Locus 5471

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 15,606,688 – 15,606,781
Length 93
Max. P 0.752553
window8682

overview

Window 2

Location 15,606,688 – 15,606,781
Length 93
Sequences 6
Columns 95
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.70
Mean single sequence MFE -25.68
Consensus MFE -15.57
Energy contribution -16.30
Covariance contribution 0.73
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -3.26
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.48
SVM RNA-class probability 0.752553
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15606688 93 + 22407834
UUAUAAAUAGUUCAGACCGCGGUGACAAUGGCAGCGUAGAUCAAUAAAACCGAUCUAAUCGCGUCAGUCGGUGGCUGAUAUAUGAAUAAAUAU--
((((..(((..((((.(((((....)..((((.(((((((((.........))))))..)))))))....))))))))..)))..))))....-- ( -26.60)
>DroSec_CAF1 113449 93 + 1
UUAUAAAUAGUUCAGACCGCGAUGACAAUGACAGCGUAGAUCAAUGAAACCGAUCUAAUCGCGUCAGUCGGUGGCUGAUAUAUGAAUAAAUAU--
((((..(((..((((.((((..((((..((((.(((((((((.........))))))..)))))))))))))))))))..)))..))))....-- ( -27.10)
>DroSim_CAF1 106484 93 + 1
UUAUAAAUAGUUCAGACCGCGAUGACAAUGACAGCGUAGAUCAAUAAAACCGAUCUAAUCGCGUCAGUCGGUGGCUGAUAUAUGAAUAAAUAU--
((((..(((..((((.((((..((((..((((.(((((((((.........))))))..)))))))))))))))))))..)))..))))....-- ( -27.10)
>DroEre_CAF1 107373 95 + 1
UUAUAAAUAGUUCAGACCGUAAUGACAUUGACAGCGUAUAUCAAUAAAACCGAUCUAAUCGCUUCAGUCAGUGGCUGAUAUAGGUAUAAAUAUAC
(((((..((..((((.(((...((((..(((.((((...(((.........))).....))))))))))).)))))))..))..)))))...... ( -19.80)
>DroYak_CAF1 110757 90 + 1
UUAUAAAUAGUUCAGUCCGC---GGCAAUGACAGCGUAGAUCAAUAAAACCGAUCUAAUCGCUUCAGCCAGUGGCUGAUACAGGUAUAAGUAU--
(((((......((((.((((---(((..(((.((((((((((.........))))))..)))))))))).))))))))......)))))....-- ( -28.60)
>DroAna_CAF1 340691 88 + 1
AUAAAUAUAGAACAUGCACCACCGACAAUGACAGCGUGGAUCUAUAAAACCGAUCUAAUCGCUCCAGUCGGUGA-----AAAUGUAUAUAUGU--
....(((((..((((....(((((((..((..((((((((((.........))))))..)))).))))))))).-----..)))).)))))..-- ( -24.90)
>consensus
UUAUAAAUAGUUCAGACCGCGAUGACAAUGACAGCGUAGAUCAAUAAAACCGAUCUAAUCGCGUCAGUCGGUGGCUGAUAUAUGAAUAAAUAU__
...........((((.((((..((((..((...(((((((((.........))))))..)))..))))))))))))))................. (-15.57 = -16.30 +   0.73)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:44:56 2006