 1
UAGACGAAACCAUUCGGUGCGCGUGGCAAAUCUGUUGGGUGUGGUGGGCACCGAUGUGCCCAUUGAGGAGAUACGAAAGAUGAUACCACAGCACAAGCUGGGACCGAAUGGAUAUUCGUU
..((((((.(((((((((((((.(((((....))))).))))(((((((((....))))))))).........(....)......((.((((....)))))))))))))))...)))))) ( -49.00)
>DroAna_CAF1 7958 120 - 1
UAGACGGAACCAUUCGGUUCGCGUUGCCAAUCUGCUGGGUGUGGUGGGCACCGAUGUGCCCAUCGAGGAGAUCCGCAAGGUCAUCCCCCAGCACAAGCUAGGACCGAAUGGCUAUUCGUU
..((((((.(((((((((((.....((.....(((((((..((((((((((....)))))))))).(((((.((....)))).))))))))))...))..)))))))))))...)))))) ( -60.80)
>consensus
UAGACGAAACCAUUCGGUGCGCGUGGCCAAUCUGUUGGGUGUGGUGGGCACCGAUGUGCCCAUCGAGGAGAUACGCAAAAUGAUACCCCAGCACAAGCUGGGACCGAAUGGCUAUUCGUU
..((((((.(((((((((((((.(.((......)).).))))(((((((((....))))))))).....................((.((((....)))))))))))))))...)))))) (-38.08 = -38.62 +   0.53)

alignment

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