Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,409,760 – 1,409,858 |
Length | 98 |
Max. P | 0.999688 |
Location | 1,409,760 – 1,409,858 |
---|---|
Length | 98 |
Sequences | 5 |
Columns | 114 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 74.21 |
Mean single sequence MFE | -31.77 |
Consensus MFE | -23.84 |
Energy contribution | -23.44 |
Covariance contribution | -0.40 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -3.38 |
Structure conservation index | 0.75 |
SVM decision value | 3.89 |
SVM RNA-class probability | 0.999688 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 1409760 98 + 22407834 GGUCUGGCUCUGGAUCUCCAUCUCAGCACUGAGGAAAAUAGU----------CAACAUCUAGCGAAUCUAGAGCAGAUCUAG------AAUGAUUAUAUAGAGACUAGACGAUA .(((((((((((........(((((....)))))...(((((----------((...((....)).((((((.....)))))------).))))))).))))).)))))).... ( -29.60) >DroSec_CAF1 27969 108 + 1 GGUCUGGCUCUGGAUCUCCAUCUCAGCACUGAGGAAAAUAGUCUACUUUUGCCAACAUCUAGGGGAUCUAGAGCAGAUCUAG------AAUGAUUAUACAGAGACUAGACGAUA .((((((((((((((((((.(((((....)))))....(((.................)))))))))))))))).((((...------...))))..........))))).... ( -34.73) >DroSim_CAF1 28191 108 + 1 GGUCUGGCUCUGGAUCUCCAUCUCAGCACUGAGGAAAAUAGUCUACUUUUGCCAACAUCUAGGGGAUCUAGAGCAGAUCUAG------AAUGAUUAUACAGAGACUAGACGAUA .((((((((((((((((((.(((((....)))))....(((.................)))))))))))))))).((((...------...))))..........))))).... ( -34.73) >DroEre_CAF1 27883 88 + 1 GGUCUGGCUCUGGAUCUGCAUCUCAGCACUGAGGGAAA-AG-------------------------UCUGGGGAAGAUCUGGAUCUAGAGAGAUUAAACAGAGACUAGACAGGA .((((((((((((((((...((((((.(((........-))-------------------------))))))).)))))..(((((....)))))...))))).)))))).... ( -33.70) >DroYak_CAF1 28372 84 + 1 GGUCUGGCUCUGGAUCUCCAUCUGCGCACUGAGGAAAA-AG-------------------------UCUGGAGAAGAUCUAGAUCA----AGAUUAAAUAGAGACUAGACAGGA .((((((((((((((((((.((........)))))...-.(-------------------------((((((.....)))))))..----.))))...))))).)))))).... ( -26.10) >consensus GGUCUGGCUCUGGAUCUCCAUCUCAGCACUGAGGAAAAUAGU__________CAACAUCUAG_G_AUCUAGAGCAGAUCUAG______AAUGAUUAUACAGAGACUAGACGAUA .(((((((((((((((....(((((....))))).................................(((((.....))))).........))))...))))).)))))).... (-23.84 = -23.44 + -0.40)
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