Locus 5452

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 15,537,458 – 15,537,563
Length 105
Max. P 0.602145
window8655

overview

Window 5

Location 15,537,458 – 15,537,563
Length 105
Sequences 5
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.21
Mean single sequence MFE -25.78
Consensus MFE -9.58
Energy contribution -9.38
Covariance contribution -0.20
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.77
Structure conservation index 0.37
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.602145
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15537458 105 - 22407834
CUAUAAGACCACAACUAGCAGCUUGCAGAACAUUUAUGUAUGUAA----GUUUG----UGGCUUACAAUUGUAUAUAUGUUUAUUUAUAGAUGUGUGCAGGUGCACGAGUGUA
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>DroSec_CAF1 44383 86 - 1
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>DroSim_CAF1 42970 103 - 1
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>DroEre_CAF1 44989 111 - 1
CUUUAAGACCACAACUAGCAUCUUGCAGAACAUAUAUGUAUGUAUGUAUGCCUGUUAGAGGCUUUCACUCGAAUAUACGUUUAUUUCUAGGUGUGUGCUUACACA--GAUGUG
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>DroYak_CAF1 46618 103 - 1
CUAUAAGACCACCACUAGCAGCUUGCAGAACAUAUAUGUAUGUAUGUACGUUUG----UGGCUUGCACA----AGUAUGUUUAUUUGUAGGUGUGUGUUCAGGCA--GGUAUG
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>consensus
CUAUAAGACCACAACUAGCAGCUUGCAGAACAUUUAUGUAUGUAA____GUUUG____UGGCUUACAAUUGUAUAUAUGUUUAUUUAUAGAUGUGUGCUUAGGCA__GGUGUA
.................((.....(((..(((((((((.(((((.....(((.......)))..((....))...))))).....))))))))).)))....))......... ( -9.58 =  -9.38 +  -0.20)

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