Locus 5464

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>2L_DroMel_CAF1 15574338 99 + 22407834
-UAGCCAAGUCAAACAAACCACGGGGCAUAACCAAAAAUA--AAAAAUCGGAAAAAAAA----CAGAAAACCGAAAUUCUAGCUAUGCUAAAGUUUGG-CAUGGUAG
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>DroPse_CAF1 135447 103 + 1
GUAGCCAAGUCAAACAAACCGCGGGGCAUAACCGACAAAA--AAACGUCGAAA--AAAAGCGAAGGAAAGUCAAAUUUCUAGUUGGAAUGUGGUUGAGCCGUGGCGG
..................((((.((((.(((((.(((...--.(((.(((...--.....))).(((((......))))).)))....)))))))).))).).)))) ( -25.80)
>DroSec_CAF1 87959 96 + 1
-UAGCCAAGUCAAACAAACCACGGGGCAUAACCAAAAACA--AAAAA-CUGAA--AAAA----CAGAAAACCGAAAUUCUAGCUAUGCUAAAGUUUGG-CAUGGUAG
-..((((.(((((((......(((((.....)).......--.....-(((..--....----)))....)))......((((...))))..))))))-).)))).. ( -22.70)
>DroSim_CAF1 79898 98 + 1
-UAGCCAAGUCAAACAAACCACGGGGCAUAACCAAAAACA--AAAAAUCUGAAA-AAAA----CAGAAAACCGAAAUUCUAGCUAUGCUAAAGUUUGG-CAUGGUAG
-..((((.(((((((......(((((.....)).......--.....((((...-....----))))...)))......((((...))))..))))))-).)))).. ( -23.60)
>DroEre_CAF1 81889 96 + 1
-CAGCCAAGUCAAACAAACCGCGGGGCAUAACCAAAAAUA--AAAAGUCUGAA--AAAA----CAGAAAACC-AAAUUCUAGCUAUGCCAAAGUUUGG-CAUGGUAC
-..((((.(((((((...(....)((((((..........--.....((((..--....----)))).....-..........))))))...))))))-).)))).. ( -25.01)
>DroPer_CAF1 134621 105 + 1
GUAGCCAAGUCAAACAAACCGCGGGGCAUAACCGACAAAAAAAAACUUCGAAA--AAAAGCGAAGGAAAGUCAAAUUUCUAGUUGGAAUGUGGUUGAGCCGUGGCGG
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>consensus
_UAGCCAAGUCAAACAAACCACGGGGCAUAACCAAAAAAA__AAAAAUCGGAA__AAAA____CAGAAAACCGAAAUUCUAGCUAUGCUAAAGUUUGG_CAUGGUAG
...((((.(((((((........((......))...............................((((........))))............)))))).).)))).. (-12.48 = -12.70 +   0.22) 

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Window 3

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>2L_DroMel_CAF1 15574338 99 - 22407834
CUACCAUG-CCAAACUUUAGCAUAGCUAGAAUUUCGGUUUUCUG----UUUUUUUUCCGAUUUUU--UAUUUUUGGUUAUGCCCCGUGGUUUGUUUGACUUGGCUA-
.......(-((((......((((((((((((..((((.......----........)))).....--...))))))))))))......(((.....))))))))..- ( -21.66)
>DroPse_CAF1 135447 103 - 1
CCGCCACGGCUCAACCACAUUCCAACUAGAAAUUUGACUUUCCUUCGCUUUU--UUUCGACGUUU--UUUUGUCGGUUAUGCCCCGCGGUUUGUUUGACUUGGCUAC
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>DroSec_CAF1 87959 96 - 1
CUACCAUG-CCAAACUUUAGCAUAGCUAGAAUUUCGGUUUUCUG----UUUU--UUCAG-UUUUU--UGUUUUUGGUUAUGCCCCGUGGUUUGUUUGACUUGGCUA-
.......(-((((......((((((((((((...(((....(((----....--..)))-....)--)).))))))))))))......(((.....))))))))..- ( -23.10)
>DroSim_CAF1 79898 98 - 1
CUACCAUG-CCAAACUUUAGCAUAGCUAGAAUUUCGGUUUUCUG----UUUU-UUUCAGAUUUUU--UGUUUUUGGUUAUGCCCCGUGGUUUGUUUGACUUGGCUA-
.......(-((((......((((((((((((...(((...((((----....-...))))....)--)).))))))))))))......(((.....))))))))..- ( -23.90)
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GUACCAUG-CCAAACUUUGGCAUAGCUAGAAUUU-GGUUUUCUG----UUUU--UUCAGACUUUU--UAUUUUUGGUUAUGCCCCGCGGUUUGUUUGACUUGGCUG-
.......(-((((.....(((((((((((((...-.....((((----....--..)))).....--...))))))))))))).....(((.....))))))))..- ( -26.59)
>DroPer_CAF1 134621 105 - 1
CCGCCACGGCUCAACCACAUUCCAACUAGAAAUUUGACUUUCCUUCGCUUUU--UUUCGAAGUUUUUUUUUGUCGGUUAUGCCCCGCGGUUUGUUUGACUUGGCUAC
..((((.(((..(((((((.........((((......))))(((((.....--...)))))........))).))))..)))....((((.....))))))))... ( -21.60)
>consensus
CUACCAUG_CCAAACUUUAGCAUAGCUAGAAUUUCGGUUUUCUG____UUUU__UUCAGAUUUUU__UAUUUUUGGUUAUGCCCCGCGGUUUGUUUGACUUGGCUA_
...(((....((((((...((((((((((((.......................................)))))))))))).....)))))).......))).... (-10.27 = -11.38 +   1.11) 

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