Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,521,250 – 1,521,370 |
Length | 120 |
Max. P | 0.707854 |
Location | 1,521,250 – 1,521,370 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.39 |
Mean single sequence MFE | -43.05 |
Consensus MFE | -24.74 |
Energy contribution | -26.50 |
Covariance contribution | 1.76 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.88 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 0.37 |
SVM RNA-class probability | 0.707854 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 1521250 120 - 22407834 GGCUUCGAUCGGAGAUUUCUCAGUCGCUGUUUCAGGAGGCUAAUGUGGCAUCGAGCCAUAAGCAUGGAGAUCAAGGGACACACGUCCGUACAGAGAUCCAUGUAGAUGGCCUCCGUCAUC (((..((((..(((....))).))))........((((((((.((((((.....)))))).(((((((..((.(.((((....)))).)...))..)))))))...)))))))))))... ( -48.60) >DroSec_CAF1 3642 120 - 1 GGCUCUGAUCGGAGAUUUCUCAGUCGCUGUUUCAGGAGGCUAAUGUGGCACCGAGCCAUGAGCAUGGAGAUCAGGGGACACACAUCCGUACAGAGAUCCAUGUAGAUGGCCUCCGUCAUC (((..(((.(((.(((......))).)))..)))((((((((..(((((.....)))))..(((((((..((.(.(((......))).)...))..)))))))...)))))))))))... ( -44.20) >DroSim_CAF1 3631 120 - 1 GGCUCUGAUCGGAGAUUUCUCAGUCGCUGUUUCAGGAGGCUUAUGUGGCAUCGAGCCAUUAGCAUGGAGAUCAGGGGACACACAUCCGUACAGAGAUCCAUGUAGAUGACCUCCGUCAUC (((((.(((..(((....))).(((((.((((....))))....)))))))))))))....(((((((..((.(.(((......))).)...))..))))))).((((((....)))))) ( -39.90) >DroEre_CAF1 3527 120 - 1 GGCUCCGAUCUGAGAUUUCUGAGCCGCUUCUUCAGCAGGUUGAUGUGGCACUUAGCCAUGAGCAUGGCGAUCAGGGGACACACGUCCGUGCAGAGAUCCAUGUAGAUGGCCUCGGUCAUC ......((.(((((........(((((....((((....)))).))))).....(((((..((((((...((.(.((((....)))).)...))...))))))..))))))))))))... ( -41.70) >DroYak_CAF1 3641 120 - 1 GGCUUUGAUCUGAGAUUGCGAAGUCGCUUUUUCAGGAGGUUGAUGUGGCAUCGAGCCAUGAGCAUGGAGAUCAGGGGACACACAUCCGUGCAGAGAUCCAUGUAGAUGGCCUCCGUCAUC (((.......(((((..(((....)))..)))))(((((((...(((((.....)))))..(((((((..((.(....).(((....)))..))..)))))))....))))))))))... ( -46.10) >DroAna_CAF1 19148 120 - 1 AAGUCCAAACGCAGUGCCCUCAAUCUAUCCUUGAGCAGAGUUAUAUGGCAUCGAGCCAUUGACAUAUACGCCAGAGGACAGACAUCGGUGCACUGUUGCAUGAGGACUAUGGAACUCAUA .(((((....(((((((((....(((.(((((..((...((((.(((((.....)))))))))......))..))))).)))....)).))))))).......)))))............ ( -37.80) >consensus GGCUCCGAUCGGAGAUUUCUCAGUCGCUGUUUCAGGAGGCUAAUGUGGCAUCGAGCCAUGAGCAUGGAGAUCAGGGGACACACAUCCGUACAGAGAUCCAUGUAGAUGGCCUCCGUCAUC (((........(((((............))))).((((((((..(((((.....)))))..(((((((..((.(.(((......))).)...))..)))))))...)))))))))))... (-24.74 = -26.50 + 1.76)
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