Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,992,959 – 13,993,077 |
Length | 118 |
Max. P | 0.506552 |
Location | 13,992,959 – 13,993,077 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.31 |
Mean single sequence MFE | -49.38 |
Consensus MFE | -33.07 |
Energy contribution | -31.63 |
Covariance contribution | -1.44 |
Combinations/Pair | 1.37 |
Mean z-score | -1.17 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | -0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.506552 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 13992959 118 - 22407834 --GCGAACGCUGCACUCCAUUUGUGAGCGGUGGUUGCAGAAGCACUGUCACUGCACCGGCAGCCUGGAGGUCCUGCGGCUCAGUUGUCGGGGCAUAGGUAUCCUGGCCGUGCCCGUCAAU --......(((((((((((...((((.(((((.((....)).)))))))))(((....)))...)))))....))))))...((((.((((.(((.(((......)))))))))).)))) ( -43.70) >DroVir_CAF1 139593 120 - 1 GCACGCAGUUUGCAUAGCGUCUGCGAGCUGUGGCUGCUGAAGCACUGCCACUGCACCGGCAGUCUGGAGAAUCUCAAGCUGAGCUGUCGCAGCAUUGGCAUCCUGGCGGUGCCUGUUAAU ((.(((((((((((.......))))))))))))).......(((((((((((((....)))))..((((.....)..((..(((((...)))).)..)).))).))))))))........ ( -49.70) >DroPse_CAF1 90235 118 - 1 --GCGUACGCUGCACUCGCUCUGCGAGCGCUGGCAGCAAAAGCAUUGCCACUGCAGCGGCAGCCUGGAGAGCGUCAAGCUGACCUGCCGCGGCAUCGGCAUCCUGGCAGUGCCCGUCAAC --(((...(((((...(((((...)))))...)))))....(((((((((.(((.((((((....((..(((.....)))..)))))))).)))..((...))))))))))).))).... ( -51.20) >DroMoj_CAF1 117245 120 - 1 GCACACACUGUGCACAGCGUCUGCGAGCUGUGGCUGCUGAAGCAUUGCCACUGCACCGGCAGCCUCGAGAAUUUGAGGCUGAGCUGCCGCAGCAUUGGCAUCCUGGCUGUGCCUGUUAAU ......((.(.((((((((..(((.(((((((((.(((...(((.......))).....(((((((((....)))))))))))).))))))))..).)))..)..)))))))).)).... ( -51.00) >DroAna_CAF1 78732 118 - 1 --GCGCACCCUGCACACCAUCUGCGAGCGGUGGCAGCAAAAGCACUGCCACUGCAGCGGCAGCCUGGAGAGCCUGCGACUCAGCUGCCGAGGGAUCGGUAUCCUGGCAGUGCCCGUCAAC --((((.(((((((.......)))..((((((((((........))))))))))..(((((((...(((.(....)..))).))))))))))).((((....))))..))))........ ( -49.50) >DroPer_CAF1 97288 118 - 1 --GCGUACGCUGCACUCGCUCUGCGAGCGCUGGCAGCAAAAGCAUUGCCACUGCAGCGGCAGCCUGGAGAGCGUCAAGCUGACCUGCCGCGGCAUCGGCAUCCUGGCAGUGCCCGUCAAC --(((...(((((...(((((...)))))...)))))....(((((((((.(((.((((((....((..(((.....)))..)))))))).)))..((...))))))))))).))).... ( -51.20) >consensus __GCGCACGCUGCACACCAUCUGCGAGCGGUGGCAGCAAAAGCACUGCCACUGCACCGGCAGCCUGGAGAGCCUCAAGCUGAGCUGCCGCGGCAUCGGCAUCCUGGCAGUGCCCGUCAAC ..(((.....((((.......)))).((((((((.((....))...))))))))...(((((((.(((....(((.....))).(((((......)))))))).)))..))))))).... (-33.07 = -31.63 + -1.44)
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