Locus 4665

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	13,390,019 – 13,390,136
Length	117
Max. P	0.527856

overview

Window 6

Location	13,390,019 – 13,390,136
Length	117
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.75
Mean single sequence MFE	-40.05
Consensus MFE	-19.66
Energy contribution	-21.33
Covariance contribution	1.67
Combinations/Pair	1.18
Mean z-score	-1.97
Structure conservation index	0.49
SVM decision value	-0.02
SVM RNA-class probability	0.523596
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13390019 117 + 22407834
GCCGCUCUCGCUCUUUAUGCGCAUUUGCCGCAUUGAGCGCGAAGCCAACGACGAUUUGCGUCUACAGCUUCAGCAUCCCAUCCGUCAGCACUAUCUGCUUUCCCAGCUGAAGCUGGA
...(((.((((.(((.((((((....).))))).))).)))))))....((((.....))))..((((((((((....(....)..((((.....))))......)))))))))).. ( -41.20)
>DroVir_CAF1 2467 117 + 1
GCCGCUGUCGCUGAUGUUGCGUAUAUUUCGCGUUGAGCGGGAUAUUAUGGACAAAUUGCGACCACAACUGCAGCAUCCGGUGCGUCAGCAUUAUCUGCUUAGCCAGUUGAAACUGCA
...((.(((((...((((.(((((((..(((.....)))..))).))))))))....)))))..(((((((((((...(((((....)))))...))))..).)))))).....)). ( -39.00)
>DroSec_CAF1 2226 117 + 1
GCCGCUCUCGCUCUUUAUGCGCAUUUGCCGCAUUGAACGCGAAGCCAGCGACGAUUUGCGUCUACAGCUUCAGCAUCCCAUCCGUCAGCACUAUCUACUUUCCCAGCUGAAGCUGGA
((.(((.((((..((.((((((....).))))).))..)))))))..))((((.....))))..((((((((((...............................)))))))))).. ( -36.58)
>DroEre_CAF1 2232 117 + 1
GCCGCUCUCGCUCUUUAUGCGCAUUUGUCGCAUCGAGCGUGAAGCCAGCGAUGAGUUGCGCCUACAGCUUCAGCAUCCAAUCCGUCAACACUACCUGCUUUCCCAGCUCAAUCUGGA
((.((((.(((((...((((((....).))))).))))).).)))..((...((((((......))))))..))......................))....((((......)))). ( -29.70)
>DroYak_CAF1 2242 117 + 1
GCCGCUCUCGCUCUUUCUGCGCAUCUGUCGCAUCGAGCGUGAAGCCAGCGACGAGUUGCGUCUGCAGCUUCAGCAUCCCAUCCGUCAGCACUACCUGCUGUCCCAGCUCAAGCUGGA
...((...(((((....(((((....).))))..)))))((((((..((((((.....)))).)).)))))))).........(.(((((.....))))).)(((((....))))). ( -41.70)
>DroMoj_CAF1 2614 117 + 1
GCCACUCUCGCUGAUGCUGCGCAUCUUCCGCAUCGACCGAGAUGUGGUGGAGAAGCUGCGCCCGCAGCUGCAACACCCGGUGCGACAGCACUAUCUGCUCCAGCAGCUGCAGCUGCA
((((((((((.((((((............))))))..))))).)))))((((.((((((....)))))).........(((((....))))).....)))).(((((....))))). ( -52.10)
>consensus
GCCGCUCUCGCUCUUUAUGCGCAUUUGCCGCAUCGAGCGCGAAGCCAGCGACGAGUUGCGUCUACAGCUUCAGCAUCCCAUCCGUCAGCACUAUCUGCUUUCCCAGCUGAAGCUGGA
...((((.(((((....((((.......))))..))))).)).))...................((((((((((...(.....)..((((.....))))......)))))))))).. (-19.66 = -21.33 +   1.67)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	13,390,019 – 13,390,136
Length	117
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.75
Mean single sequence MFE	-43.38
Consensus MFE	-25.85
Energy contribution	-26.25
Covariance contribution	0.40
Combinations/Pair	1.39
Mean z-score	-1.49
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	-0.01
SVM RNA-class probability	0.527856
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13390019 117 - 22407834
UCCAGCUUCAGCUGGGAAAGCAGAUAGUGCUGACGGAUGGGAUGCUGAAGCUGUAGACGCAAAUCGUCGUUGGCUUCGCGCUCAAUGCGGCAAAUGCGCAUAAAGAGCGAGAGCGGC
((((((....))))))...(((.....(((((.((..((((.(((.((((((...((((.....))))...))))))))))))).)))))))..))).........((....))... ( -43.70)
>DroVir_CAF1 2467 117 - 1
UGCAGUUUCAACUGGCUAAGCAGAUAAUGCUGACGCACCGGAUGCUGCAGUUGUGGUCGCAAUUUGUCCAUAAUAUCCCGCUCAACGCGAAAUAUACGCAACAUCAGCGACAGCGGC
((((((.((.....((..((((.....))))...))....)).))))))(((((.(((((....(((.....((((..(((.....)))..)))).....)))...))))).))))) ( -34.90)
>DroSec_CAF1 2226 117 - 1
UCCAGCUUCAGCUGGGAAAGUAGAUAGUGCUGACGGAUGGGAUGCUGAAGCUGUAGACGCAAAUCGUCGCUGGCUUCGCGUUCAAUGCGGCAAAUGCGCAUAAAGAGCGAGAGCGGC
((((((....))))))...(((.....(((((.((....((((((.((((((...((((.....))))...))))))))))))..)))))))..))).........((....))... ( -42.50)
>DroEre_CAF1 2232 117 - 1
UCCAGAUUGAGCUGGGAAAGCAGGUAGUGUUGACGGAUUGGAUGCUGAAGCUGUAGGCGCAACUCAUCGCUGGCUUCACGCUCGAUGCGACAAAUGCGCAUAAAGAGCGAGAGCGGC
..(((..((((.((.(...((((.(((((((.(.....).)))))))...))))...).)).))))...)))((((..(((((.(((((.(....))))))...))))).))))... ( -39.20)
>DroYak_CAF1 2242 117 - 1
UCCAGCUUGAGCUGGGACAGCAGGUAGUGCUGACGGAUGGGAUGCUGAAGCUGCAGACGCAACUCGUCGCUGGCUUCACGCUCGAUGCGACAGAUGCGCAGAAAGAGCGAGAGCGGC
((((((....)))))).(((((.....)))))..........((((((((((((.((((.....)))))).)))))).(((((..((((.(....)))))....)))))..)))).. ( -46.40)
>DroMoj_CAF1 2614 117 - 1
UGCAGCUGCAGCUGCUGGAGCAGAUAGUGCUGUCGCACCGGGUGUUGCAGCUGCGGGCGCAGCUUCUCCACCACAUCUCGGUCGAUGCGGAAGAUGCGCAGCAUCAGCGAGAGUGGC
.(((((((((((..((((.((.((((....)))))).))))..)))))))))))(((.........))).((((.(((((.(.(((((............)))))).))))))))). ( -53.60)
>consensus
UCCAGCUUCAGCUGGGAAAGCAGAUAGUGCUGACGGAUGGGAUGCUGAAGCUGUAGACGCAACUCGUCGCUGGCUUCACGCUCAAUGCGACAAAUGCGCAUAAAGAGCGAGAGCGGC
.(((((....)))))...((((.....))))...........(((((((((((..((((.....))))..))))))).(((((..((((.......))))....)))))..)))).. (-25.85 = -26.25 +   0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:24:05 2006