Locus 4927

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 14,089,182 – 14,089,302
Length 120
Max. P 0.999362
window7816 window7817

overview

Window 6

Location 14,089,182 – 14,089,302
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 100.00
Mean single sequence MFE -26.30
Consensus MFE -26.30
Energy contribution -26.30
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.91
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 3.54
SVM RNA-class probability 0.999362
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14089182 120 + 22407834
CUUAUCAUAUUCACAAUGUUCACAAUAUUAGCCACAAUAGCUGUACUACUAUCAGCACCACAUAUUAUUGUCUCGUAGCCAUAUGGGCGAGGUGGUUAUUGUUAUUGGUUUUAUUAUAAA
.((((.(((....(((((...((((((...(((((....((((.........))))...............(((((..((....)))))))))))))))))))))))....))).)))). ( -26.30)
>DroWil_CAF1 251285 120 + 1
CUUAUCAUAUUCACAAUGUUCACAAUAUUAGCCACAAUAGCUGUACUACUAUCAGCACCACAUAUUAUUGUCUCGUAGCCAUAUGGGCGAGGUGGUUAUUGUUAUUGGUUUUAUUAUAAA
.((((.(((....(((((...((((((...(((((....((((.........))))...............(((((..((....)))))))))))))))))))))))....))).)))). ( -26.30)
>DroYak_CAF1 188759 120 + 1
CUUAUCAUAUUCACAAUGUUCACAAUAUUAGCCACAAUAGCUGUACUACUAUCAGCACCACAUAUUAUUGUCUCGUAGCCAUAUGGGCGAGGUGGUUAUUGUUAUUGGUUUUAUUAUAAA
.((((.(((....(((((...((((((...(((((....((((.........))))...............(((((..((....)))))))))))))))))))))))....))).)))). ( -26.30)
>DroMoj_CAF1 282058 120 + 1
CUUAUCAUAUUCACAAUGUUCACAAUAUUAGCCACAAUAGCUGUACUACUAUCAGCACCACAUAUUAUUGUCUCGUAGCCAUAUGGGCGAGGUGGUUAUUGUUAUUGGUUUUAUUAUAAA
.((((.(((....(((((...((((((...(((((....((((.........))))...............(((((..((....)))))))))))))))))))))))....))).)))). ( -26.30)
>DroAna_CAF1 176234 120 + 1
CUUAUCAUAUUCACAAUGUUCACAAUAUUAGCCACAAUAGCUGUACUACUAUCAGCACCACAUAUUAUUGUCUCGUAGCCAUAUGGGCGAGGUGGUUAUUGUUAUUGGUUUUAUUAUAAA
.((((.(((....(((((...((((((...(((((....((((.........))))...............(((((..((....)))))))))))))))))))))))....))).)))). ( -26.30)
>DroPer_CAF1 230949 120 + 1
CUUAUCAUAUUCACAAUGUUCACAAUAUUAGCCACAAUAGCUGUACUACUAUCAGCACCACAUAUUAUUGUCUCGUAGCCAUAUGGGCGAGGUGGUUAUUGUUAUUGGUUUUAUUAUAAA
.((((.(((....(((((...((((((...(((((....((((.........))))...............(((((..((....)))))))))))))))))))))))....))).)))). ( -26.30)
>consensus
CUUAUCAUAUUCACAAUGUUCACAAUAUUAGCCACAAUAGCUGUACUACUAUCAGCACCACAUAUUAUUGUCUCGUAGCCAUAUGGGCGAGGUGGUUAUUGUUAUUGGUUUUAUUAUAAA
.((((.(((....(((((...((((((...(((((....((((.........))))...............(((((..((....)))))))))))))))))))))))....))).)))). (-26.30 = -26.30 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 14,089,182 – 14,089,302
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 100.00
Mean single sequence MFE -23.30
Consensus MFE -23.30
Energy contribution -23.30
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -0.79
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 0.56
SVM RNA-class probability 0.780945
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 14089182 120 - 22407834
UUUAUAAUAAAACCAAUAACAAUAACCACCUCGCCCAUAUGGCUACGAGACAAUAAUAUGUGGUGCUGAUAGUAGUACAGCUAUUGUGGCUAAUAUUGUGAACAUUGUGAAUAUGAUAAG
((((((((.....(((((......(((((((((.((....))...))))..........)))))(((.(((((((.....))))))))))...))))).....))))))))......... ( -23.30)
>DroWil_CAF1 251285 120 - 1
UUUAUAAUAAAACCAAUAACAAUAACCACCUCGCCCAUAUGGCUACGAGACAAUAAUAUGUGGUGCUGAUAGUAGUACAGCUAUUGUGGCUAAUAUUGUGAACAUUGUGAAUAUGAUAAG
((((((((.....(((((......(((((((((.((....))...))))..........)))))(((.(((((((.....))))))))))...))))).....))))))))......... ( -23.30)
>DroYak_CAF1 188759 120 - 1
UUUAUAAUAAAACCAAUAACAAUAACCACCUCGCCCAUAUGGCUACGAGACAAUAAUAUGUGGUGCUGAUAGUAGUACAGCUAUUGUGGCUAAUAUUGUGAACAUUGUGAAUAUGAUAAG
((((((((.....(((((......(((((((((.((....))...))))..........)))))(((.(((((((.....))))))))))...))))).....))))))))......... ( -23.30)
>DroMoj_CAF1 282058 120 - 1
UUUAUAAUAAAACCAAUAACAAUAACCACCUCGCCCAUAUGGCUACGAGACAAUAAUAUGUGGUGCUGAUAGUAGUACAGCUAUUGUGGCUAAUAUUGUGAACAUUGUGAAUAUGAUAAG
((((((((.....(((((......(((((((((.((....))...))))..........)))))(((.(((((((.....))))))))))...))))).....))))))))......... ( -23.30)
>DroAna_CAF1 176234 120 - 1
UUUAUAAUAAAACCAAUAACAAUAACCACCUCGCCCAUAUGGCUACGAGACAAUAAUAUGUGGUGCUGAUAGUAGUACAGCUAUUGUGGCUAAUAUUGUGAACAUUGUGAAUAUGAUAAG
((((((((.....(((((......(((((((((.((....))...))))..........)))))(((.(((((((.....))))))))))...))))).....))))))))......... ( -23.30)
>DroPer_CAF1 230949 120 - 1
UUUAUAAUAAAACCAAUAACAAUAACCACCUCGCCCAUAUGGCUACGAGACAAUAAUAUGUGGUGCUGAUAGUAGUACAGCUAUUGUGGCUAAUAUUGUGAACAUUGUGAAUAUGAUAAG
((((((((.....(((((......(((((((((.((....))...))))..........)))))(((.(((((((.....))))))))))...))))).....))))))))......... ( -23.30)
>consensus
UUUAUAAUAAAACCAAUAACAAUAACCACCUCGCCCAUAUGGCUACGAGACAAUAAUAUGUGGUGCUGAUAGUAGUACAGCUAUUGUGGCUAAUAUUGUGAACAUUGUGAAUAUGAUAAG
((((((((.....(((((......(((((((((.((....))...))))..........)))))(((.(((((((.....))))))))))...))))).....))))))))......... (-23.30 = -23.30 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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