Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,627,701 – 15,627,818 |
Length | 117 |
Max. P | 0.805715 |
Location | 15,627,701 – 15,627,818 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.85 |
Mean single sequence MFE | -42.85 |
Consensus MFE | -27.65 |
Energy contribution | -27.38 |
Covariance contribution | -0.27 |
Combinations/Pair | 1.34 |
Mean z-score | -2.04 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.63 |
SVM RNA-class probability | 0.805715 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 15627701 117 + 22407834 GCGUCCCCGUAGUACUCAAUCGCAUGCCGUGGUUCGACAACCCUACGGACCGCAGGACAACUUCGUGUCCCGGCUCUUUGGUCGUCCGGCCCGCAGUCAGUACUACCGGACCAUCAA (.((((..((((((((..((.((..(((((((((((.........)))))))).(((((......))))).))).....((((....)))).)).)).)))))))).)))))..... ( -44.40) >DroVir_CAF1 180879 117 + 1 GCGUUCACGUAACGCUCCCUCACGCGCCCUGGUACGGCAGCCAUAUGGACCCGAUGAUAACUUUGUCUCACGCCUUUUUGGCCGCCCGGCGAGGCGUCAGUACUAUCGCACCAUAAA (((((.....)))))........(((...((((((((...((....))..))((.((((....))))))(((((((....(((....))))))))))..)))))).)))........ ( -34.00) >DroSim_CAF1 127837 117 + 1 GCGUCCCCGUAGUACUCCAUCGAAUGCCGUGGUUCGACAACCCUACGGACCGCAGGACAACUUUGUGUCCCGGCUCUUUGGUCGUCCGGCCCGCAGUCAGUACUACCGCACCAUCAA (((.....((((((((....((...(((((((((((.........)))))))).(((((......))))).))).....((((....)))))).....)))))))))))........ ( -39.50) >DroEre_CAF1 130034 117 + 1 GAGUCGCCGUAGUACUGCAUCGCAUGCCGUGGUUCGACAACCCUACGGACCGCAGGACAGCUUUGUGUCCCGACUUUUUGGUCGUCCGGCCCGCAGUCAGUACUACCGGACCAUCAA ((....(((((((((((.((.((..(((((((((((.........)))))))).(((((......)))))(((((....)))))...)))..)).)))))))))).)))....)).. ( -47.30) >DroYak_CAF1 141975 117 + 1 GCGUCCCCGUAGUACUCCAUCGCAUGCCGUGGUCCGACAACCCUACGGACCGCAGGACAACUUUGUGUCCCGACUUUUUGGACGUCCGGCCCGCAAUCAGUACUACCGGACAAUUAA ..((((..((((((((.....((..(((((((((((.........)))))))).((((.((...))((((.........)))))))))))..))....)))))))).))))...... ( -45.40) >DroMoj_CAF1 179510 117 + 1 GCGAAUACGAAAUGCGCCGUCGCGGGCUCUGGUCCGUCAGCCCUAUGGACCCGAUGACAACUUUGUGUCGCGUCUGUUUGGGCGUCCGGCCAGGCAUCAGUACUAUCGCGCCAUUAA ((((.(((...(((((((......))).((((.(((...((((.((((((.((((.(((....))))))).))))))..))))...)))))))))))..)))...))))........ ( -46.50) >consensus GCGUCCCCGUAGUACUCCAUCGCAUGCCGUGGUUCGACAACCCUACGGACCGCAGGACAACUUUGUGUCCCGACUUUUUGGUCGUCCGGCCCGCAGUCAGUACUACCGCACCAUCAA ........((((((((.........(((((((((((.........)))))))).(((((......)))))(((((....)))))...)))........))))))))........... (-27.65 = -27.38 + -0.27)
Location | 15,627,701 – 15,627,818 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.85 |
Mean single sequence MFE | -48.15 |
Consensus MFE | -27.86 |
Energy contribution | -30.42 |
Covariance contribution | 2.56 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -1.91 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 0.14 |
SVM RNA-class probability | 0.602111 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 15627701 117 - 22407834 UUGAUGGUCCGGUAGUACUGACUGCGGGCCGGACGACCAAAGAGCCGGGACACGAAGUUGUCCUGCGGUCCGUAGGGUUGUCGAACCACGGCAUGCGAUUGAGUACUACGGGGACGC .....(..((.((((((((.((((((((((((....)).....((.((((((......))))))))))))))))).(((((((.....))))).))...).)))))))).))..).. ( -50.70) >DroVir_CAF1 180879 117 - 1 UUUAUGGUGCGAUAGUACUGACGCCUCGCCGGGCGGCCAAAAAGGCGUGAGACAAAGUUAUCAUCGGGUCCAUAUGGCUGCCGUACCAGGGCGCGUGAGGGAGCGUUACGUGAACGC ((((((((((....))))(((((((((((..((((((((....(((.(((((........)).))).)))....))))))))(..(....)..))))))...))))))))))))... ( -41.70) >DroSim_CAF1 127837 117 - 1 UUGAUGGUGCGGUAGUACUGACUGCGGGCCGGACGACCAAAGAGCCGGGACACAAAGUUGUCCUGCGGUCCGUAGGGUUGUCGAACCACGGCAUUCGAUGGAGUACUACGGGGACGC ........((.((((((((..(((((((((((....)).....((.((((((......)))))))))))))))))(..(((((.....)))))..).....))))))))(....))) ( -47.70) >DroEre_CAF1 130034 117 - 1 UUGAUGGUCCGGUAGUACUGACUGCGGGCCGGACGACCAAAAAGUCGGGACACAAAGCUGUCCUGCGGUCCGUAGGGUUGUCGAACCACGGCAUGCGAUGCAGUACUACGGCGACUC .....(((((.(((((((((.((((((((((..((((......))))(((((......)))))..)))))))))).(((((((.....))))).))....))))))))).).)))). ( -54.70) >DroYak_CAF1 141975 117 - 1 UUAAUUGUCCGGUAGUACUGAUUGCGGGCCGGACGUCCAAAAAGUCGGGACACAAAGUUGUCCUGCGGUCCGUAGGGUUGUCGGACCACGGCAUGCGAUGGAGUACUACGGGGACGC ......((((.((((((((.((((((.((((............(.(((((((......))))))))((((((.........)))))).)))).)))))).).)))))))..)))).. ( -51.70) >DroMoj_CAF1 179510 117 - 1 UUAAUGGCGCGAUAGUACUGAUGCCUGGCCGGACGCCCAAACAGACGCGACACAAAGUUGUCAUCGGGUCCAUAGGGCUGACGGACCAGAGCCCGCGACGGCGCAUUUCGUAUUCGC ........((((..((((.((((((((((((...((((.....(((.(((.(((....)))..))).)))....))))...))).)))).(((......))))))))..)))))))) ( -42.40) >consensus UUGAUGGUCCGGUAGUACUGACUGCGGGCCGGACGACCAAAAAGCCGGGACACAAAGUUGUCCUGCGGUCCGUAGGGUUGUCGAACCACGGCAUGCGAUGGAGUACUACGGGGACGC ........(((.(((((((..(((((((((((....)).......(((((((......))))))).))))))))).(((((((.....))))).)).....))))))))))...... (-27.86 = -30.42 + 2.56)
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