Locus 5119

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 14,546,260 – 14,546,354
Length 94
Max. P 0.620031
window8151 window8152

overview

Window 1

Location 14,546,260 – 14,546,354
Length 94
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.98
Mean single sequence MFE -22.65
Consensus MFE -15.10
Energy contribution -14.60
Covariance contribution -0.50
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.22
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.01
SVM RNA-class probability 0.540299
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14546260 94 + 22407834
GUCCGAUGGAUAUAUCUAUAUGUAUAU--------CCACGCCACAGCAAACCGGCAUCGAUGCCACAAAUCAUUGCCAAACAUGAUUUCUUAUUAUGGCCAG
...((.(((((((((......))))))--------))))).....((.....((((..(((.......)))..))))...((((((.....))))))))... ( -23.70)
>DroSec_CAF1 78127 102 + 1
GUCCGAUGGAUAUAUCUAUAUGUAUAUCCACAUAUCCACGCCACAGCAAACCGGCAUCGAUGCCACAAAUCAUUGCCAAACAUGAUUUCUUAUUAUGGCCAG
....(.(((((((((......))))))))))........((((.........((((....))))..(((((((........))))))).......))))... ( -23.00)
>DroSim_CAF1 63927 102 + 1
GUCCGAUGGAUAUAUCUAUAUGUAUAUCCACAUAUCCACGCCACAGCAAACCGGCAUCGAUGCCACAAAUCAUUGCCAAACAUGAUUUCUUAUUAUGGCCAG
....(.(((((((((......))))))))))........((((.........((((....))))..(((((((........))))))).......))))... ( -23.00)
>DroEre_CAF1 72790 99 + 1
A-CCAAUGGAUAUAUCUAUACGUACG--AGUAUAUCCACGCCACAGCAAACCGGCAUCGAUGCCACAAAUCAUUGCCAAACAUGAUUUCUUAUUAUGGCCAG
.-....(((((((((...........--.))))))))).((((.........((((....))))..(((((((........))))))).......))))... ( -21.80)
>DroYak_CAF1 69058 100 + 1
GUCCAAUGGAUAUAUCCAUAUGUACG--AGUAUAUCCACGCCACAGCAAACCGGCAUCGAUGCCACAAAUCAUUGCCAAACAUGAUUUCUUAUUAUGGCCGG
......((((((((..(........)--..)))))))).((....))...(((((..(((((........))))).....((((((.....))))))))))) ( -25.10)
>DroAna_CAF1 16980 81 + 1
AUCCUACGGAUA--------------------UAUGCACUCCAUUGCG-GCCGGUAUCGAUGCCACAAAUCAUUGCCAAACAUGAUUUCUUAUUAUGGCCGG
.......(((..--------------------.......)))....((-(((((((..(((.......)))..))))....(((((.....)))))))))). ( -19.30)
>consensus
GUCCGAUGGAUAUAUCUAUAUGUAUA_____AUAUCCACGCCACAGCAAACCGGCAUCGAUGCCACAAAUCAUUGCCAAACAUGAUUUCUUAUUAUGGCCAG
......(((...........................................((((..(((.......)))..))))...((((((.....)))))).))). (-15.10 = -14.60 +  -0.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 14,546,260 – 14,546,354
Length 94
Sequences 6
Columns 102
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.98
Mean single sequence MFE -29.70
Consensus MFE -20.77
Energy contribution -21.94
Covariance contribution 1.17
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.25
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.18
SVM RNA-class probability 0.620031
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14546260 94 - 22407834
CUGGCCAUAAUAAGAAAUCAUGUUUGGCAAUGAUUUGUGGCAUCGAUGCCGGUUUGCUGUGGCGUGG--------AUAUACAUAUAGAUAUAUCCAUCGGAC
(((((((((.(((((((((((........))))))).(((((....))))).)))).))))))((((--------(((((........)))))))))))).. ( -29.70)
>DroSec_CAF1 78127 102 - 1
CUGGCCAUAAUAAGAAAUCAUGUUUGGCAAUGAUUUGUGGCAUCGAUGCCGGUUUGCUGUGGCGUGGAUAUGUGGAUAUACAUAUAGAUAUAUCCAUCGGAC
(((((((((.(((((((((((........))))))).(((((....))))).)))).))))))((((((((((..(((....)))..))))))))))))).. ( -32.30)
>DroSim_CAF1 63927 102 - 1
CUGGCCAUAAUAAGAAAUCAUGUUUGGCAAUGAUUUGUGGCAUCGAUGCCGGUUUGCUGUGGCGUGGAUAUGUGGAUAUACAUAUAGAUAUAUCCAUCGGAC
(((((((((.(((((((((((........))))))).(((((....))))).)))).))))))((((((((((..(((....)))..))))))))))))).. ( -32.30)
>DroEre_CAF1 72790 99 - 1
CUGGCCAUAAUAAGAAAUCAUGUUUGGCAAUGAUUUGUGGCAUCGAUGCCGGUUUGCUGUGGCGUGGAUAUACU--CGUACGUAUAGAUAUAUCCAUUGG-U
...((((((.(((((((((((........))))))).(((((....))))).)))).))))))(((((((((.(--(.........)))))))))))...-. ( -29.30)
>DroYak_CAF1 69058 100 - 1
CCGGCCAUAAUAAGAAAUCAUGUUUGGCAAUGAUUUGUGGCAUCGAUGCCGGUUUGCUGUGGCGUGGAUAUACU--CGUACAUAUGGAUAUAUCCAUUGGAC
(((((((((.(((((((((((........))))))).(((((....))))).)))).))))))(((((((((..--(((....)))..)))))))))))).. ( -34.10)
>DroAna_CAF1 16980 81 - 1
CCGGCCAUAAUAAGAAAUCAUGUUUGGCAAUGAUUUGUGGCAUCGAUACCGGC-CGCAAUGGAGUGCAUA--------------------UAUCCGUAGGAU
((((((......(.(((((((........))))))).)((........)))))-)...(((((.......--------------------..))))).)).. ( -20.50)
>consensus
CUGGCCAUAAUAAGAAAUCAUGUUUGGCAAUGAUUUGUGGCAUCGAUGCCGGUUUGCUGUGGCGUGGAUAU_____UAUACAUAUAGAUAUAUCCAUCGGAC
(((((((((.(((((((((((........))))))).(((((....))))).)))).))))))(((((((((................)))))))))))).. (-20.77 = -21.94 +   1.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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