Locus 5187

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 14,683,519 – 14,683,616
Length 97
Max. P 0.951122
window8258

overview

Window 8

Location 14,683,519 – 14,683,616
Length 97
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.27
Mean single sequence MFE -29.72
Consensus MFE -19.95
Energy contribution -20.28
Covariance contribution 0.33
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.79
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 1.41
SVM RNA-class probability 0.951122
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14683519 97 + 22407834
GAAGGUAUGUACACAUAUAUAUAUGCUAUAGG----------U---GCGGGGA-UGCAUGU---ACAGGAUGGGUGUGCAAAAGUAAUAUUUAUUAUGUGUAUACUUCUCUGAC
...((((((((........)))))))).((.(----------(---(((....-))))).)---)..(((..((((((((...(((((....))))).))))))))..)))... ( -25.30)
>DroPse_CAF1 51244 97 + 1
GGAGGCAUGCC-A-------CAGUGCCACAGAGC--------UCCAGAGGGGAGUGC-UGUGUGGCAGGAUGGGUGUGCAAAAGUAAUAUUUAUUAUGUGUAUACUUCUCUGAC
(((((((((((-.-------((.(((((((.(((--------(((.....)))..))-).)))))))...)))))))))..(((((((((.......)))).)))))))))... ( -37.80)
>DroSec_CAF1 37798 93 + 1
GAAGGUAUGUACA----UAUAUAUGCUAUAGG----------U---GCCGGGA-UGCAUGU---ACAGGAUGGGUGUGCAAAAGUAAUAUUUAUUAUGUGUAUACUUCUCUGAC
...((((((((..----..)))))))).((.(----------(---((.....-.)))).)---)..(((..((((((((...(((((....))))).))))))))..)))... ( -24.00)
>DroEre_CAF1 39791 97 + 1
GAAGGUAUGUACAUGUAGGUAUAUGCUAUAGG----------U---GCGGGGA-UGCAAGU---ACAGGAUGGGUGUGCAAAAGUAAUAUUUAUUAUGUGUAUACUUCUCUGAC
...(((((((((......)))))))))....(----------(---((..(..-..)..))---)).(((..((((((((...(((((....))))).))))))))..)))... ( -27.30)
>DroYak_CAF1 38407 89 + 1
GAAGGUAUGUA--------UAUAUGCUAUAGG----------U---GCGGGGA-UGCAUGU---ACAGGAUGGGUGUGCAAAAGUAAUAUUUAUUAUGUGUAUACUUCUCUGAC
.....((((((--------(...(((......----------.---)))...)-)))))).---...(((..((((((((...(((((....))))).))))))))..)))... ( -23.10)
>DroPer_CAF1 59027 105 + 1
GGAGGCAUGCC-A-------CAGUGCCACAGAGCUCCAGAGCUCCAGAGGGGAGUGC-UGUGUGGCAGGAUGGGUGUGCAAAAGUAAUAUUUAUUAUGUGUAUACUUCUCUGAC
(((((((((((-.-------((.(((((((.(((......(((((.....)))))))-).)))))))...)))))))))..(((((((((.......)))).)))))))))... ( -40.80)
>consensus
GAAGGUAUGUA_A______UAUAUGCUAUAGG__________U___GCGGGGA_UGCAUGU___ACAGGAUGGGUGUGCAAAAGUAAUAUUUAUUAUGUGUAUACUUCUCUGAC
...((((((((........))))))))........................................(((..((((((((...(((((....))))).))))))))..)))... (-19.95 = -20.28 +   0.33)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:38:10 2006