Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,600,673 – 15,600,765 |
Length | 92 |
Max. P | 0.853115 |
Location | 15,600,673 – 15,600,765 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 70.57 |
Mean single sequence MFE | -33.82 |
Consensus MFE | -12.29 |
Energy contribution | -11.68 |
Covariance contribution | -0.61 |
Combinations/Pair | 1.28 |
Mean z-score | -2.08 |
Structure conservation index | 0.36 |
SVM decision value | 0.80 |
SVM RNA-class probability | 0.853115 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 15600673 92 - 22407834 GAGGCGGCAAUUUAUAUUCAUGAGUUGUUGUAAUGCAUGUACAAG--------------------------UUGUUGGUGCUGGUUU--CCCCAAGAGCAUGCUUAUUGUUAUCCGUGAA ...((((((((((((....))))))))))))....((((.((((.--------------------------..((..(((((((...--..))...)))))))...))))....)))).. ( -20.50) >DroPse_CAF1 156560 118 - 1 GAGGCGGCAAUUUAUAUUCAUGAGUUGUUGUGAUGCAUGUGCUGGCUGUUGCUGGAGAGUGGCGGGUGGUGCCACUGGUGCCGCUUU--CCCCCAGAGCAUGCUUAUUGUUAUCCGUGAA ...((((((((((((....))))))))))))...((((((.(((((....)).(((((((((((((((....))))..)))))))))--))..))).))))))................. ( -46.50) >DroWil_CAF1 144750 110 - 1 GAGACAGCAAUUUAUAUUCAUGAGUUGUUGU--UGCCACUGUAAGUGGGUG-----GGGUGGGGGUGAG---UGUGAGUGCUGUUUUUGCCCCAAGAGCAUGCUUAUUGUUAUCCAUGAA ..(((((((((((((....))))))))))))--).(((((.((......))-----.)))))((((((.---.(((((((.((((((((...)))))))))))))))..))))))..... ( -37.80) >DroMoj_CAF1 141604 94 - 1 CA-GCAGCAAUUUAUAUUCAUGAGUUGUUGCUAUGUAU-UGUAAGUUGUUGUUG-----C---------------UGCUGCUGAUU----CCCUUAAGCAUGCUUAUUGUUAUCCGUGAA ((-(((((((((((((..(((.(((....))))))...-)))))))))))))))-----.---------------....((.(((.----.(..((((....))))..)..))).))... ( -25.40) >DroAna_CAF1 333767 113 - 1 GAGGGAGUAAUUUAUAUUCAUGAGUUAUUGUAAUUCAUUUACAAGAUGGUGCUU-----UUGCGCUUGUUGUUUUUGGUGAAGUUUU--CCCCAAGAGCAUGCUUAUUGUUAUCCGCGAA ..(((((((.....)))))((((((..((((((.....))))))...(((((..-----..)))))...(((((((((.((.....)--).))))))))).))))))......))..... ( -26.20) >DroPer_CAF1 156231 118 - 1 GAGGCGGCAAUUUAUAUUCAUGAGUUGUUGUGAUGCAUGUGCUGGCUGUUGCUGGAGAGUGGCGGGUGGUGCCACUGGUGCCGCUUU--CCCCCAGAGCAUGCUUAUUGUUAUCCGUGAA ...((((((((((((....))))))))))))...((((((.(((((....)).(((((((((((((((....))))..)))))))))--))..))).))))))................. ( -46.50) >consensus GAGGCAGCAAUUUAUAUUCAUGAGUUGUUGUAAUGCAUGUGCAAGCUGUUGCUG_____UGGCGG_UGG___UAUUGGUGCUGCUUU__CCCCAAGAGCAUGCUUAUUGUUAUCCGUGAA ...((((((((((((....))))))))))))...................................................................((((..((....))..)))).. (-12.29 = -11.68 + -0.61)
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