Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,525,532 – 15,525,670 |
Length | 138 |
Max. P | 0.930129 |
Location | 15,525,532 – 15,525,639 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 111 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 87.50 |
Mean single sequence MFE | -26.70 |
Consensus MFE | -24.37 |
Energy contribution | -24.70 |
Covariance contribution | 0.33 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.82 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 1.20 |
SVM RNA-class probability | 0.930129 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 15525532 107 + 22407834 CC--CGCUUUUCUCUCCACUAUCCUUGCGUAGAGUCAAGUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACU ..--....................((((((.......((((.((.......)).))))..(((((((.((((((((((...--.)))).)))))).))))))))))))).. ( -27.70) >DroPse_CAF1 79310 104 + 1 CCCCCAACU----CUCC---AUCAGCGCUUAAAGUCAAGUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUAUGGCUGCGCGAUGGCAGCUGUUGCGCCGCU .........----....---....((((.........((((.((.......)).))))..(((((((.(((.(((((((....))))).)).))).))))))))))).... ( -25.90) >DroSim_CAF1 30506 107 + 1 CC--CGCUUUUCCCUCCACUAUCCUUGCGUAGAGUCAAGUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACU ..--....................((((((.......((((.((.......)).))))..(((((((.((((((((((...--.)))).)))))).))))))))))))).. ( -27.70) >DroEre_CAF1 30638 107 + 1 CC--CUCCUCCCCCUUCGUUAUCCUUGCAUAGAGUCAAGUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACU ..--....................((((.........((((.((.......)).)))).((((((((.((((((((((...--.)))).)))))).)))))))).)))).. ( -25.30) >DroYak_CAF1 31359 106 + 1 CC--AUCCUUC-CCUCCGUUAUCCUUGCGUAGAGUCAAGUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACU ..--.......-............((((((.......((((.((.......)).))))..(((((((.((((((((((...--.)))).)))))).))))))))))))).. ( -27.70) >DroPer_CAF1 78141 102 + 1 CC--CACCU----CUCC---AUCAGCGCUUAAAGUCAAGUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUAUGGCUGCGCGAUGGCAGCUGUUGCGCCGCU ..--.....----....---....((((.........((((.((.......)).))))..(((((((.(((.(((((((....))))).)).))).))))))))))).... ( -25.90) >consensus CC__CACCUU__CCUCC__UAUCCUUGCGUAGAGUCAAGUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA__GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACU ..........................((.........((((.((.......)).)))).((((((((.(((((((((((....))))).)))))).)))))))).)).... (-24.37 = -24.70 + 0.33)
Location | 15,525,568 – 15,525,670 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 110 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.67 |
Mean single sequence MFE | -31.07 |
Consensus MFE | -22.45 |
Energy contribution | -25.23 |
Covariance contribution | 2.78 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.99 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | -0.03 |
SVM RNA-class probability | 0.517638 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 15525568 102 + 22407834 GUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACUCCAGGUCCCGAUC------CUUCAGGACCCGCUGCUG ................((((.....)))).....(((((((((--(((((......))))))).............(((((.((..------..)).))))).))))))) ( -32.50) >DroPse_CAF1 79341 92 + 1 GUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUAUGGCUGCGCGAUGGCAGCUGUUGCGCCGCUCCUUGCUCCCGUC------------------CUGUGG .......................((((......((((.(((...(((.(((((((((...))))))))).)))....))).)))).------------------)))).. ( -25.60) >DroSim_CAF1 30542 102 + 1 GUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACUCCAGGUCCCGAUC------CUUCAGGACCCGCUGCUG ................((((.....)))).....(((((((((--(((((......))))))).............(((((.((..------..)).))))).))))))) ( -32.50) >DroEre_CAF1 30674 108 + 1 GUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACUCCAGGUCCUGAUCCAGGACCUUCAGGACCCGCUGCUG ......................(((((((.((((((((((...--.)))).)))))).)))))))((((...(((((((((((...))))))))...)))...)).)).. ( -37.70) >DroYak_CAF1 31394 102 + 1 GUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA--GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACUCUAGGUCCCGAUC------CUUCAGGACCCGCUGCUG ................((((.....)))).....(((((((((--(((((......))))))).............(((((.((..------..)).))))).))))))) ( -32.50) >DroPer_CAF1 78170 92 + 1 GUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUAUGGCUGCGCGAUGGCAGCUGUUGCGCCGCUCCUUGCUCCCGUC------------------CUGUGG .......................((((......((((.(((...(((.(((((((((...))))))))).)))....))).)))).------------------)))).. ( -25.60) >consensus GUUUUAUUAUAAUUACAACUAUAACAGUUAUUAACGGCAGCUA__GCUGCGCGUUGGCAGCUGUUGCGCAACUCCAGGUCCCGAUC______CUUCAGGACCCGCUGCUG .....................((((((((.(((((((((((....))))).)))))).)))))))).(((......(((((.((..........)).)))))...))).. (-22.45 = -25.23 + 2.78)
Location | 15,525,568 – 15,525,670 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 110 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.67 |
Mean single sequence MFE | -35.16 |
Consensus MFE | -22.50 |
Energy contribution | -26.03 |
Covariance contribution | 3.53 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -3.05 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 0.14 |
SVM RNA-class probability | 0.605147 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 15525568 102 - 22407834 CAGCAGCGGGUCCUGAAG------GAUCGGGACCUGGAGUUGCGCAACAGCUGCCAACGCGCAGC--UAGCUGCCGUUAAUAACUGUUAUAGUUGUAAUUAUAAUAAAAC ..((((((((((((((..------..)))))))))..((((((((.............)))))))--).)))))..........(((((((((....))))))))).... ( -39.62) >DroPse_CAF1 79341 92 - 1 CCACAG------------------GACGGGAGCAAGGAGCGGCGCAACAGCUGCCAUCGCGCAGCCAUAGCUGCCGUUAAUAACUGUUAUAGUUGUAAUUAUAAUAAAAC ......------------------((((...((...(.(((((......))))))...))(((((....)))))))))......(((((((((....))))))))).... ( -26.10) >DroSim_CAF1 30542 102 - 1 CAGCAGCGGGUCCUGAAG------GAUCGGGACCUGGAGUUGCGCAACAGCUGCCAACGCGCAGC--UAGCUGCCGUUAAUAACUGUUAUAGUUGUAAUUAUAAUAAAAC ..((((((((((((((..------..)))))))))..((((((((.............)))))))--).)))))..........(((((((((....))))))))).... ( -39.62) >DroEre_CAF1 30674 108 - 1 CAGCAGCGGGUCCUGAAGGUCCUGGAUCAGGACCUGGAGUUGCGCAACAGCUGCCAACGCGCAGC--UAGCUGCCGUUAAUAACUGUUAUAGUUGUAAUUAUAAUAAAAC ((((.((((.(((...((((((((...))))))))))).)))).....((((((......)))))--).))))...........(((((((((....))))))))).... ( -39.90) >DroYak_CAF1 31394 102 - 1 CAGCAGCGGGUCCUGAAG------GAUCGGGACCUAGAGUUGCGCAACAGCUGCCAACGCGCAGC--UAGCUGCCGUUAAUAACUGUUAUAGUUGUAAUUAUAAUAAAAC ..((((((((((((((..------..)))))))))..((((((((.............)))))))--).)))))..........(((((((((....))))))))).... ( -39.62) >DroPer_CAF1 78170 92 - 1 CCACAG------------------GACGGGAGCAAGGAGCGGCGCAACAGCUGCCAUCGCGCAGCCAUAGCUGCCGUUAAUAACUGUUAUAGUUGUAAUUAUAAUAAAAC ......------------------((((...((...(.(((((......))))))...))(((((....)))))))))......(((((((((....))))))))).... ( -26.10) >consensus CAGCAGCGGGUCCUGAAG______GAUCGGGACCUGGAGUUGCGCAACAGCUGCCAACGCGCAGC__UAGCUGCCGUUAAUAACUGUUAUAGUUGUAAUUAUAAUAAAAC .......(((((((((..........)))))))))(((((((.....))))).))((((.(((((....)))))))))......(((((((((....))))))))).... (-22.50 = -26.03 + 3.53)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:44:26 2006