Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,608,601 – 1,608,693 |
Length | 92 |
Max. P | 0.991869 |
Location | 1,608,601 – 1,608,693 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 109 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.19 |
Mean single sequence MFE | -35.92 |
Consensus MFE | -25.10 |
Energy contribution | -23.88 |
Covariance contribution | -1.22 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -3.62 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 2.29 |
SVM RNA-class probability | 0.991869 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 1608601 92 + 22407834 GUUGACAGUUAACAAUAUUUAGUGCCCGUGGGCGGGAC-----UCC-----CGCUGG-----GAGCC-AUAACAA-GUCCAUGUCUGGCACUAGAUACUUAGUGCAGUA (((((...)))))..((((((((((((((((((.((.(-----(((-----(...))-----)))))-.......-)))))))...)))))))))))............ ( -34.10) >DroVir_CAF1 129117 100 + 1 GUUGACAGUUAACAAUAUUUAGUGCCCGUGAGCAGGAU-----UUGGGCCCCACAAAGGCCAAAUCC----ACAACGCUCAUGCCUGGCACUAAAUACUUAGUACAUUA (((((...)))))..((((((((((((((((((.((((-----((((.((.......))))))))))----.....)))))))...)))))))))))............ ( -37.40) >DroPse_CAF1 135311 96 + 1 GUUGACAGUUAACAAUAUUUAGUGCCCCUGGGCGGGAU-----CUCU---UCGCGGA-----GAACCAAUAACAACGCCCAGGUCUGGCACUGAAUACUUAGUGAAGUA (((((...)))))..(((((((((((((((((((((.(-----((((---....)))-----)).))........))))))))...)))))))))))............ ( -37.60) >DroEre_CAF1 88781 91 + 1 GUUGACAGUUAACAAUAUUUAGUGCCCGUGGGCCGGAU-----UCC-----G-CUGG-----GAGCC-ACAACAA-GUCCAUGUCUGGCACUAGAUACUUAGUGCAGUA (((((...)))))..((((((((((((((((((.((.(-----(((-----.-...)-----)))))-.......-)))))))...)))))))))))............ ( -27.90) >DroAna_CAF1 117163 103 + 1 GUUGACAGUUAACAAUAUUUAGUGCCCGUGGGCAGGAGCUGGCCCC-----AUCCCGGGCCAGUUUC-ACAACAACGCCCAUGUGAGGCACUAAAUACUUAGAGAUGUA ....(((.((((...((((((((((((((((((.(((((((((((.-----.....)))))))))))-........)))))))...))))))))))).))))...))). ( -45.50) >DroPer_CAF1 139808 96 + 1 GUUGACAGUUAACAAUAUUUAGUGCCCCUGGGCGGGAU-----CUCU---UCGCGGA-----GAACCAAUAACAACGCCCCGGUCUGGCACUGAAUACUUAGUGAAGUA (((((...)))))..(((((((((((((.(((((((.(-----((((---....)))-----)).))........))))).))...)))))))))))............ ( -33.00) >consensus GUUGACAGUUAACAAUAUUUAGUGCCCGUGGGCGGGAU_____CCC_____CGCGGA_____GAACC_AUAACAACGCCCAUGUCUGGCACUAAAUACUUAGUGAAGUA (((((...)))))..((((((((((((((((((...........................................)))))))...)))))))))))............ (-25.10 = -23.88 + -1.22)
Location | 1,608,601 – 1,608,693 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 109 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 76.19 |
Mean single sequence MFE | -33.00 |
Consensus MFE | -17.98 |
Energy contribution | -19.10 |
Covariance contribution | 1.11 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -2.76 |
Structure conservation index | 0.54 |
SVM decision value | 2.26 |
SVM RNA-class probability | 0.991321 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 1608601 92 - 22407834 UACUGCACUAAGUAUCUAGUGCCAGACAUGGAC-UUGUUAU-GGCUC-----CCAGCG-----GGA-----GUCCCGCCCACGGGCACUAAAUAUUGUUAACUGUCAAC ....((((((......))))))..((((..(((-.((((..-(((((-----((...)-----)))-----)))..(((....)))....))))..)))...))))... ( -29.90) >DroVir_CAF1 129117 100 - 1 UAAUGUACUAAGUAUUUAGUGCCAGGCAUGAGCGUUGU----GGAUUUGGCCUUUGUGGGGCCCAA-----AUCCUGCUCACGGGCACUAAAUAUUGUUAACUGUCAAC ....((....(((((((((((((.....((((((....----(((((((((((.....))).))))-----))))))))))..)))))))))))))....))....... ( -39.40) >DroPse_CAF1 135311 96 - 1 UACUUCACUAAGUAUUCAGUGCCAGACCUGGGCGUUGUUAUUGGUUC-----UCCGCGA---AGAG-----AUCCCGCCCAGGGGCACUAAAUAUUGUUAACUGUCAAC ..........((((((.((((((...((((((((........((.((-----((.....---.)))-----).)))))))))))))))).))))))............. ( -34.00) >DroEre_CAF1 88781 91 - 1 UACUGCACUAAGUAUCUAGUGCCAGACAUGGAC-UUGUUGU-GGCUC-----CCAG-C-----GGA-----AUCCGGCCCACGGGCACUAAAUAUUGUUAACUGUCAAC ....((((((......))))))..((((((((.-((((((.-(....-----))))-)-----)).-----.))))(((....)))................))))... ( -24.70) >DroAna_CAF1 117163 103 - 1 UACAUCUCUAAGUAUUUAGUGCCUCACAUGGGCGUUGUUGU-GAAACUGGCCCGGGAU-----GGGGCCAGCUCCUGCCCACGGGCACUAAAUAUUGUUAACUGUCAAC .(((......((((((((((((((....((((((.....(.-((..(((((((.....-----.))))))).))))))))).))))))))))))))......))).... ( -40.60) >DroPer_CAF1 139808 96 - 1 UACUUCACUAAGUAUUCAGUGCCAGACCGGGGCGUUGUUAUUGGUUC-----UCCGCGA---AGAG-----AUCCCGCCCAGGGGCACUAAAUAUUGUUAACUGUCAAC ..........((((((.((((((...((.(((((........((.((-----((.....---.)))-----).))))))).)))))))).))))))............. ( -29.40) >consensus UACUGCACUAAGUAUUUAGUGCCAGACAUGGGCGUUGUUAU_GGAUC_____CCAGCG_____GAA_____AUCCCGCCCACGGGCACUAAAUAUUGUUAACUGUCAAC ..........(((((((((((((.....((((((.........................................))))))..)))))))))))))............. (-17.98 = -19.10 + 1.11)
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