Locus 5039

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>2L_DroMel_CAF1 14456975 104 + 22407834
AUUUGUUUCGACAGUAAACUUGAUGUGUUUAUGACACAUCUUGACAGUAAGUAGCUGCUGCUUCAGCUGGCUGGCUACUGUCAGUCA--------CUUGACCUUU----UUUCAUU-
.........(((.........((((((((...)))))))).((((((((..(((((((((...)))).)))))..))))))))))).--------..........----.......- ( -33.40)
>DroVir_CAF1 69750 94 + 1
AUUUGUUUCGACAGUUAACUUGAUGUGUUUAUGACACGUCUUGACAGUAAGUAGCUGCUGCGGA---CU--UGGCUACUGUCAGU------GCGUGUUGACCUUU------------
.......((((((((......((((((((...))))))))((((((((((((.((....))..)---))--....))))))))).------)).)))))).....------------ ( -27.10)
>DroGri_CAF1 78465 100 + 1
AUUUGUUUCGACAGUAAAGUUGAUGUGUUUAUGACACGUCUUGACACUAAGUAGCCGCCGCAGA---CUACUGGCUACUGUCCGU----GUGCGUGUUGACCUUU----UU------
.......((((((((......((((((((...))))))))...((((..((((((((.......---....))))))))....))----)))).)))))).....----..------ ( -28.10)
>DroWil_CAF1 166083 101 + 1
AUUUGUUUCGACAGUAAACUUGAUGUGUUUAUGACACAUCUUGACAGUAAGUAGCUGCCGCGGA-----CUUGGCUACUGUCAGUCA-------AUUUGACCUUU----UUUUUCUC
.........(((((((..(..((((((((...))))))))..)....(((((.((....))..)-----))))..))))))).(((.-------....)))....----........ ( -25.80)
>DroMoj_CAF1 103405 100 + 1
AUUUGUUUCGACAGUAAAGCUGAUGUGUUUAUGACACGUCUUGACAGUAAGUAGCUGCUGCGGA---CC--UGACUACUGUCUGUAGCCGAGCGUGUUGACCUUU------------
.......((((((((..((((((((((((...))))))))...((.....))))))((((((((---(.--........)))))))))...)).)))))).....------------ ( -29.20)
>DroPer_CAF1 50604 107 + 1
AUUUGUUUCGACAGUAAACUUGAUGUGUUUAUGACACAUCUUGACAGUAAGUAGCAGCCGCUGCUGUUG-CCGGCUUCUGUCAGUCA--------CUUGACCUUUUUUUUUUCAUU-
.........(((((....(..((((((((...))))))))..)..(((..((((((((....)))))))-)..))).))))).(((.--------...)))...............- ( -30.90)
>consensus
AUUUGUUUCGACAGUAAACUUGAUGUGUUUAUGACACAUCUUGACAGUAAGUAGCUGCCGCGGA___CG_CUGGCUACUGUCAGUCA_______UGUUGACCUUU____UU______
.........(((((((.....((((((((...)))))))).............((....))..............)))))))................................... (-18.20 = -18.28 +   0.08) 

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>2L_DroMel_CAF1 14456975 104 - 22407834
-AAUGAAA----AAAGGUCAAG--------UGACUGACAGUAGCCAGCCAGCUGAAGCAGCAGCUACUUACUGUCAAGAUGUGUCAUAAACACAUCAAGUUUACUGUCGAAACAAAU
-.......----...((((...--------.))))((((((((..(((..((((...)))).)))..))))))))..(((((((.....)))))))..((((.......)))).... ( -30.00)
>DroVir_CAF1 69750 94 - 1
------------AAAGGUCAACACGC------ACUGACAGUAGCCA--AG---UCCGCAGCAGCUACUUACUGUCAAGACGUGUCAUAAACACAUCAAGUUAACUGUCGAAACAAAU
------------...(((.(((....------..(((((((((...--((---(........)))..))))))))).((.((((.....)))).))..))).)))............ ( -18.70)
>DroGri_CAF1 78465 100 - 1
------AA----AAAGGUCAACACGCAC----ACGGACAGUAGCCAGUAG---UCUGCGGCGGCUACUUAGUGUCAAGACGUGUCAUAAACACAUCAACUUUACUGUCGAAACAAAU
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>DroWil_CAF1 166083 101 - 1
GAGAAAAA----AAAGGUCAAAU-------UGACUGACAGUAGCCAAG-----UCCGCGGCAGCUACUUACUGUCAAGAUGUGUCAUAAACACAUCAAGUUUACUGUCGAAACAAAU
........----...((((....-------.))))((((((((.(...-----.....(((((.......)))))..(((((((.....)))))))..).))))))))......... ( -28.20)
>DroMoj_CAF1 103405 100 - 1
------------AAAGGUCAACACGCUCGGCUACAGACAGUAGUCA--GG---UCCGCAGCAGCUACUUACUGUCAAGACGUGUCAUAAACACAUCAGCUUUACUGUCGAAACAAAU
------------..............(((((....((((((((...--((---(........)))..))))))))..((.((((.....)))).)).........)))))....... ( -20.40)
>DroPer_CAF1 50604 107 - 1
-AAUGAAAAAAAAAAGGUCAAG--------UGACUGACAGAAGCCGG-CAACAGCAGCGGCUGCUACUUACUGUCAAGAUGUGUCAUAAACACAUCAAGUUUACUGUCGAAACAAAU
-..............((((...--------.))))(((((((((.((-((..((.(((....))).))...))))..(((((((.....)))))))..)))).)))))......... ( -27.90)
>consensus
______AA____AAAGGUCAACA_______UGACUGACAGUAGCCAG_AG___UCCGCAGCAGCUACUUACUGUCAAGACGUGUCAUAAACACAUCAAGUUUACUGUCGAAACAAAU
...................................((((((((.............((....)).............((.((((.....)))).))....))))))))......... (-14.10 = -14.43 +   0.33) 

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