Locus 4945

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 14,188,959 – 14,189,058
Length 99
Max. P 0.597401
window7846

overview

Window 6

Location 14,188,959 – 14,189,058
Length 99
Sequences 6
Columns 107
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.02
Mean single sequence MFE -24.23
Consensus MFE -16.90
Energy contribution -15.23
Covariance contribution -1.66
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.01
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.597401
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14188959 99 - 22407834
AA----UGCCU-CUUCUAUC---GGAAAUAGGAAAAUAUCUUGCUCAAACAGCGUGGUAGCAGCUCCAUUAAAGUUAUCGACUUUGGCAGCUCAUGCUACGUGGAUC
..----..((.-.((((((.---....))))))..................((((((((..(((((((...(((((...)))))))).))))..))))))))))... ( -22.90)
>DroVir_CAF1 35038 97 - 1
AAU-GUAAUA--UU-CCAUU------UUUAGGAAAACAUUUUGCUGAAACAACGCGGCAGCAGCUCAAUAAAAGUCAUCGAUUUUGGCAGCUCGUGUUAUGUGGAUC
...-......--.(-(((((------(((((.(((....))).)))))).((((((..(((.(((.....((((((...))))))))).)))))))))..))))).. ( -20.60)
>DroGri_CAF1 3390 105 - 1
AAUUAGUGUU--UUUUUGUUGUUAUAAAUAGGAAAACAUUUUGCUGAAACAACGCGGCAGCAGCUCGAUUAAAGUCAUCGAUUUUGGCAGCUCGUGCUAUGUGGACC
....((((((--((((((((......))))))))))))))...........(((..(((..((((.(.((((((((...)))))))))))))..)))..)))..... ( -24.90)
>DroYak_CAF1 10626 99 - 1
AG----AACCU-CUUUUAUC---GGCAAUAGGAAAACAUCUUGCUCAAACAGCGUGGUAGCAGCUCCAUCAAAGUCAUCGACUUUGGCAGCUCAUGCUACGUGGAUC
..----..((.-........---((((...(((.....)))))))......((((((((..((((...((((((((...)))))))).))))..))))))))))... ( -25.60)
>DroMoj_CAF1 36577 96 - 1
AUU-GAAAUU--UU-C-GCC------AUCAGGAAAACAUUUUGUUGAAGCAGCGCGGCAGCAGCUCAAUCAAAGUCAUCGACUUUGGCAGCUCCUGCUAUGUGGAUC
...-......--((-(-((.------.((((.(((....))).)))).)).(((..((((.((((...((((((((...)))))))).)))).))))..)))))).. ( -26.40)
>DroAna_CAF1 22850 100 - 1
AA----AAUCACAUUUUACU---UUCAACAGGAAAAUAUCUUGCUCAAACAGCGAGGCAGCAGCUCGAUCAAAGUCAUUGACUUUGGCAGCUCGUGCUACGUGGACC
..----..((((.......(---(((.....))))....((((((.....))))))(((..((((.(.((((((((...)))))))))))))..)))...))))... ( -25.00)
>consensus
AA____AAUC__UUUCUAUC______AAUAGGAAAACAUCUUGCUCAAACAGCGCGGCAGCAGCUCAAUCAAAGUCAUCGACUUUGGCAGCUCGUGCUACGUGGAUC
............................(((((.....)))))........(((.((((..((((...((((((((...)))))))).))))..)))).)))..... (-16.90 = -15.23 +  -1.66)

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