Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,796,854 – 13,796,974 |
Length | 120 |
Max. P | 0.577530 |
Location | 13,796,854 – 13,796,974 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.72 |
Mean single sequence MFE | -45.37 |
Consensus MFE | -29.37 |
Energy contribution | -27.15 |
Covariance contribution | -2.22 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -1.92 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.577530 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 13796854 120 + 22407834 CGCUUAUAAUGGUAGCCCACACGGAUGGCAAUUAUCUGGGCAGCAGCUGGCUGGAUAUAGUGAAGUGCAUUAGCCAGUUGGAGCUGGCCCAACUGAUCGGCACUGGGGUGCGGCCCCAGU .(((.((...(((.(((.........))).......((((((((..(..(((((...(((((.....))))).)))))..).))).)))))))).)).)))(((((((.....))))))) ( -47.40) >DroVir_CAF1 3551 120 + 1 CGCUCAUCAUGGUCGCCCAUACUGAUGGCAAUUAUCUAGGCAGUAGCUGGCUAGACAUAGUCAAGUGCAUUAGCCAGCUGGAGCUGGCGCAGCUCAUUGGCACUGGAGUGCGACCGCAGU ..........((((((((((....))))......(((((((..(((((((((((.(((......)))..)))))))))))((((((...))))))....)).)))))..))))))..... ( -47.70) >DroGri_CAF1 3244 120 + 1 CGCUUAUUAUGGUCGCCCAUACGGAUGGCAAUUAUCUGGGCAGCAGCUGGCUGGACAUUGUCAAGUGCAUCAGUCAGCUGGAGCUGGCACAACUUAUUGGCACCGGAGUGCGGCCUCAGU ..........((((((.(...(((.((.((((....(((.((((((((((((((.((((....))))..))))))))))...)))).).))....)))).)))))..).))))))..... ( -46.00) >DroWil_CAF1 4062 120 + 1 CUCUGAUAAUGGUGGCUCAUACAGAUGGCAAUUACUUGGGCCCCAGUUGGUUGGAUAUCGUCAAAUGCAUCAGUCAAUUGGAAUUGGCCCAAUUGAUUGGGACAGGAGUGCGGCCACAGU ...........(((((((((.(...((.((((((.((((((((((((((..(((.(((......)))..)))..)))))))....))))))).))))))...)).).))).))))))... ( -41.00) >DroMoj_CAF1 3174 120 + 1 CGCUCAUCAUGGUUGCCCACACUGAUGGCAAUUAUUUGGGCAGUAGUUGGUUGGACAUAGUCAAAUGCAUUAGCCAGUUGGAGCUGGCACAGCUAAUUGGCACGGGAGUGCGACCUCAAU .(((((..(((((((((.........))))))))).)))))..(((((((((((((...)))..........((((((....)))))).))))))))))((((....))))......... ( -44.30) >DroAna_CAF1 3131 120 + 1 CUCUGAUCAUGGUGGCUCACACCGAUGGCAACUACUUGGGCAGUAGUUGGCUGGACAUUGUCAAGUGCAUCAGCCAGUUGGAGCUGGCGCAGCUCAUUGGCACUGGCGUGCGACCGCAGU ...........(((((.(((.((((((.((((((((.....))))))))(((.(((...))).))).)))).((((((..((((((...))))))))))))...)).))).).))))... ( -45.80) >consensus CGCUCAUCAUGGUCGCCCACACGGAUGGCAAUUAUCUGGGCAGCAGCUGGCUGGACAUAGUCAAGUGCAUCAGCCAGUUGGAGCUGGCACAACUCAUUGGCACUGGAGUGCGACCGCAGU ..........(((.(((((....(((....)))...)))))..(((((((((((.(((......)))..))))))))))).(((((...))))).....((((....)))).)))..... (-29.37 = -27.15 + -2.22)
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