Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,771,644 – 14,771,746 |
Length | 102 |
Max. P | 0.510802 |
Location | 14,771,644 – 14,771,746 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 109 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 90.51 |
Mean single sequence MFE | -22.72 |
Consensus MFE | -18.76 |
Energy contribution | -18.40 |
Covariance contribution | -0.36 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -1.74 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | -0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.506755 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 14771644 102 + 22407834 -------UUCUGUGUUCUGGCAAGCUCAUUAAGCAAAUCGCAUUAUUUGCUUAUACGAAUUUAAGUAUCUUUCCAGUGCACUAAGCACACAGAACGCUCUGACAGCCCC -------((((((((.((((.(((.....(((((((((......)))))))))(((........))).))).)))).((.....)))))))))).(((.....)))... ( -25.50) >DroSec_CAF1 18176 102 + 1 -------UUUUGUGUCCUGGCAAGCUCAUUAAGCAAAUCGCAUUAUUUGCUCAUACGAAUUCAAGUAUCUUUCCAGUGCACUAAGCACACAGAACGCUCUGACAGCCCC -------....(((..((((.(((.......(((((((......))))))).((((........))))))).))))..)))...((...((((....))))...))... ( -22.70) >DroSim_CAF1 15894 102 + 1 -------UUUUGUGUCCUGGCAAGCUCAUUAAGCAAAUCGCAUUAUUUGCUCAUACGAAUUCAAGUAUCUUUCCAGUGCACUAAGCACACAGAACGCUCUGACAGCCCC -------....(((..((((.(((.......(((((((......))))))).((((........))))))).))))..)))...((...((((....))))...))... ( -22.70) >DroEre_CAF1 12336 109 + 1 UUUUCUUUUUUGUGUUCUGGCAAGCUCAUUAAGCAAAUCGCAUUAUUUGCUCAUACGAACUCAAGUAUCUUUCCACUGCACUAAGCACACAAAACGCUCUGACAGCCCC .......((((((((.((.(((.........(((((((......))))))).((((........))))........)))....)).)))))))).(((.....)))... ( -19.20) >DroYak_CAF1 15241 106 + 1 ---GCUUUUUUGUGUUCUGGCAAGCUCAUUAAGCAAAUCGCAUUAUUUGCUCAUACGAACUCAAGUAUCUUUCCAGUGCACUAAGCACACAAAACGCUCUGACAGCCCC ---((((....((((.((((.(((.......(((((((......))))))).((((........))))))).)))).)))).)))).........(((.....)))... ( -23.70) >DroAna_CAF1 11620 99 + 1 --------UUUAGG--UUGGCAAGCUCAUUAAGCAAAUCGCAUUAUUUGUUCAUACGAAUUCAAGUAUCUUUCCAGUGCACUAGGCACUCGGCACGCUUUGACAGCCCC --------....((--(((.((((((.....))).....((..(((((((((....)))..)))))).....(((((((.....))))).))...)).))).))))).. ( -22.50) >consensus _______UUUUGUGUUCUGGCAAGCUCAUUAAGCAAAUCGCAUUAUUUGCUCAUACGAAUUCAAGUAUCUUUCCAGUGCACUAAGCACACAGAACGCUCUGACAGCCCC .......(((((((..((((.(((.......(((((((......))))))).((((........))))))).))))(((.....)))))))))).(((.....)))... (-18.76 = -18.40 + -0.36)
Location | 14,771,644 – 14,771,746 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 109 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 90.51 |
Mean single sequence MFE | -28.68 |
Consensus MFE | -24.17 |
Energy contribution | -24.20 |
Covariance contribution | 0.03 |
Combinations/Pair | 1.13 |
Mean z-score | -1.57 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | -0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.510802 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 14771644 102 - 22407834 GGGGCUGUCAGAGCGUUCUGUGUGCUUAGUGCACUGGAAAGAUACUUAAAUUCGUAUAAGCAAAUAAUGCGAUUUGCUUAAUGAGCUUGCCAGAACACAGAA------- ...(((.....))).((((((((((.....)).((((.(((.........(((((.(((((((((......))))))))))))))))).)))).))))))))------- ( -29.90) >DroSec_CAF1 18176 102 - 1 GGGGCUGUCAGAGCGUUCUGUGUGCUUAGUGCACUGGAAAGAUACUUGAAUUCGUAUGAGCAAAUAAUGCGAUUUGCUUAAUGAGCUUGCCAGGACACAAAA------- .((((...(((......)))...)))).(((..((((.(((.........(((((.(((((((((......))))))))))))))))).))))..)))....------- ( -28.90) >DroSim_CAF1 15894 102 - 1 GGGGCUGUCAGAGCGUUCUGUGUGCUUAGUGCACUGGAAAGAUACUUGAAUUCGUAUGAGCAAAUAAUGCGAUUUGCUUAAUGAGCUUGCCAGGACACAAAA------- .((((...(((......)))...)))).(((..((((.(((.........(((((.(((((((((......))))))))))))))))).))))..)))....------- ( -28.90) >DroEre_CAF1 12336 109 - 1 GGGGCUGUCAGAGCGUUUUGUGUGCUUAGUGCAGUGGAAAGAUACUUGAGUUCGUAUGAGCAAAUAAUGCGAUUUGCUUAAUGAGCUUGCCAGAACACAAAAAAGAAAA ...(((.....))).((((((((.((..(.((((((......)))).((((((((.(((((((((......)))))))))))))))))))))).))))))))....... ( -29.70) >DroYak_CAF1 15241 106 - 1 GGGGCUGUCAGAGCGUUUUGUGUGCUUAGUGCACUGGAAAGAUACUUGAGUUCGUAUGAGCAAAUAAUGCGAUUUGCUUAAUGAGCUUGCCAGAACACAAAAAAGC--- ...(((.....))).((((((((((.....)).((((.(((...)))((((((((.(((((((((......))))))))))))))))).)))).))))))))....--- ( -32.30) >DroAna_CAF1 11620 99 - 1 GGGGCUGUCAAAGCGUGCCGAGUGCCUAGUGCACUGGAAAGAUACUUGAAUUCGUAUGAACAAAUAAUGCGAUUUGCUUAAUGAGCUUGCCAA--CCUAAA-------- ..(((.(((((((((..((.(((((.....)))))))..............((((((.........))))))..)))))..))).)..)))..--......-------- ( -22.40) >consensus GGGGCUGUCAGAGCGUUCUGUGUGCUUAGUGCACUGGAAAGAUACUUGAAUUCGUAUGAGCAAAUAAUGCGAUUUGCUUAAUGAGCUUGCCAGAACACAAAA_______ .(..(((...((((.(((((.((((.....)))))))))............((((.(((((((((......)))))))))))))))))..)))..)............. (-24.17 = -24.20 + 0.03)
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