Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,031,306 – 15,031,420 |
Length | 114 |
Max. P | 0.869493 |
Location | 15,031,306 – 15,031,420 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 116 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 70.29 |
Mean single sequence MFE | -36.28 |
Consensus MFE | -15.07 |
Energy contribution | -16.55 |
Covariance contribution | 1.48 |
Combinations/Pair | 1.31 |
Mean z-score | -1.97 |
Structure conservation index | 0.42 |
SVM decision value | 0.86 |
SVM RNA-class probability | 0.869493 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 15031306 114 - 22407834 GUUGAGCGCGCUAACUGCAAGAGCUUAGUUUGGAAUCGGGCUUAAUAUGCUGGCUUGGAUCCCAAACAAGCGGAGCUUUAAGCUCACAGUACACAGAUAUUCGAUCCCGUGGAG-- ..(((((..((.....)).(((((((.((((((.((((((((.........))))).))).)))))).....)))))))..))))).....(((.(((.....)))..)))...-- ( -31.80) >DroPse_CAF1 37330 99 - 1 GCUUUGGGCGCUGAGUGCAAGAUCUGUGCUCGAAGACGAGCGUAAUAUACU--CUGGCAGACCGAUCGUCC-AAGCUUAAAGCUC--AGCU--CAGGU----------GAGCUGUU (((((((((((((((((((.....)))(((((....))))).......)))--).))).(((.....))).-..))))))))).(--((((--(....----------)))))).. ( -37.70) >DroSec_CAF1 25352 114 - 1 GUUCAGUGCGCUAACUGCAAGAGCUUAGUAUGGAGUCGGGCUUAAUAUGCUGGCUUGGAUCUCGAACAAGCAGAGCUUUAAGCUC--AGUACACAGAUAUUCGAUCCCGUGGUGUU ((((..((((.....)))).)))).((.(((((..((((((((((...(((.(((((.........)))))..))).))))))))--........(.....)))..))))).)).. ( -34.00) >DroSim_CAF1 27738 99 - 1 GUUCAGUGCGCUAACUGCAAGAGCUUAGUUUGGAGUCGGGCUUAAUAUGCUGGCUUGGAUCCCAAACAAGCAGAGCUUUAAGCUC--AGUGCACAGAU---------------GUU .....(((((((..........((((.((((((..(((((((.........)))))))...)))))))))).((((.....))))--)))))))....---------------... ( -36.90) >DroEre_CAF1 26574 112 - 1 GUUGAGUGCGCUAACUGCAAGAGCUUAGACCGGAGUCGGGCUUAAUAUGCUGGCUUGGAUCCACAACAAGCUAAGCUUUAAGCUC--AGAACUCAGAGAUCGGAUUCCGUGGUG-- .((((((..((.....))....)))))).((((((((((((((((...(((((((((.........)))))).))).))))))))--.((.(.....).)).))))))).)...-- ( -36.90) >DroPer_CAF1 36636 99 - 1 GCUUUGGGCGCUGAGUGCAAGAUCUGUGCUCGAAGACGAGCAUAAUAUACU--CUGGCAGACCGAUCGCGC-AAGCUUAAAGCUC--AGCU--CAGGU----------GAGCUGUU (((((((((.....((((..((((((((((((....)))))))).......--..((....))))))))))-..))))))))).(--((((--(....----------)))))).. ( -40.40) >consensus GUUCAGUGCGCUAACUGCAAGAGCUUAGUUCGGAGUCGGGCUUAAUAUGCUGGCUUGGAUCCCGAACAAGC_AAGCUUUAAGCUC__AGUACACAGAU__________GUGGUGUU .....((((((.....))..((((((((((((....))))).......(((.(((((.........)))))..)))..)))))))...))))........................ (-15.07 = -16.55 + 1.48)
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