Locus 4884

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	13,944,833 – 13,944,966
Length	133
Max. P	0.997703

overview

Window 2

Location	13,944,833 – 13,944,942
Length	109
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.10
Mean single sequence MFE	-32.03
Consensus MFE	-19.11
Energy contribution	-18.27
Covariance contribution	-0.84
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-3.50
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	2.91
SVM RNA-class probability	0.997703
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13944833 109 - 22407834
GGGCCAAGAACUCCAGGUUUAGGAUAAAUAC-CAGCUAACUGUUUGUAAA----UUUCGCCA-UUUAUGAACAG--UUUAGCUGGCCA--AGUUUAUCAGUGAAAGGUUUCGG-CGCACA
(.(((..(((..((...((((.(((((((.(-((((((((((((..((((----(......)-))))..)))))--.))))))))...--.)))))))..)))).)).)))))-).)... ( -37.40)
>DroVir_CAF1 42769 111 - 1
GU---AUGAAAUAAUAGCUUAGGAUAAAUUC-CAGCUAAUUGUUUUUAAAAGAAUUAACAAAUUUUAUAAACAU--UUUAGCUGCUGU--UGUUUAUCAGUGAAAGGUUUCAA-CGUACA
((---(((((((((((((...(((.....))-)((((((.(((((.(((((...........))))).))))).--.)))))))))))--))))).....((((....)))).-))))). ( -29.60)
>DroPse_CAF1 38677 105 - 1
GG---AUGAGUGUCCCGUUUAGGGUAAACAG-CAGCUAAAUGUUCGUAAA----UUCCCAUA-UUUAUGGACAU--UUUAGCUG-UCA--CGUUUAUCAGUGAAAGGUUUCAA-CGCACA
..---....((((.((.((((.(((((((.(-((((((((((((((((((----(......)-)))))))))).--))))))))-)..--.)))))))..)))).)).....)-)))... ( -34.00)
>DroWil_CAF1 42995 113 - 1
GUG--AUGAAAUUCAAAUUUAGGAUAAAUUCUCAGUUAAGUGUUUGUAAA----UUCAUAUA-UUUAUGAACAUUCUUUAGCUGUGCGUUAGUUUAUCAGUGAAAGGUUUCAAAAGCACA
(((--.(((((((....((((.(((((((((.((((((((((((..((((----(......)-))))..)))))...))))))).)....))))))))..)))).)))))))....))). ( -27.00)
>DroAna_CAF1 33028 107 - 1
G--CUUGAAAUUCUAUGUUUAGGAUAAAUAC-CAGCUAAAUGUUUGUAGA----UUUUGCCA-UUUAUGGACAA--CUUAGCUGGCCA--AGUUUAUCAGUUAAAGGUUUCAC-CGCACA
(--(.((((((((((....)))(((((((.(-(((((((.((((..((((----(......)-))))..)))).--.))))))))...--.))))))).......))))))).-.))... ( -30.20)
>DroPer_CAF1 40605 105 - 1
GG---AUGAGUGUCCCGUUUAGGGUAAACAG-CAGCUAAAUGUUCGUAAA----UUCCCAUA-UUUAUGGACAU--UUUAGCUG-UCA--CGUUUAUCAGUGAAAGGUUUCAA-CGCACA
..---....((((.((.((((.(((((((.(-((((((((((((((((((----(......)-)))))))))).--))))))))-)..--.)))))))..)))).)).....)-)))... ( -34.00)
>consensus
GG___AUGAAUUUCAAGUUUAGGAUAAAUAC_CAGCUAAAUGUUUGUAAA____UUCCCAUA_UUUAUGAACAU__UUUAGCUG_UCA__AGUUUAUCAGUGAAAGGUUUCAA_CGCACA
......................(((((((...(((((((((((((((((((...........))))))))))))...))))))).......)))))))...................... (-19.11 = -18.27 +  -0.84)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	13,944,870 – 13,944,966
Length	96
Sequences	6
Columns	96
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.23
Mean single sequence MFE	-24.90
Consensus MFE	-15.82
Energy contribution	-15.68
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-1.93
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.16
SVM RNA-class probability	0.611137
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13944870 96 - 22407834
CCAUCCAAUGGAAGCCAUUGUGCUGGGCCAAGAACUCCAGGUUUAGGAUAAAUACCAGCUAACUGUUUGUAAAUUUCGCCAUUUAUGAACAGUUUA
.....((((((...)))))).(((((.((..((((.....)))).)).......))))).(((((((..(((((......)))))..))))))).. ( -26.00)
>DroPse_CAF1 38713 93 - 1
CCAUCCAAUGGAAGCAGUUGUGUUGG---AUGAGUGUCCCGUUUAGGGUAAACAGCAGCUAAAUGUUCGUAAAUUCCCAUAUUUAUGGACAUUUUA
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>DroEre_CAF1 33866 96 - 1
CCAUCCAAUGGAAGCCAUUGUGCUGGGCCACGAACUCCAGGUUUAGGAUAAAUAGCAGCUAACUGUUUGUAAAUUUCACCAUUUAUGGACAGUUUA
((((...))))..((..((((.(((((((..........))))))).))))...))....(((((((..(((((......)))))..))))))).. ( -24.90)
>DroYak_CAF1 34211 96 - 1
CCAUCCAAUGGAAGCCAUUGUGCUGGGCCACGAACUCCAGGUUUAGGAUAAACACCAGCUAACUGUUUGUAAAUUUCGCCAUUUAUGGACAGCUUA
.....((((((...)))))).(((((.((..((((.....)))).)).......)))))...(((((..(((((......)))))..))))).... ( -24.60)
>DroAna_CAF1 33065 94 - 1
CCAUCCAAUGGAAGCCAUUGUGUCG--CUUGAAAUUCUAUGUUUAGGAUAAAUACCAGCUAAAUGUUUGUAGAUUUUGCCAUUUAUGGACAACUUA
.....((((((...))))))....(--((.(..((((((....)))))).....).)))....((((..(((((......)))))..))))..... ( -16.70)
>DroPer_CAF1 40641 93 - 1
CCAUCCAAUGGAAGCAGUUGUGUUGG---AUGAGUGUCCCGUUUAGGGUAAACAGCAGCUAAAUGUUCGUAAAUUCCCAUAUUUAUGGACAUUUUA
.(((((((((.((....)).))))))---))).((..(((.....)))...)).......((((((((((((((......)))))))))))))).. ( -28.60)
>consensus
CCAUCCAAUGGAAGCCAUUGUGCUGG_CCACGAACUCCAGGUUUAGGAUAAACACCAGCUAAAUGUUUGUAAAUUUCGCCAUUUAUGGACAGUUUA
(((.(((((((...)))))).).)))..............(((((...))))).......((((((((((((((......)))))))))))))).. (-15.82 = -15.68 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

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