Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,391,458 – 13,391,578 |
Length | 120 |
Max. P | 0.915242 |
Location | 13,391,458 – 13,391,578 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.00 |
Mean single sequence MFE | -43.16 |
Consensus MFE | -26.15 |
Energy contribution | -27.52 |
Covariance contribution | 1.37 |
Combinations/Pair | 1.37 |
Mean z-score | -2.06 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 1.10 |
SVM RNA-class probability | 0.915242 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 13391458 120 + 22407834 GAUCUUCAAGUGGCUGUAGCUCAUGGCGUGCUGCAUAGCAACAUAUGCUGUGCCAAGGACAAGACGCUGCUGAACCUGCAGACUUUCGAGAUCUACAAGCACUUCUCCGAGGAAGUGCUU ((((((.((((..((((((.(((((((((.((((((((((.....))))))))........)))))))).)))..))))))))))..))))))...((((((((((....)))))))))) ( -46.00) >DroVir_CAF1 4408 120 + 1 GAACUGCAGAUUACUGUCGUCUUAGGUGUACAGCAUAGCAUACUGUGCAGCGCCAAGGAUAAGACUCUGUUCAAUCUGCAAGCAUUCGAGAUCUACAAACACUUUUCUGAGGAUGUACUG ....((((((((((.((((((((.(((((...((((((....)))))).))))).)))))..)))...))..)))))))).((((((.(((..............)))..)))))).... ( -36.24) >DroPse_CAF1 5117 120 + 1 GAGCUGCAGGCGGCCAUUGCCCACGGUGUGUUGCACAGCCAGGUCUGCUGUGCCAAGGACAAGACGCUGUUCAAUCUGCAGACUUUCGAGAUAUACAAGCACUUCUCCGAGGAAGUGCUG ((((((((((.(((....))).(((((((.(((((((((.......))))))).......)).)))))))....))))))).)))............(((((((((....))))))))). ( -45.11) >DroGri_CAF1 4171 120 + 1 GACCUGCAGAUAACCGUGGUGUUUGGCGUGCUGCACAGCAUACUGUGCUGCAACAAGGACAAGACGCUCUUCAAUCUGCAGGCCUUCGAGAUCUACAAGCACUUCUCCGAGGAUGUGCUC ..(((((((((...(((..(((((....(((.((((((....)))))).)))....)))))..))).......)))))))))((((.((((............)))).))))........ ( -43.30) >DroAna_CAF1 3627 120 + 1 GAGCUGCAGGUGGCAGUGGCUCACGGGGUGCUCCACAGUACUGUGUGUUGUGCGAAGGAUAAGACACUGUUGAACUUGCAGACCUUCGAGAUCUACAAGCACUUCUCUGAAGAGGUGCUG (..((((((((.((((((((.((((.((((((....)))))).))))..)).(....)......))))))...))))))))..).............(((((((((....))))))))). ( -45.50) >DroPer_CAF1 5167 120 + 1 GAGCUGCAGGCGGCCAUUGCGCAUGGUGUGUUGCACAGCCAGGUCUGCUGUGCCAAGGACAAGACGCUGUUCAAUCUGCAGACUUUCGAGAUAUACAAGCACUUCUCCGAGGAAGUGCUG ((((((((((..(((((.....))))).....(((((((.......)))))))...(((((......)))))..))))))).)))............(((((((((....))))))))). ( -42.80) >consensus GAGCUGCAGGUGGCCGUGGCCCAUGGUGUGCUGCACAGCAAAGUGUGCUGUGCCAAGGACAAGACGCUGUUCAAUCUGCAGACUUUCGAGAUCUACAAGCACUUCUCCGAGGAAGUGCUG ...((((((((.((....))...((((((.((((((((((.....))))))))........))))))))....))))))))................(((((((((....))))))))). (-26.15 = -27.52 + 1.37)
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