Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,792,398 – 13,792,504 |
Length | 106 |
Max. P | 0.579395 |
Location | 13,792,398 – 13,792,504 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 115 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.49 |
Mean single sequence MFE | -42.23 |
Consensus MFE | -28.47 |
Energy contribution | -30.03 |
Covariance contribution | 1.56 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -2.06 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.579395 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 13792398 106 - 22407834 GCAAUGGGCAGGGCUGUGCUGGCCGCCGGAUAUGG---------UGUUCGACUUAGCUCACGCAUGGAGCUGGUCAACGGCCUCAGCACGUCCAGCAAUUGCUGACACAAAUCCA (((((..((.((((.(((((((((((((....)))---------)(((.((((.(((((.......))))))))))))))))..))))))))).)).)))))............. ( -45.10) >DroSec_CAF1 8384 106 - 1 GCAAUGGGCAGGGCUGUGCUGGCCGCCGGAUAUGG---------UGUUCGACUUAGCUCACGCAUAGAGCUGGUCAAUGGUCUCAGCACGUCCAGCAAUUGCUGACACAAAUCCA (((((..((.((((.(((((((((((((....)))---------)....((((.(((((.......)))))))))...)))..)))))))))).)).)))))............. ( -41.70) >DroSim_CAF1 9089 106 - 1 GCAAUGGGCAGGGCUGUGCUGGCCGCCGGAUAUGG---------UGUUCGACUUAGCUCACGCAUAGAGCUGGUCAAUGGUCUCAGCACGUCCAGCAAUUGCUGACACAAAUCCA (((((..((.((((.(((((((((((((....)))---------)....((((.(((((.......)))))))))...)))..)))))))))).)).)))))............. ( -41.70) >DroEre_CAF1 9047 106 - 1 GUAAUGGGCAGGGCUGUGCUGGCCGCCGGAUAGGG---------UGUUCGACUUAGCUCACGCAUGGAGCUAGUCAACGGUCUCAGCACGGCCACCAAUUGCUGACACAAAUCCA (((((.((...((((((((((((((((......))---------)(((.((((.(((((.......)))))))))))))))..)))))))))).)).)))))............. ( -44.60) >DroYak_CAF1 8412 106 - 1 GCAAUGGGCAGGGCCGUGCUGGCCGCCGGAUACGG---------GGCUCGAGUUAGCUCACGCAUGGAACUGGUCAACGGUCUAAGCACGUCCAGCAAUUGCUGACACAAAUCUA ....(((.(((..((((((.((((.(((....)))---------)))).(((....)))..))))))..))).))).............(((.(((....))))))......... ( -40.10) >DroPer_CAF1 12852 115 - 1 ACUAUGGGCAAGGCCUUGCUAGCCACGGGAAAUGACGUUUCUCCUGCUCGACUGAGCUCCUUCAUCGAGCUGGCCAGCGGCUUCAGGACUGCCAGCAGCUCCCGACACUGUUCCA ....((((((.((((..(((.((((.(((((((...)))))))..((((((.((((....)))))))))))))).)))))))((.((((((....))).))).))...)).)))) ( -40.20) >consensus GCAAUGGGCAGGGCUGUGCUGGCCGCCGGAUAUGG_________UGUUCGACUUAGCUCACGCAUGGAGCUGGUCAACGGUCUCAGCACGUCCAGCAAUUGCUGACACAAAUCCA (((((..((.((((.(((((((((.(((....)))..........(((.((((.(((((.......))))))))))))))))..))))))))).)).)))))............. (-28.47 = -30.03 + 1.56)
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