Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,408,411 – 14,408,506 |
Length | 95 |
Max. P | 0.952514 |
Location | 14,408,411 – 14,408,506 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 73.38 |
Mean single sequence MFE | -25.90 |
Consensus MFE | -13.31 |
Energy contribution | -13.46 |
Covariance contribution | 0.14 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -2.09 |
Structure conservation index | 0.51 |
SVM decision value | 1.42 |
SVM RNA-class probability | 0.952514 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 14408411 95 + 22407834 AAUGAUGAUUGCUGGAUUGCAGCAUUUUAUUAUAAUUUGUUAAAUCCACUUUGACGGCUUUU-------CUUUGGUG-GUUCGGUGGAGGUGUUGA------GUGGUUG----------- .(((((((.(((((.....)))))..))))))).((((..((..((((((..(((.(((...-------....))).-))).))))))..))..))------)).....----------- ( -25.10) >DroGri_CAF1 14014 92 + 1 AGUGAUGAUUGCUGGAUUGCAGCAUUUUGUUAUAGUUUGUUAAAUCCACUUUGACGGCUGUU-------CUUUGGUU-G--AGGCGGAG-----------------GUGUUUGAGUUGA- .((((..(.(((((.....)))))..)..))))...........((.((((.((((.((.(.-------((((....-)--))).).))-----------------.)))).)))).))- ( -20.90) >DroSim_CAF1 45 96 + 1 AAUGAUGAUUGCUGGAUUGCAGCAUUUUAUUAUAAUUUGUUAAAUCCACUUUGACGGCUUUU-------CUUUGGUG-GUUCGGUGGAGGUGUUGA------GUGGUUGU---------- .(((((((.(((((.....)))))..))))))).((((..((..((((((..(((.(((...-------....))).-))).))))))..))..))------))......---------- ( -25.10) >DroEre_CAF1 168 96 + 1 AAUGAUGAUUGCUGGAUUGCAGCAUUUUAUUAUAAUUUGUUAAAUCCACUUUGACGGCUUUU-------CUUUGGUG-GUUUGGUGGAGGUGUUGA------GUGGUUGU---------- .(((((((.(((((.....)))))..))))))).((((..((..((((((..(((.(((...-------....))).-))).))))))..))..))------))......---------- ( -26.10) >DroWil_CAF1 81633 111 + 1 AAUGAUGAUUGCUGGAUUGCAGCAUUUUAUUAUAAUUUGUUAAAUCCACUUUGACGGCUUUUUUUGUAUCUUUGGUU-GAU--AUGGAGGAGCUGU------GUGUUGUAUGUAGGUGUU .(((((((.(((((.....)))))..))))))).............(((((..(((((((((.(..((((.......-)))--)..))))))))))------...........))))).. ( -26.02) >DroMoj_CAF1 30854 108 + 1 AGUGAUGAUUGCUGGACUGCAGCAUUUUGUUGUAGUUGGUUAAAUCCACUUUGAAGGCUGUU-------CUUUGGCUUG--AGUGUGGGAAG--AAGAAGCUGCAGCACUUUAGGUUAG- ((((..((((..(.(((((((((.....))))))))).)...))))))))((((((((((((-------((((..(((.--.....)))..)--))))....))))).)))))).....- ( -32.20) >consensus AAUGAUGAUUGCUGGAUUGCAGCAUUUUAUUAUAAUUUGUUAAAUCCACUUUGACGGCUUUU_______CUUUGGUG_GUUAGGUGGAGGUGUUGA______GUGGUUGU__________ .(((((((.(((((.....)))))..)))))))...........((((((......(((..............)))......))))))................................ (-13.31 = -13.46 + 0.14)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:33:42 2006