Locus 5356

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	15,170,285 – 15,170,405
Length	120
Max. P	0.956282

overview

Window 5

Location	15,170,285 – 15,170,377
Length	92
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.80
Mean single sequence MFE	-25.52
Consensus MFE	-12.98
Energy contribution	-12.70
Covariance contribution	-0.28
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.43
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	1.46
SVM RNA-class probability	0.956282
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15170285 92 - 22407834
AAGG---GA-GGCGCACGCGUGUCAACAGGGCGUAUGAUUAAUAUUGUAUUAAUAUGCGAUAUGUAAUUAAGAUGUAAGCU------ACUCUGUGCUUAU------------------AU
....---((-.(((....))).))...........(((((((((((((((....))))))))).))))))..((((((((.------.......))))))------------------)) ( -23.00)
>DroPse_CAF1 142311 102 - 1
AGGGCGAGAGCGCACACGCGUGUCAACAGGGCGUAUGAUUAAUAUUGUAUUAAUAUGCGAUAUGUAAUUAAGAUGUAAGCUGGCUCUGUUUUGUGCUUAU------------------AC
.((((((..((((....)))).))((((((((...(((((((((((((((....))))))))).))))))((.......)).))))))))....))))..------------------.. ( -28.50)
>DroGri_CAF1 135976 81 - 1
G----------UUGCGCG--UGUCAACAGGGCGUAUGAUUAAUAUUGUAUUAAUAUGCGAUAUGUAAUUAAGAUGUAAGCU------GUU---UGCGUAU------------------AU
.----------.((((((--....(((((.((((.(((((((((((((((....))))))))).))))))..))))...))------)))---)))))).------------------.. ( -22.30)
>DroWil_CAF1 187409 104 - 1
AAA----------GCACGCGUGUCAACAGGGCGUAUGAUUAAUAUUGUAUUAAUAUGCGAUAUGUAAUUAAGAUGUAAGCU------GUUCUCUGUGUGUGUGUAUAUAUAUAUAUAUAC
...----------(((((((.(..(((((.((((.(((((((((((((((....))))))))).))))))..))))...))------)))..))))))))((((((((....)))))))) ( -30.00)
>DroMoj_CAF1 167424 83 - 1
A----------GUGCGCGCGUGUCAACAGGGCGUAUGAUUAAUAUUGUAUUAAUAUGCGAUAUGUAAUUAAGAUGUAAGUU------GUU---UGCAUAU------------------AU
.----------((((((.(.((....)).)))))))((((((((((((((....))))))))).)))))...(((((((..------.))---)))))..------------------.. ( -20.80)
>DroPer_CAF1 145075 102 - 1
AGGGCGAGAGCGCACACGCGUGUCAACAGGGCGUAUGAUUAAUAUUGUAUUAAUAUGCGAUAUGUAAUUAAGAUGUAAGCUGGCUCUGUUUUGUGCUUAU------------------AC
.((((((..((((....)))).))((((((((...(((((((((((((((....))))))))).))))))((.......)).))))))))....))))..------------------.. ( -28.50)
>consensus
A_G________GCGCACGCGUGUCAACAGGGCGUAUGAUUAAUAUUGUAUUAAUAUGCGAUAUGUAAUUAAGAUGUAAGCU______GUU_UGUGCUUAU__________________AC
.............((((((.(.......).)))).(((((((((((((((....))))))))).))))))....))............................................ (-12.98 = -12.70 +  -0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	15,170,301 – 15,170,405
Length	104
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.90
Mean single sequence MFE	-30.17
Consensus MFE	-15.06
Energy contribution	-14.73
Covariance contribution	-0.33
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-2.01
Structure conservation index	0.50
SVM decision value	0.31
SVM RNA-class probability	0.684401
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15170301 104 - 22407834
GCUUUGGCCACGUGUUUGCUG----CUU--------GGUCAAGG---GA-GGCGCACGCGUGUCAACAGGGCGUAUGAUUAAUAUUGUAUUAAUAUGCGAUAUGUAAUUAAGAUGUAAGC
((((((..(((((((.((((.----(((--------......))---).-)))).)))))))....))))))...(((((((((((((((....))))))))).)))))).......... ( -32.70)
>DroPse_CAF1 142333 116 - 1
----UGGCCACGUGUUUGCUGGGUCCUUGCUCUUGGGGUCAGGGCGAGAGCGCACACGCGUGUCAACAGGGCGUAUGAUUAAUAUUGUAUUAAUAUGCGAUAUGUAAUUAAGAUGUAAGC
----((((.((((((.(((...(..((((((((.......))))))))..)))).)))))))))).....((((.(((((((((((((((....))))))))).))))))..)))).... ( -37.60)
>DroGri_CAF1 135989 86 - 1
----UGGCCACGUU------U----CUU--------GCCCG----------UUGCGCG--UGUCAACAGGGCGUAUGAUUAAUAUUGUAUUAAUAUGCGAUAUGUAAUUAAGAUGUAAGC
----.....(((((------(----...--------(((((----------((((...--.).)))).))))...(((((((((((((((....))))))))).)))))))))))).... ( -22.60)
>DroWil_CAF1 187443 92 - 1
----UGGACACGUUCCU--UC----UUU--------GGUCAAA----------GCACGCGUGUCAACAGGGCGUAUGAUUAAUAUUGUAUUAAUAUGCGAUAUGUAAUUAAGAUGUAAGC
----..(((((((....--.(----(((--------....)))----------)...)))))))......((((.(((((((((((((((....))))))))).))))))..)))).... ( -22.50)
>DroMoj_CAF1 167437 94 - 1
-UGUUGGCCACGUU---GCCA----GUU--------GGCCA----------GUGCGCGCGUGUCAACAGGGCGUAUGAUUAAUAUUGUAUUAAUAUGCGAUAUGUAAUUAAGAUGUAAGU
-...(((((((...---....----).)--------)))))----------((((((.(.((....)).)))))))((((((((((((((....))))))))).)))))........... ( -27.60)
>DroAna_CAF1 122257 104 - 1
ACAGUGGCCACGUGUGUGUCG----CCU--------GGCCGAGG---GA-GGCGCACGCGUGUCAACAGGGCGUAUGAUUAAUAUUGUAUUAAUAUGCGAUAUGUAAUUAAGAUGUAAGC
....((((.(((((((((((.----(((--------......))---).-))))))))))))))).....((((.(((((((((((((((....))))))))).))))))..)))).... ( -38.00)
>consensus
____UGGCCACGUGU_UGCUG____CUU________GGCCAAG________GCGCACGCGUGUCAACAGGGCGUAUGAUUAAUAUUGUAUUAAUAUGCGAUAUGUAAUUAAGAUGUAAGC
....(((((...........................)))))............((((((.(.......).)))).(((((((((((((((....))))))))).))))))....)).... (-15.06 = -14.73 +  -0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

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