Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 212,936 – 213,102 |
Length | 166 |
Max. P | 0.787298 |
Location | 212,936 – 213,035 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 99 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.03 |
Mean single sequence MFE | -33.37 |
Consensus MFE | -23.50 |
Energy contribution | -24.37 |
Covariance contribution | 0.86 |
Combinations/Pair | 1.20 |
Mean z-score | -2.16 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 0.39 |
SVM RNA-class probability | 0.715011 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 212936 99 - 22407834 CAGCAAACGCAGCAGCAGCUGCGUAUGCUGCAGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGGCGCUAUCCAAACGAGCACGUGGGGAUU .(((..(((((((....)))))))((((((..((((((....))))))..))))))........((.....)))))((((..(((....)))..)))). ( -37.60) >DroSec_CAF1 5231 99 - 1 CAGCAAACGCUGCAGCAGCGGCGUAUGCUGCGGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGGCGCUUUCCAAACGAUCACGUGGGGAUA .(((..(((((((....)))))))((((((..((((((....))))))..))))))........((.....))))).(((..(((....)))..))).. ( -37.50) >DroSim_CAF1 5219 99 - 1 CAGCAAACGCUGCAGCAGCGGCGUAUGCUGCGGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGGCGCUUUCCAAACGAUCACGUGGGGAUA .(((..(((((((....)))))))((((((..((((((....))))))..))))))........((.....))))).(((..(((....)))..))).. ( -37.50) >DroEre_CAF1 5518 99 - 1 CAGCAAACGCAGCAGCAGCUGCCUAUGCUGCAGCUUUAGACGCGGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGGCGCUUUCCAAACGAUCACGUGGGGACA .(((....(((((....)))))..((((((..(((((......)))))..))))))........((.....))))).(((..(((....)))..))).. ( -29.20) >DroYak_CAF1 7279 99 - 1 CGGCAAACGCAGCAGCGGCUGCCUAUGCUGCAGCAUUAGACGCGGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAAAAGGCUCUUUCCAAACGAUCACGUGGCGAUA .((((..(((....)))..))))..(((..(.((.......))(((((....((..........)).....)))))..............)..)))... ( -26.60) >DroAna_CAF1 8158 84 - 1 ---------CGGUGGCAGCGGCCUAUGCUGCCGCCUUGGACGCUGAACACCAGCAACAACAACAGCAGAAA------UCGAAGCGGUCGCGCAGCGAAA ---------.((((((((((.....))))))))))......((((.....)))).................------(((..(((....)))..))).. ( -31.80) >consensus CAGCAAACGCAGCAGCAGCGGCCUAUGCUGCAGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGGCGCUUUCCAAACGAUCACGUGGGGAUA ..((....(((((....)))))..((((((..((((((....))))))..))))))........))...........(((..(((....)))..))).. (-23.50 = -24.37 + 0.86)
Location | 212,963 – 213,064 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 101 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.36 |
Mean single sequence MFE | -36.38 |
Consensus MFE | -24.10 |
Energy contribution | -25.47 |
Covariance contribution | 1.36 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -2.37 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | -0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.513863 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 212963 101 - 22407834 GGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCUAGUGCAGCAAACGCAGCAGCAGCUGCGUAUGCUGCAGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGG .((.((((((((....).)))))))..(((((((.(((((((....))))))).)))))))((((((....))))))....)).................. ( -43.50) >DroSec_CAF1 5258 101 - 1 GGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCUAGUACAGCAAACGCUGCAGCAGCGGCGUAUGCUGCGGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGG .((.((((((((....).))))))).))...((..(((((((....)))))))((((((..((((((....))))))..))))))........))...... ( -40.70) >DroSim_CAF1 5246 101 - 1 GGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCUAGUACAGCAAACGCUGCAGCAGCGGCGUAUGCUGCGGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGG .((.((((((((....).))))))).))...((..(((((((....)))))))((((((..((((((....))))))..))))))........))...... ( -40.70) >DroEre_CAF1 5545 101 - 1 GGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCAAGUACAGCAAACGCAGCAGCAGCUGCCUAUGCUGCAGCUUUAGACGCGGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGG .((..(((((((....).))))))..))...((....(((((....)))))..((((((..(((((......)))))..))))))........))...... ( -32.20) >DroYak_CAF1 7306 101 - 1 AUCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCAAGUUCGGCAAACGCAGCAGCGGCUGCCUAUGCUGCAGCAUUAGACGCGGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAAAAGG .....(((((((....).))))))..((((.((....(((((....)))))((((((....))).)))..)).))))....((..........))...... ( -29.30) >DroAna_CAF1 8180 85 - 1 GGCCGGCGGAUCCU---CAUCCUCUU------------CGGUGGCAGCGGCCUAUGCUGCCGCCUUGGACGCUGAACACCAGCAACAACAACAGCAGAAA- .....((((((...---.))))(((.------------.((((((((((.....))))))))))..))).((((.....))))..........)).....- ( -31.90) >consensus GGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCUAGUACAGCAAACGCAGCAGCAGCGGCCUAUGCUGCAGCUUUGGACGCAGAGCAACAGCAUCAACAACAGCAGAAGG .....((((((.......)))))).......((....(((((....)))))..((((((..((((((....))))))..))))))........))...... (-24.10 = -25.47 + 1.36)
Location | 212,995 – 213,102 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 107 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.99 |
Mean single sequence MFE | -44.02 |
Consensus MFE | -29.86 |
Energy contribution | -29.37 |
Covariance contribution | -0.50 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -2.18 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.58 |
SVM RNA-class probability | 0.787298 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 212995 107 - 22407834 GGUCUGGGAUCAGGAAUCUCGUUGAUACCCACAUCCUCGGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCUAGUGCAGCAAACGCAGCAGCAGCUGCGUAUGCUGCAGCUUUGGA ....((((((((((.....).))))).))))..(((..(((.((((((((....).)))))))..(((((((.(((((((....))))))).))))))))))..))) ( -49.80) >DroPse_CAF1 6621 101 - 1 GGUCUGGGAUCGGGGAUAUCGCUGAUACCUACGUCCUCGUCGGGCGG--CAGCUCCAG----CAGUUCGGCCAAUGCGGCGGCUGCUGCCUAUGCCGCUGCCCUCGA ((.((((((((((.(....).))))).)))).).))(((..((((((--(.((..(((----(((((..(((.....))))))))))).....)).))))))).))) ( -47.40) >DroSim_CAF1 5278 107 - 1 GGUCUGGGUUCAGGAAUCUCGCUGAUACCCACUUCCUCGGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCUAGUACAGCAAACGCUGCAGCAGCGGCGUAUGCUGCGGCUUUGGA ....((((((((((.....).)))).)))))..(((..(((.((((((((....).)))))))....(((((.(((((((....))))))).)))))..)))..))) ( -46.00) >DroEre_CAF1 5577 107 - 1 GGUCUGGGAUCAGGAAUCUCGCUGAUACCUACUUCCUCGGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCAAGUACAGCAAACGCAGCAGCAGCUGCCUAUGCUGCAGCUUUAGA .(((.((((..(((.(((.....))).)))...)))).)))..(((((((....).))))))((((.(((((...(((((....)))))...)))))..)))).... ( -37.80) >DroYak_CAF1 7338 107 - 1 GGUCUGGGAUCAGGAAUCUCGCUGAUACCUACUUCCUCAUCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCAAGUUCGGCAAACGCAGCAGCGGCUGCCUAUGCUGCAGCAUUAGA (((..((((..(((.(((.....))).)))..))))..)))..(((((((....).))))))..((((((((...(((((....)))))...))))).)))...... ( -35.70) >DroPer_CAF1 6753 101 - 1 GGUCUGGGAUCGGGGAUAUCGCUGAUACCUACGUCCUCGUCGGGCGG--CAGCUCCAG----CAGUUCGGCCAAUGCGGCGGCUGCUGCCUAUGCCGCUGCCCUCGA ((.((((((((((.(....).))))).)))).).))(((..((((((--(.((..(((----(((((..(((.....))))))))))).....)).))))))).))) ( -47.40) >consensus GGUCUGGGAUCAGGAAUCUCGCUGAUACCUACUUCCUCGGCGGGAGGAUCAUCUGCAUCCUCAAGUUCAGCAAACGCAGCAGCAGCUGCCUAUGCUGCAGCUUUAGA (((((((((((((........))))).))))(((((.....)))))))))..............((.(((((...(((((....)))))...)))))..))...... (-29.86 = -29.37 + -0.50)
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