Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,726,344 – 14,726,464 |
Length | 120 |
Max. P | 0.767611 |
Location | 14,726,344 – 14,726,464 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.83 |
Mean single sequence MFE | -38.42 |
Consensus MFE | -19.50 |
Energy contribution | -20.62 |
Covariance contribution | 1.11 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -2.20 |
Structure conservation index | 0.51 |
SVM decision value | 0.52 |
SVM RNA-class probability | 0.767611 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 14726344 120 + 22407834 CACCAGUAGAUAUUGUGGAAGUUCUGCUGCGAGAUGAUCUGUAGCAGAAUAGAGCUAUGGUUCAGUCUGCGUUGCAGUUCAUAGAGCAGCUUUGUCGAUAAUUUAAUAACGUGUAUGUGG (((...((...(((((.((......(((((...((((.((((((((((...((((....))))..)))))..))))).))))...)))))....)).)))))....))..)))....... ( -36.70) >DroPse_CAF1 114396 120 + 1 CACCAGUACAUGUUGUGAAAGUUCUGCUGCGAUAUGAUCUGAAAGAGCACUGCGGGAUGAGCCAGUAGGUUCCGCAGCUCCCCAAGGAGCCCCGCCGAGAUGUGAACAUGGAACAUAUCA ..(((.(((((.(((.....(((((....((........))..)))))...(((((..(((((....)))))....(((((....))))))))))))).)))))....)))......... ( -37.70) >DroSec_CAF1 83164 120 + 1 CACCAAUAUAUAUUGUGGAAGUUCUGCUGCGAGAUGAUCUGUAGCAGAAUAGAGCUAUGGUUCAGUCUGCGUUGCAGUUCAUGGAGCAGCAUUGCCGAUAAUUUGAUAACGUGUAUUUUG ....((((((..((((.(((((..((((((...((((.((((((((((...((((....))))..)))))..))))).))))...))))))..))......))).))))..))))))... ( -37.70) >DroSim_CAF1 83712 119 + 1 CACCAGUAGAUGUUGUGGAAGUUCUGCUGCGAGAUGAUCUGUAGCAGAAUAGAGCUAUGGUUCAGUCUGCGUUGCAGUUCAUGGAGCAGCUUUGCCGAUAAUUUGAUAACGUGUAUUUU- ....((((.(((((((.(((((((((((((.((.....)))))))))))).((((....)))).(((.(((..((.((((...)))).))..))).)))..))).))))))).))))..- ( -39.70) >DroEre_CAF1 86262 120 + 1 CACCAGUAGAUGUUGUUAAAGUUCUGCUGCGAUAUGACCUGGAGCAGAAUGGAGCUGUGGUUCAGUUUACGCUUUAGUUCGUGGAGCAGCUUUGUCGAUAUUUUGAUGACGUGUAUUUGG ..((((((.((((..(((((((((.(((((..(((((.(((((((.((((.((((....)))).))))..))))))).)))))..)))))......)).)))))))..)))).)).)))) ( -42.80) >DroYak_CAF1 82982 120 + 1 CACCAGUAGAUGUUGUGGAAGUUCUGCUGCGAGAUGACCUGGAGCAGAAUAGUGCUGUGGUUCAGUCUCUGUUUUAGUUCGAAGAGCAGCUUUGUCGAUAUCUUGAUAAGGUGGAUGUGG ((((...((((((((..((((..(((((.(....(((.((((((((((.....((((.....)))).)))))))))).)))..))))))))))..))))))))......))))....... ( -35.90) >consensus CACCAGUAGAUGUUGUGGAAGUUCUGCUGCGAGAUGAUCUGUAGCAGAAUAGAGCUAUGGUUCAGUCUGCGUUGCAGUUCAUGGAGCAGCUUUGCCGAUAAUUUGAUAACGUGUAUUUGG .........................(((((...((((.((((((((((...((((....))))..)))..))))))).))))...))))).............................. (-19.50 = -20.62 + 1.11)
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