Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,709,037 – 13,709,157 |
Length | 120 |
Max. P | 0.670987 |
Location | 13,709,037 – 13,709,157 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.22 |
Mean single sequence MFE | -54.37 |
Consensus MFE | -25.22 |
Energy contribution | -24.28 |
Covariance contribution | -0.94 |
Combinations/Pair | 1.38 |
Mean z-score | -2.51 |
Structure conservation index | 0.46 |
SVM decision value | 0.29 |
SVM RNA-class probability | 0.670987 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 13709037 120 + 22407834 AACCGAUGGCCUUCGCGGUGGCGUCGUCUACUAUGAUGGUCAGGUGGAUGAUGCCCGGAUGUGCGUCGCAUUGGUGAUGACCGCGGUGGCCCUGGGCGCCAAUGUGGGCAACCACAUGGA ..((.(.((((.((((((((((((((((((((.((.....)))))))))))))))........((((((....))))))))))))).)))).).))..(((.(((((....)))))))). ( -64.10) >DroPse_CAF1 78255 120 + 1 GUCCAAGGGUCUGCGUGGCGGACUGGUCUACUACGAUGGCCAGGUGGACGACGCCCGUAUGUGCAUAGCCCUCGUCAUGACAGCCGUCCAUCUGGGGGCGAAUGUGGCCAACCACAUGGA (((((..((((..(((((..((....))..)))))..))))...)))))..(((((.((.(((.(..((..((.....))..))..).))).)).))))).((((((....))))))... ( -48.10) >DroSec_CAF1 66515 120 + 1 AACCGAUGGGCUUCGCGGUGGUGUCGUCUACUAUGAUGGUCAGGUGGACGAUGCCCGCAUGUGCGUCGCAUUGGUGAUGACCGCGGUGGCCCUGGGUGCCAAUGUGGGCAACCACAUGGA .(((.(.(((((((((((((((((((((((((.((.....)))))))))))))))........((((((....))))))))))))).)))))).))).(((.(((((....)))))))). ( -64.40) >DroSim_CAF1 64351 120 + 1 AACCGAUGGGCUUCGCGGUGGUGUCGUCUACUAUGAUGGUCAGGUAGACGAUGCCCGGAUGUGCGUUGCAUUGGUGAUGACCGCGGUGGCCCUGGGCGCCAAUGUGGGCAACCACAUGGA ..((.(.(((((((((((((((((((((((((.((.....)))))))))))))))(.(((((.....))))).).....))))))).)))))).))..(((.(((((....)))))))). ( -60.70) >DroWil_CAF1 222041 120 + 1 AGAAGAUGGUCUCAGGGGCGGCCUGGUUUACUACGAUGGACAACUCGAUGACGCCCGCAUGUGCAUAGCGUUGAUCAUGACGGCCGUCGAACUGGGCGCCAACGUGGCAAACCAUAUGGA .....(((((.(((.(((((.((..((((....(((.(.....))))..((((.(((((((..((......))..)))).))).))))))))..))))))..).)))...)))))..... ( -40.80) >DroPer_CAF1 78916 120 + 1 GUCCAAGGGUCUGCGUGGCGGACUGGUCUACUACGAUGGCCAGGUGGACGACGCCCGUAUGUGCAUAGCCCUCGUCAUGACAGCCGUCCAUCUGGGGGCGAAUGUGGCCAACCACAUGGA (((((..((((..(((((..((....))..)))))..))))...)))))..(((((.((.(((.(..((..((.....))..))..).))).)).))))).((((((....))))))... ( -48.10) >consensus AACCGAUGGUCUUCGCGGCGGACUCGUCUACUACGAUGGUCAGGUGGACGACGCCCGCAUGUGCAUAGCAUUGGUCAUGACCGCCGUCGACCUGGGCGCCAAUGUGGCCAACCACAUGGA ...........((((.((((.....(((((((..........)))))))..)))))))).((.(((.((....)).)))))...((((........)))).((((((....))))))... (-25.22 = -24.28 + -0.94)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:27:42 2006