Locus 5153

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 14,603,848 – 14,604,008
Length 160
Max. P 0.871792
window8208 window8209

overview

Window 8

Location 14,603,848 – 14,603,968
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.78
Mean single sequence MFE -51.80
Consensus MFE -31.60
Energy contribution -30.38
Covariance contribution -1.21
Combinations/Pair 1.47
Mean z-score -1.99
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.87
SVM RNA-class probability 0.871792
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14603848 120 + 22407834
AUCAGAUCGGAGGCACUCUGUUUGGCCUGGGUAAGUUCGCUAUUCAACUGCUGUUGUUGCUCCUGCAGCCGGGCAGUCAACUGUUGUUCCGUUCUUUGGAGGGUGGCCAGUAGCUCCGAC
......((((((.(...(((...(..((.....))..)(((((((.((((((...(((((....)))))..))))))..........((((.....))))))))))))))..))))))). ( -37.70)
>DroPse_CAF1 16366 120 + 1
AUCAGCUCGGCGGCACUCUGCUUGGCCUGCGCCAGCUCUCCGUUGAGCUGCUGCUGCUGCUCCUGCAGGCGGGCCGUCAGCUGCUGCUCCGUCCGCUGCAGGGUCGUCAGCAGCUCCGAC
.((((((((((((......(((.(((....))))))...))))))))))(((((((.((..(((((((.(((((.(..(((....)))).))))))))))))..)).)))))))...)). ( -63.10)
>DroWil_CAF1 163716 120 + 1
AUUAGUUCGGCAGCACUUUGCUUGGCAUUGGCCAGUUCCCCAUUCAACUGUUGCUGUUGCUCCUGCAGACGAGCUGUCAGCUGUUGUUCGGUACGUUGCAACGUGCUUAACAGCUCCGAC
...((((.((((((.((((((..((((..((((((((........)))))..)))..))))...))))).).))))))))))((((((.(((((((....))))))).))))))...... ( -43.60)
>DroMoj_CAF1 8755 120 + 1
ACAAGCUCCGCUGCGCUCUGCUUGGCGCUGUUCAGCUCGGCAUUCAGCUGCUGUUGCUGCUCCUGCAGUCGCGCCGUCAGCUCCUGCUCCGUGCGCUGCAGCGUCGAGAGCAGCUCGGAC
......((((((((......(((((((((((...((.(((.....(((((((((.(((((....))))).)))..).)))))......))).))...))))))))))).)))))..))). ( -52.20)
>DroAna_CAF1 3083 120 + 1
AUCAGAUCCGACGCACUCUGUUUGGCCUGGGUCAGUUCGCUGUUCAGCUGCUGCUGCUGCUCUUGCAGCCUGGCCGUCAGCUGCUGCUCGGUCCUUUGGAGCGUGGCCAGCAGCUCGGCC
..(((..(.((((.....)))).)..)))((((((...(((((..(((.((....)).)))...)))))))))))(((((((((((((((.(((...))).)).)).)))))))).))). ( -51.10)
>DroPer_CAF1 16343 120 + 1
AUCAGCUCGGCGGCACUCUGCUUGGCCUGCGCCAGCUCUCCGUUGAGCUGCUGCUGCUGCUCCUGCAGGCGGGCCGUCAGCUGCUGCUCCGUCCGCUGCAGGGUCGUCAGCAGCUCCGAC
.((((((((((((......(((.(((....))))))...))))))))))(((((((.((..(((((((.(((((.(..(((....)))).))))))))))))..)).)))))))...)). ( -63.10)
>consensus
AUCAGCUCGGCGGCACUCUGCUUGGCCUGGGCCAGCUCGCCAUUCAGCUGCUGCUGCUGCUCCUGCAGCCGGGCCGUCAGCUGCUGCUCCGUCCGCUGCAGCGUCGUCAGCAGCUCCGAC
......((((.((((.......((((....))))(((........)))))))(((((((..(((((((.(((((.(..(((....)))).))))))))))).)....))))))).)))). (-31.60 = -30.38 +  -1.21)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 14,603,888 – 14,604,008
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.28
Mean single sequence MFE -51.85
Consensus MFE -29.72
Energy contribution -28.53
Covariance contribution -1.19
Combinations/Pair 1.52
Mean z-score -1.66
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.16
SVM RNA-class probability 0.613742
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14603888 120 + 22407834
UAUUCAACUGCUGUUGUUGCUCCUGCAGCCGGGCAGUCAACUGUUGUUCCGUUCUUUGGAGGGUGGCCAGUAGCUCCGACAUGCGGGCCUCCCGCAGUGAAGCCUCUGCCCGCAAGGUCU
........(((....(((((....))))).((((((...(((((...((((.....))))(((.((((....((........)).)))).)))))))).......)))))))))...... ( -46.20)
>DroPse_CAF1 16406 120 + 1
CGUUGAGCUGCUGCUGCUGCUCCUGCAGGCGGGCCGUCAGCUGCUGCUCCGUCCGCUGCAGGGUCGUCAGCAGCUCCGACAUUCGUGCCUCCCGCAGGGUGGCCUCUGCGCGCAGCGUCU
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>DroWil_CAF1 163756 120 + 1
CAUUCAACUGUUGCUGUUGCUCCUGCAGACGAGCUGUCAGCUGUUGUUCGGUACGUUGCAACGUGCUUAACAGCUCCGACAUGCGAGCCUCGCGUAGAGUGGCCUCCGCUCGAAGCGUUU
...((..((((.((....))....))))..))((((((((((((((...(((((((....)))))))))))))))..)))).))......(((...((((((...))))))...)))... ( -42.60)
>DroMoj_CAF1 8795 120 + 1
CAUUCAGCUGCUGUUGCUGCUCCUGCAGUCGCGCCGUCAGCUCCUGCUCCGUGCGCUGCAGCGUCGAGAGCAGCUCGGACAUGCGUGCCUCUCGCACCUUCGCCUCAGUACGCAGUGUUU
.....(((((((.(((.((((...((((.(((((.(..(((....)))).))))))))))))).))).))))))).((((((((((((.....((......))....))))))).))))) ( -48.80)
>DroAna_CAF1 3123 120 + 1
UGUUCAGCUGCUGCUGCUGCUCUUGCAGCCUGGCCGUCAGCUGCUGCUCGGUCCUUUGGAGCGUGGCCAGCAGCUCGGCCAUACGGGCUUCUCUCAGGGAGGCCUCCGCCCUAAGAGUCU
....((((....))))..(((((((..((.((((((..((((((((((((.(((...))).)).)).))))))))))))))...((((((((.....))))))))..))..))))))).. ( -57.10)
>DroPer_CAF1 16383 120 + 1
CGUUGAGCUGCUGCUGCUGCUCCUGCAGGCGGGCCGUCAGCUGCUGCUCCGUCCGCUGCAGGGUCGUCAGCAGCUCCGACAUUCGUGCCUCCCGCAGGGUGGCCUCUGCGCGCAGCGUCU
.((((((((((((..((.((.(((((((.(((((.(..(((....)))).)))))))))))))).)))))))))).))))...(((((....(((((((....))))))).))).))... ( -58.20)
>consensus
CAUUCAGCUGCUGCUGCUGCUCCUGCAGCCGGGCCGUCAGCUGCUGCUCCGUCCGCUGCAGCGUCGUCAGCAGCUCCGACAUGCGUGCCUCCCGCAGGGUGGCCUCUGCCCGCAGCGUCU
............(((((((..(((((((.(((((.(..(((....)))).))))))))))).)....)))))))...(((...(((((.....((......))....)))))....))). (-29.72 = -28.53 +  -1.19)

alignment

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secondary structure

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