Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,576,740 – 1,576,837 |
Length | 97 |
Max. P | 0.625370 |
Location | 1,576,740 – 1,576,837 |
---|---|
Length | 97 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.36 |
Mean single sequence MFE | -27.03 |
Consensus MFE | -10.91 |
Energy contribution | -10.64 |
Covariance contribution | -0.27 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -2.79 |
Structure conservation index | 0.40 |
SVM decision value | 0.19 |
SVM RNA-class probability | 0.625370 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 1576740 97 + 22407834 GUGCGUAGCGUAAUUAUAUAUAU-UUG--UAGUUUACAAAUGCGAUUUC--GCAAGGUUAAAUGC--------AAGGAUCCUAUUUUGCAUUUAA--GCUACCUCUGCAUGA ((((((((((((((((((.....-.))--))).))))...((((....)--)))...((((((((--------((((......))))))))))))--)))))....)))).. ( -28.00) >DroSec_CAF1 55256 95 + 1 GUGCGUAGCGUAAUUAUA--CAU-UUG--UAGUUUACAAAUGCGAUUUC--GCAAGGUUAAAUGC--------AAGGAUCCUAUUUUGCAUUUAA--GCUACCUCUGCAUGA (((((((((((((...((--(..-..)--))..))))...((((....)--)))...((((((((--------((((......))))))))))))--)))))....)))).. ( -28.20) >DroSim_CAF1 57488 95 + 1 GUGCGUAGCGUAAUUACA--CAU-UUG--UAGUUUACAAAUGCGAUUUC--GCAAGGUUAAAUGC--------AAGGAUCCUAUUUUGCAUUUAA--GCUACCUCUGCAUGA ((((((((((((((((((--...-.))--))).))))...((((....)--)))...((((((((--------((((......))))))))))))--)))))....)))).. ( -28.80) >DroEre_CAF1 56484 96 + 1 GUGCGUAGCGUAAUUAUA--CAUUUUG--CAAGCUGCAAAUGUGAUUUC--GCAAGGUUAAAUGC--------AAGGAUCCUAUUUUGCAUUUGA--GCUACCUUCGCAUGA (((((..(((.(((((((--...((((--(.....)))))))))))).)--)).((.((((((((--------((((......))))))))))))--.)).....))))).. ( -31.00) >DroYak_CAF1 55401 96 + 1 GUGCGUAGCGUAAUUAUA--CAUUUUG--UAAACUGCAAAUGUGAUUUC--GCAAGGUUAAAUGC--------AAGGAUCCUAUUUUGCAUUCGA--GCUACCUUCGCAUGA (((((..(((.(((((((--...((((--(.....)))))))))))).)--)).((.(..(((((--------((((......)))))))))..)--.)).....))))).. ( -26.10) >DroAna_CAF1 85929 110 + 1 GUGCGUGCCAUAAUUAUA--AAUUUUGUGUAAACAUUUCAUGUUAUUCAAGCCAAGGUUAAAUGUUUGCGUUAAAGAAUUUUAUUAUGCAUUUAUGUGUUACUUUCAUAUGC ....((((.(((((...(--((((((.(((((((((((.((.((.........)).)).)))))))))))....))))))).))))))))).((((((.......)))))). ( -20.10) >consensus GUGCGUAGCGUAAUUAUA__CAU_UUG__UAAUCUACAAAUGCGAUUUC__GCAAGGUUAAAUGC________AAGGAUCCUAUUUUGCAUUUAA__GCUACCUCCGCAUGA (((((((((...............................(((........)))....(((((((.........((....)).....)))))))...)))))....)))).. (-10.91 = -10.64 + -0.27)
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