Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,742,255 – 14,742,365 |
Length | 110 |
Max. P | 0.783609 |
Location | 14,742,255 – 14,742,365 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 6 |
Columns | 111 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.96 |
Mean single sequence MFE | -31.50 |
Consensus MFE | -22.16 |
Energy contribution | -25.24 |
Covariance contribution | 3.08 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -2.44 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 0.56 |
SVM RNA-class probability | 0.783609 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 14742255 110 + 22407834 UCAGGUGAGUGUGCUUGCGUAUGUGAAAGAAAAAUACUUGGUUCAGAUGUGCAUACAUAUCAUUUAAAUUUUUCUGCUACGUUUGCAGGCAGACUUGAUUUACUUGGGUG- ((((((((((.((((((((.(((((..((((((((..((((....((((((....))))))..))))))))))))..))))).)))))))).)))).....))))))...- ( -35.90) >DroSec_CAF1 6782 110 + 1 UCAGGUGAGUGUGCUUGCGUAUGUGAAAGAAAAAUACUUGGUUCAGAUGUGCACACAUAUCAUUUAAAUUUUUCUGCUACGUUUGCAGGCAAACUUGAUUUACUUGGGUG- ((((((((((.((((((((.(((((..((((((((..((((....((((((....))))))..))))))))))))..))))).))))))))......))))))))))...- ( -34.20) >DroSim_CAF1 6557 110 + 1 UCAGGUGAGUGUGCUUGCGUAUGUGAAAGAAAAAUACUUGGUUCAGAUGUGCACACAUAUCAUUUAAAUUUUUCUGCUACGUUUGCAGGCAAACUUGAUUUACUUGGGUG- ((((((((((.((((((((.(((((..((((((((..((((....((((((....))))))..))))))))))))..))))).))))))))......))))))))))...- ( -34.20) >DroEre_CAF1 6671 110 + 1 UCAGGUGAGUGUGUUUGCGUAUGUGAAAGAAAAAUACUUGGCUCAGAUGUGCAUACAUAUCAUUUCAAUUUUUCUGCUACGUUUGCAGGCAGACUUCAUUUACUUGGGUG- (((((((((((((((((((.(((((..((((((((...(((....((((((....))))))...)))))))))))..))))).)))))))).....)))))))))))...- ( -34.70) >DroYak_CAF1 7984 111 + 1 UCAGGUGAGUGUGUUUGCGUAUGUGAAAGAAAAAUACUUGGCUCAGAUGUGCAUACAUAUCAUUUCAAUUUUUCUGCUACGUUUGCAGGCAGACUUGAUUUACUUGGGUGC ((((((((((.((((((((.(((((..((((((((...(((....((((((....))))))...)))))))))))..))))).)))))))).)))).....)))))).... ( -33.80) >DroPer_CAF1 20064 89 + 1 UCAGGUGG---UCCAUGUGUGUGCGAU------AUGUCUGUGUGUGCUGUA------------CUUAAUUUUUCUGCUACGUUGGCAACCCUGCUUGAUUUACUCCGCUG- (((((..(---(((((....))).)).------.((((..((((.((....------------............))))))..))))...)..)))))............- ( -16.19) >consensus UCAGGUGAGUGUGCUUGCGUAUGUGAAAGAAAAAUACUUGGUUCAGAUGUGCAUACAUAUCAUUUAAAUUUUUCUGCUACGUUUGCAGGCAGACUUGAUUUACUUGGGUG_ ((((((((((.((((((((.(((((..((((((((..........((((((....))))))......))))))))..))))).)))))))).)))).....)))))).... (-22.16 = -25.24 + 3.08)
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