Locus 4944

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	14,186,229 – 14,186,353
Length	124
Max. P	0.943031

overview

Window 4

Location	14,186,229 – 14,186,321
Length	92
Sequences	6
Columns	107
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	71.77
Mean single sequence MFE	-37.73
Consensus MFE	-18.42
Energy contribution	-17.95
Covariance contribution	-0.47
Combinations/Pair	1.42
Mean z-score	-2.03
Structure conservation index	0.49
SVM decision value	1.33
SVM RNA-class probability	0.943031
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14186229 92 + 22407834
-GU-----UGCUGCUGCCC---------ACCAUGGUGGUGAUGGUGGUGCGUGGUCGUUGCAAUGGUGGCAGUCGAUGCAUUGUGGUGCGUCACAUUGUGAUGGUUG
-..-----.((..(.((((---------(((((.......))))))).)))..))(((..(((((..(.....)(((((((....))))))).)))))..))).... ( -35.00)
>DroVir_CAF1 28452 102 + 1
UGCC----CGCCAACGCCA-ACGAUAUGGUUAUGAUGAUGAUGAUGAUGCGUGGCCGUGGCAAUGGUGGCCGUGGAAGCGUUGUGAUGCGUCACAUUGUGGUGGUUG
...(----(((((..((((-......)))).(((.(((((((.(..((((....(((((((.......)))))))..))))..).)).))))))))..))))))... ( -35.80)
>DroGri_CAF1 103 106 + 1
CAAA-CCACUCUGCUGCCCAACAGCGAUGCCAUGGUGAUGAUGAUGAUGCGUUGCUGUCGCUAUGGUUGCCGUGGAGGCAUUGUGAUGCGUGACAUUGUGAUGAUUG
....-((((..(((((.....)))))..(((((((((((..(((((...)))))..)))))))))))....))))...(((((..(((.....)))..))))).... ( -34.40)
>DroEre_CAF1 18778 92 + 1
-GU-----UGCUGCUGCCC---------ACCAUGGUGGUGAUGGUGGUGCGUGGUCGUGGCAAUUGUGGCCGUCGAUGCAUUGUGGUGCGUCACAUUGUGAUGGUUG
-((-----..(.((..(.(---------(((((.((....)).)))))).)..)).)..))......((((((((((((((....)))))))((...))))))))). ( -36.50)
>DroMoj_CAF1 29987 105 + 1
UGGC-CAACGCCCACGCCC-ACGCCCACGCCAUGAUGAUGAUGAUGAUGCGUGGCCGUGGCAAUCGUCGCCGUGGAUGCAUUGUGAUGCGUCACAUUGUGAUGAUUG
.(((-....))).....((-(((.(((((((((.((....)).)))..)))))).)))))((((((((((.((((((((((....))))))).))).)))))))))) ( -47.90)
>DroPer_CAF1 24886 90 + 1
UGGCC---GACUGCUG--------------CGUGGUGAUGGUGAUGGUGGGUGGCCGUGGCAAGCGUGGCCGUCGACGCGUUGUGGUGGUUCACAUUGUGAUGGUUG
.((((---(((.((..--------------(((.((.(((((.((.....)).))))).))..)))..)).)))..((((.(((((....))))).))))..)))). ( -36.80)
>consensus
UGGC____CGCUGCUGCCC_________GCCAUGGUGAUGAUGAUGAUGCGUGGCCGUGGCAAUGGUGGCCGUCGAUGCAUUGUGAUGCGUCACAUUGUGAUGGUUG
..............................((..(((.((((((..(((((((((.((.((....)).)).))).))))))..)....))))))))..))....... (-18.42 = -17.95 +  -0.47)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	14,186,242 – 14,186,353
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.49
Mean single sequence MFE	-41.92
Consensus MFE	-18.62
Energy contribution	-18.29
Covariance contribution	-0.33
Combinations/Pair	1.39
Mean z-score	-2.14
Structure conservation index	0.44
SVM decision value	0.47
SVM RNA-class probability	0.748152
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14186242 111 + 22407834
-ACCAUGGUGGUGAUGGUGGUGCGUGGUCGUUGCAAUGGUGGCAGUCGAUGCAUUGUGGUGCGUCACAUUGUGAUGGUUGUGCGCCAACGUUGAGCUGCCGUAUUUGGAA--------GA
-.((((((..((((((.(((((((..(((((..(((((..(.....)(((((((....))))))).)))))..)))))..))))))).))))..))..)))....)))..--------.. ( -46.50)
>DroVir_CAF1 28474 120 + 1
GGUUAUGAUGAUGAUGAUGAUGCGUGGCCGUGGCAAUGGUGGCCGUGGAAGCGUUGUGAUGCGUCACAUUGUGGUGGUUGUGCGCCAGCGUGGUGCUGCCGUAUUUGCUGCUGCUGCCGA
(((.(((.(((((((.(..((((....(((((((.......)))))))..))))..).)).)))))))).(..(..((.(((((.((((.....)))).)))))..))..)..).))).. ( -46.20)
>DroPse_CAF1 24935 109 + 1
---CGUGGUGAUGGUGAUGGUGGGUGGCCGUGGCAAGCGUGGCCGUCGACGCGUUGUGGUGGUUCACAUUGUGAUGGUUGUGCGCCAGUGUCGAGCUGCCGUAUUUGGAA--------GA
---.(..((..((..(.(((((.(..(((((.((((((((.(....).))))..(((((....))))))))).)))))..).))))).)..)).))..)...........--------.. ( -40.20)
>DroGri_CAF1 129 120 + 1
UGCCAUGGUGAUGAUGAUGAUGCGUUGCUGUCGCUAUGGUUGCCGUGGAGGCAUUGUGAUGCGUGACAUUGUGAUGAUUGUGCGCCAGCGUGCUGCUGCCAUAUUUGCUGCUGUUGCUGA
.((((..((.((.(..(((((((((..(((((.((((((...)))))).))))..)..))))))..)))..).)).))..)).))(((((.((.((.((.......)).)).))))))). ( -43.80)
>DroWil_CAF1 29033 111 + 1
-AUGAUGAUGGUGAUGAUGAUGUGUGGUUGUCGCAAUGGUCGCUGUCGAGGCAUUGUGAUGAGUCACAUUGUGAUGAUUGUGCGCCAAGGUGGAUGAUCCAUAUUUGGAU--------GA
-......(..((.((.(..(((((.(.(..((((((((.((........))))))))))..).))))))..).)).))..).(((((((((((.....)))).))))).)--------). ( -34.60)
>DroPer_CAF1 24899 109 + 1
---CGUGGUGAUGGUGAUGGUGGGUGGCCGUGGCAAGCGUGGCCGUCGACGCGUUGUGGUGGUUCACAUUGUGAUGGUUGUGCGCCAGUGUCGAGCUGCCGUAUUUGGAA--------GA
---.(..((..((..(.(((((.(..(((((.((((((((.(....).))))..(((((....))))))))).)))))..).))))).)..)).))..)...........--------.. ( -40.20)
>consensus
___CAUGGUGAUGAUGAUGAUGCGUGGCCGUGGCAAUGGUGGCCGUCGACGCAUUGUGAUGCGUCACAUUGUGAUGGUUGUGCGCCAGCGUGGAGCUGCCGUAUUUGGAA________GA
....(((((........((.((((..(((((.((((..(((........)))..(((((....))))))))).)))))..)))).))..........))))).................. (-18.62 = -18.29 +  -0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:31:40 2006