Locus 5348

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 15,145,027 – 15,145,165
Length 138
Max. P 0.999844
window8494 window8495 window8496

overview

Window 4

Location 15,145,027 – 15,145,147
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.04
Mean single sequence MFE -28.78
Consensus MFE -24.24
Energy contribution -24.49
Covariance contribution 0.25
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.76
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.26
SVM RNA-class probability 0.655952
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15145027 120 - 22407834
UAUGUUACUAAUUAUCUGACGGAUUAGCUUAAUUGGUAACAAGUGCACUUGCAGCCAACACACUUCACAAGCUAGACUCUGCGGCCGAACUACUCGAAAGUGGCAUUAGCCUACUUUUUU
..((((((((((((.((((....))))..))))))))))))(((....((((((........((.....)).......))))))....)))....(((((((((....))).)))))).. ( -26.66)
>DroVir_CAF1 121118 112 - 1
UAUGUUACUAAUUAUCUGACGGAUUAGCUUAAUUGGUAACAAGUGCACUUGCAGCC---ACACUUCACU---GCGACUCUGCGGCC-AACUACUCGAAAGUGGCAUUAGCCUACUUUU-U
..((((((((((((.((((....))))..))))))))))))..((((.((((((..---........))---))))...))))...-........(((((((((....))).))))))-. ( -29.80)
>DroPse_CAF1 109528 120 - 1
UAUGUUACUAAUUAUCUGACGGAUUAGCUUAAUUGGUAACAAGUGCACUUGCAGCCAACACACUUCACGAGCGAGACUCUGCGGCCGAACUACUCGAAAGUGGCAUUAGCCUACUUUUUU
..((((((((((((.((((....))))..))))))))))))..(((....)))(((......(.....).(((......))))))..........(((((((((....))).)))))).. ( -28.10)
>DroGri_CAF1 105953 112 - 1
UAUGUUACUAAUUAUCUGACGGAUUAGCUUAAUUGGUAACAAGUGCACUUGCAGCC---ACACUUCACA---GCGACUCUGCGGCC-AACUACUCGAAAGUGGCAUUAGCCUACUUUU-U
..((((((((((((.((((....))))..))))))))))))..(((....)))(((---.((..((...---..))...)).))).-........(((((((((....))).))))))-. ( -28.60)
>DroWil_CAF1 154930 117 - 1
UAUGUUACUAAUUAUCUGACGGAUUAGCUUAAUUGGUAACAAGUGCACUUGCAGCC-ACACACUUCACAAGCGAGACUCUGUGGCC-AACUACUCGAAAGUGGCAUUAGCCUACUUUU-U
..((((((((((((.((((....))))..))))))))))))..(((....)))(((-(((...(((......)))....)))))).-........(((((((((....))).))))))-. ( -32.90)
>DroMoj_CAF1 128240 112 - 1
UAUGUUACUAAUUAUCUGACGGAUUAGCUUAAUUGGUAACAAGUGCACUUGCAGCC---ACACUUCACU---GCGACUCCUAGACC-AACUACUCGAAAGUGGCAUUAGCCCACUUUU-U
..((((((((((((.((((....))))..)))))))))))).......((((((..---........))---))))..........-........(((((((((....).))))))))-. ( -26.60)
>consensus
UAUGUUACUAAUUAUCUGACGGAUUAGCUUAAUUGGUAACAAGUGCACUUGCAGCC___ACACUUCACA___GAGACUCUGCGGCC_AACUACUCGAAAGUGGCAUUAGCCUACUUUU_U
..((((((((((((.((((....))))..))))))))))))(((....((((((........................))))))....)))....(((((((((....))).)))))).. (-24.24 = -24.49 +   0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 15,145,067 – 15,145,165
Length 98
Sequences 5
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.73
Mean single sequence MFE -25.40
Consensus MFE -21.28
Energy contribution -21.16
Covariance contribution -0.12
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 1.74
SVM RNA-class probability 0.974864
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15145067 98 + 22407834
AGAGUCUAGCUUGUGAAGUGUGUUGGCUGCAAGUGCACUUGUUACCAAUUAAGCUAAUCCGUCAGAUAAUUAGUAACAUAACACACACACACA--CU--CG--------A
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>DroPse_CAF1 109568 110 + 1
AGAGUCUCGCUCGUGAAGUGUGUUGGCUGCAAGUGCACUUGUUACCAAUUAAGCUAAUCCGUCAGAUAAUUAGUAACAUAACACACACACUGGCACGCAGGAGGACACAC
...((((..((((((.((((((((((..(((((....)))))..))).....((((((..........))))))..........)))))))..)))).))..)))).... ( -32.60)
>DroSec_CAF1 90194 96 + 1
AGAGUCUAGCUUGUGAAGUGUGUUGGCUGCAAGUGCACUUGUUACCAAUUAAGCUAAUCCGUCAGAUAAUUAGUAACAUAACACACACACACA------CA--------A
........(..((((..(((((((((..(((((....)))))..))......((((((..........)))))).....))))))).))))..------).--------. ( -21.90)
>DroSim_CAF1 89718 96 + 1
AGAGUCUAGCUUGUGAAGUGUGUUGGCUGCAAGUGCACUUGUUACCAAUUAAGCUAAUCCGUCAGAUAAUUAGUAACAUAACACACACACACA------CA--------A
........(..((((..(((((((((..(((((....)))))..))......((((((..........)))))).....))))))).))))..------).--------. ( -21.90)
>DroYak_CAF1 105709 96 + 1
AGAGUCUAGCUUGUGAAGUGUGUUGGCUGCAAGUGCACUUGUUACCAAUUAAGCUAAUCCGUCAGAUAAUUAGUAACAUAACACACAAGCACA------CA--------C
........(((((((...((((((((..(((((....)))))..))......((((((..........))))))))))))...)))))))...------..--------. ( -26.50)
>consensus
AGAGUCUAGCUUGUGAAGUGUGUUGGCUGCAAGUGCACUUGUUACCAAUUAAGCUAAUCCGUCAGAUAAUUAGUAACAUAACACACACACACA______CA________A
.(((.....)))(((..(((((((((..(((((....)))))..))......((((((..........)))))).....))))))).))).................... (-21.28 = -21.16 +  -0.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 15,145,067 – 15,145,165
Length 98
Sequences 5
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.73
Mean single sequence MFE -31.74
Consensus MFE -27.70
Energy contribution -27.78
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -3.28
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 4.23
SVM RNA-class probability 0.999844
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15145067 98 - 22407834
U--------CG--AG--UGUGUGUGUGUGUUAUGUUACUAAUUAUCUGACGGAUUAGCUUAAUUGGUAACAAGUGCACUUGCAGCCAACACACUUCACAAGCUAGACUCU
(--------(.--((--(.((((.(((((((.((((((((((((.((((....))))..))))))))))))..(((....)))...)))))))..)))).))).)).... ( -32.60)
>DroPse_CAF1 109568 110 - 1
GUGUGUCCUCCUGCGUGCCAGUGUGUGUGUUAUGUUACUAAUUAUCUGACGGAUUAGCUUAAUUGGUAACAAGUGCACUUGCAGCCAACACACUUCACGAGCGAGACUCU
..(.(((.((((.((((..(((((((..(((.((((((((((((.((((....))))..))))))))))))...((....)))))..))))))).)))))).))))).). ( -35.30)
>DroSec_CAF1 90194 96 - 1
U--------UG------UGUGUGUGUGUGUUAUGUUACUAAUUAUCUGACGGAUUAGCUUAAUUGGUAACAAGUGCACUUGCAGCCAACACACUUCACAAGCUAGACUCU
.--------.(------(.((((.(((((((.((((((((((((.((((....))))..))))))))))))..(((....)))...)))))))..)))).))........ ( -30.40)
>DroSim_CAF1 89718 96 - 1
U--------UG------UGUGUGUGUGUGUUAUGUUACUAAUUAUCUGACGGAUUAGCUUAAUUGGUAACAAGUGCACUUGCAGCCAACACACUUCACAAGCUAGACUCU
.--------.(------(.((((.(((((((.((((((((((((.((((....))))..))))))))))))..(((....)))...)))))))..)))).))........ ( -30.40)
>DroYak_CAF1 105709 96 - 1
G--------UG------UGUGCUUGUGUGUUAUGUUACUAAUUAUCUGACGGAUUAGCUUAAUUGGUAACAAGUGCACUUGCAGCCAACACACUUCACAAGCUAGACUCU
(--------(.------((((...(((((((.((((((((((((.((((....))))..))))))))))))..(((....)))...)))))))..)))).))........ ( -30.00)
>consensus
U________UG______UGUGUGUGUGUGUUAUGUUACUAAUUAUCUGACGGAUUAGCUUAAUUGGUAACAAGUGCACUUGCAGCCAACACACUUCACAAGCUAGACUCU
.................((((...(((((((.((((((((((((.((((....))))..))))))))))))..(((....)))...)))))))..))))........... (-27.70 = -27.78 +   0.08)

alignment

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