Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,706,686 – 14,706,806 |
Length | 120 |
Max. P | 0.933201 |
Location | 14,706,686 – 14,706,806 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.97 |
Mean single sequence MFE | -33.22 |
Consensus MFE | -15.98 |
Energy contribution | -17.90 |
Covariance contribution | 1.92 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -3.19 |
Structure conservation index | 0.48 |
SVM decision value | 1.23 |
SVM RNA-class probability | 0.933201 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 14706686 120 + 22407834 GCAUUGAAUUGUGCCCCAGAGAUUGUAAAUCACAGAUUAAGUGCAUAAUGACUGUAUUUUGCCAUUCAAUGGAAUGUAAAGUCAAUCUUUAUUCAGCAACAUUUAUGAAUAUACUGUUCC ((((......))))..(((((((((......((((((((......))))..))))(((((((.((((....))))))))))))))))).((((((..........))))))..))).... ( -20.00) >DroSec_CAF1 62876 120 + 1 GCACUGAACUGUGCCAUACAGAUUGUUAAUCACAGAUUAAGUGCAUAAAGGCUGUAUUUUGCCAUUCAAUGGAAUGUAAAGUCAGUCUUUAUUCAGCAUCAUUUGUGAAUAAACAGUUUC ((((......)))).....((((((((..((((((((...((((((((((((((.(((((((.((((....)))))))))))))))))))))...)))).))))))))...)))))))). ( -40.20) >DroSim_CAF1 63159 120 + 1 GCAUUGAACUGUGUCAUACAGAUUGUUAAUCACAGAUUAAGUGAAUAAAGGCUGUAUUUUGCCAUUCAAUGGAAUGUAAAGUCAGUCUUUAUUCAGCUUCAUUUGUGAAUAAACAGUUCA ....(((((((((((.....)))..(((.((((((((.((((((((((((((((.(((((((.((((....)))))))))))))))))))))))).))).)))))))).))))))))))) ( -45.90) >DroEre_CAF1 62221 112 + 1 GCAUUGAACUGUGUCACUGAGAUCGCGAAGCUCUGAUUAAGUG--------CUUUAUUCUGCCAUUCGAUGGAAUGUGAAGUCAGUCUUUAUUCAGCAUCACUUGUGAGUAAACAGUUUC .....(((((((...(((((..(((((((((.((.....)).)--------))))(((((..(....)..)))))))))..)))))..(((((((.((.....)))))))))))))))). ( -30.60) >DroYak_CAF1 61918 112 + 1 GCAUUGAACUGUGUCACUGAGAUUGUAAAUCUGCGAUUAAGUG--------CUGUAUAUUGCCAUUCAAUGGAAUGUGAAGUCAGUCUUCAUUCAGCAUCGUUUGUGAACAAACAGUUUC .....(((((((.((((...(((((((....)))))))..(((--------(((........(((((....)))))(((((.....)))))..)))))).....))))....))))))). ( -29.40) >consensus GCAUUGAACUGUGUCACAGAGAUUGUAAAUCACAGAUUAAGUG_AUAA_G_CUGUAUUUUGCCAUUCAAUGGAAUGUAAAGUCAGUCUUUAUUCAGCAUCAUUUGUGAAUAAACAGUUUC .....(((((((.....................................(((((.(((((((.((((....)))))))))))))))).(((((((.((.....)))))))))))))))). (-15.98 = -17.90 + 1.92)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:38:20 2006