Locus 5291

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	14,907,996 – 14,908,107
Length	111
Max. P	0.937825

overview

Window 5

Location	14,907,996 – 14,908,107
Length	111
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.71
Mean single sequence MFE	-58.44
Consensus MFE	-36.02
Energy contribution	-37.09
Covariance contribution	1.07
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-1.97
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	1.26
SVM RNA-class probability	0.937825
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14907996 111 + 22407834
CCUCCCGGUCCAGCCAUCGCUGACGCGGCC---GCAUUG---GCGUUGGCCACCACCGCCGUGGAGGUGCUGCUCCCGGUGGCGGUGCCAGCGGUGGUGCUGCCCACGUUGGAGGCA
((((((((((.(((....))))))(.(((.---((((((---.(((((((.(((.((((((.((((......)))))))))).)))))))))).)))))).)))).))..))))).. ( -64.30)
>DroGri_CAF1 55366 86 + 1
-------------------------CCGUU---GGGGGC---ACAGCUGUGGCAACCGCUGUCGAUGUGCUGCUGCCGGUGGCUGUGCCGGCAGUGGUGCUGCCCACAUUGGAGGCA
-------------------------(((.(---(.((((---(((((.((....)).)))))....(..(..((((((((......))))))))..)..).)))).)).)))..... ( -45.10)
>DroSec_CAF1 3594 111 + 1
CCUCCCGGACCUGACAUCGCUGAUGCGGCC---GCGUUG---GCGUUGGCCACCACCGCCGUGGAGGUGCUGCUCCCGGUGGCGGUGCCAGCGGUGGUGCUGCCCACGUUGGAGGCA
(((((..(((.((.....((....))(((.---(((..(---.(((((((.(((.((((((.((((......)))))))))).)))))))))).)..))).))))).)))))))).. ( -60.40)
>DroEre_CAF1 15236 114 + 1
CCUCCUGGUCCUGCCAUCGCUGAUGCGGCCGCCGCAUUC---GCGUUGGCCACCACCGCCGUGGAGGUGCUGCUCCCGGUGGCGGUGCCAGCGGUGGUGCUGCCCACGUUGGAGGCA
(((((.(((..(((((((((((..(((((((.(((....---))).)))))(((.((((((.((((......)))))))))).))))))))))))))))..)))......))))).. ( -65.90)
>DroYak_CAF1 12687 111 + 1
CCUCCCGGUCCUGCCAUCGCUGACGCGGCC---ACGUUG---GCGUUGGCCACCACCGCCGUGGAGGUGCUGCUCCCGGUGGCGGUGCCGGCGGUGGUGCUGCCCACGUUGGAGGCA
(((((.(((..(((((((((((..((((((---(((...---.)).)))))(((.((((((.((((......)))))))))).))))))))))))))))..)))......))))).. ( -62.00)
>DroAna_CAF1 12823 111 + 1
GCUGCGGA---UGCUGAUGCUGAUGCGGCU---GAGUUGACCGCGGAUGCCACCACCGCGGUAGAGGUGCUGCUGCCAGUGGCGGUGCCGGCGGUGGUGCUGCCCACGUUCGAGGCA
(((.((((---((.((..((((..(((((.---......(((((((.((....)))))))))......)))))...))))(((((..(((....)))..))))))))))))).))). ( -52.92)
>consensus
CCUCCCGGUCCUGCCAUCGCUGAUGCGGCC___GCGUUG___GCGUUGGCCACCACCGCCGUGGAGGUGCUGCUCCCGGUGGCGGUGCCAGCGGUGGUGCUGCCCACGUUGGAGGCA
.................(((....)))(((............((((.(((...(((((((((...((..(((((......)))))..)).)))))))))..))).))))....))). (-36.02 = -37.09 +   1.07)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	14,907,996 – 14,908,107
Length	111
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.71
Mean single sequence MFE	-51.98
Consensus MFE	-28.56
Energy contribution	-31.60
Covariance contribution	3.04
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-1.83
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	0.55
SVM RNA-class probability	0.778041
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14907996 111 - 22407834
UGCCUCCAACGUGGGCAGCACCACCGCUGGCACCGCCACCGGGAGCAGCACCUCCACGGCGGUGGUGGCCAACGC---CAAUGC---GGCCGCGUCAGCGAUGGCUGGACCGGGAGG
..(((((.((((((.(.(((....((.((((((((((.(((((((......)))).))).)))))).)))).)).---...)))---).))))))((((....)))).....))))) ( -58.10)
>DroGri_CAF1 55366 86 - 1
UGCCUCCAAUGUGGGCAGCACCACUGCCGGCACAGCCACCGGCAGCAGCACAUCGACAGCGGUUGCCACAGCUGU---GCCCCC---AACGG-------------------------
.....((......(((((.....)))))((((((((....((((((.((.........)).))))))...)))))---)))...---...))------------------------- ( -35.90)
>DroSec_CAF1 3594 111 - 1
UGCCUCCAACGUGGGCAGCACCACCGCUGGCACCGCCACCGGGAGCAGCACCUCCACGGCGGUGGUGGCCAACGC---CAACGC---GGCCGCAUCAGCGAUGUCAGGUCCGGGAGG
..(((((..(((.((((((......)))(((((((((.(((((((......)))).))).)))))).)))...))---).)))(---(((((((((...)))))..)).)))))))) ( -56.30)
>DroEre_CAF1 15236 114 - 1
UGCCUCCAACGUGGGCAGCACCACCGCUGGCACCGCCACCGGGAGCAGCACCUCCACGGCGGUGGUGGCCAACGC---GAAUGCGGCGGCCGCAUCAGCGAUGGCAGGACCAGGAGG
..(((((...((((......))))...((((((((((.(((((((......)))).))).)))))))((((.(((---..((((((...))))))..))).))))....)))))))) ( -62.60)
>DroYak_CAF1 12687 111 - 1
UGCCUCCAACGUGGGCAGCACCACCGCCGGCACCGCCACCGGGAGCAGCACCUCCACGGCGGUGGUGGCCAACGC---CAACGU---GGCCGCGUCAGCGAUGGCAGGACCGGGAGG
..(((((...((((......))))...((((((((((.(((((((......)))).))).)))))))((((.(((---..((((---....))))..))).))))....)))))))) ( -59.10)
>DroAna_CAF1 12823 111 - 1
UGCCUCGAACGUGGGCAGCACCACCGCCGGCACCGCCACUGGCAGCAGCACCUCUACCGCGGUGGUGGCAUCCGCGGUCAACUC---AGCCGCAUCAGCAUCAGCA---UCCGCAGC
(((((.......))))).(((((((((.(((...)))....((....)).........)))))))))((....(((((......---.)))))....((....)).---...))... ( -39.90)
>consensus
UGCCUCCAACGUGGGCAGCACCACCGCCGGCACCGCCACCGGGAGCAGCACCUCCACGGCGGUGGUGGCCAACGC___CAACGC___GGCCGCAUCAGCGAUGGCAGGACCGGGAGG
..(((((...((((......))))((.((((((((((.(((((((......)))).))).)))))).)))).))................(((....)))............))))) (-28.56 = -31.60 +   3.04)

alignment

secondary structure

dotplot

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