Locus 4629

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	13,228,264 – 13,228,369
Length	105
Max. P	0.853698

overview

Window 9

Location	13,228,264 – 13,228,369
Length	105
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.26
Mean single sequence MFE	-36.77
Consensus MFE	-15.98
Energy contribution	-16.12
Covariance contribution	0.14
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-2.19
Structure conservation index	0.43
SVM decision value	0.80
SVM RNA-class probability	0.853698
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13228264 105 + 22407834
AGGCCAAUCUGCAGCAGCAGAUCCGCCUGAGUCUCUACUAUGUGCGCUUCCUGCAGCAGGCGAUGGCCUCCAC---GGAGCCACUGC---CUCCCACACAGCCAAG------GCACA
((((..((((((....))))))..))))..((((...((.((((.(((......)))(((((.((((.((...---.)))))).)))---))..)))).))...))------))... ( -39.80)
>DroPse_CAF1 4134 106 + 1
AGGCCAAUCUGCAGCAACAGGUCCGGCUUAGCCUCUACUACGUGCGGUUCCUGCAGCAGACCAUGGCCGCCACCAGAGAACCUCUGCAGGCUUCCAGCCAU---CA------GCA--
.(((((.(((((.(((...((.(((((.(((......))).)).)))..))))).)))))...)))))(((..(((((...)))))..))).....((...---..------)).-- ( -36.80)
>DroGri_CAF1 5136 112 + 1
AGGCUAAUUUGCAGCAACAGAUCCGUCUCAGCCUGUACUAUGUGCGGUUCCUGCAACAGACAAUGGCCACGACACGAACUCCACUGU---CUGACACACAAUCCACGCUGCAGCA--
........(((((((..(((..((((..((..........)).))))...)))...((((((.(((...((...))....))).)))---))).............)))))))..-- ( -27.80)
>DroYak_CAF1 4870 105 + 1
AGGCCAAUCUGCAGCAGCAGAUCCGCCUGAGCCUCUACUACGUCCGCUUCCUGCAGCAGGCGAUGGCUUCCAC---GGAGCCACUGC---CUCCCACGCAGUCGAG------GCACU
((((..((((((....))))))..))))..(((((.(((.(((..(((......)))(((((.((((((....---.)))))).)))---))...))).))).)))------))... ( -48.20)
>DroAna_CAF1 5777 103 + 1
AGGCCAAUCUGGAGCAGCAGAUCCGCCUGAGCCUCUACUAUGUGCGAUUCCUGCAGCAGACCAUGGCCACCAU---GGAACCACUGG---CCCCUACCCACCACCA------GCA--
.(((((.((((..((((..(((((((...((......))..))).)))).))))..))))((((((...))))---))......)))---))..............------...-- ( -31.30)
>DroPer_CAF1 4131 106 + 1
AGGCCAAUCUGCAGCAACAGGUCCGGCUAAGCCUCUACUACGUGAGGUUCCUGCAGCAGACCAUGGCCGCCACCAGAGAACCUCUGCAGGCUUCCAGCCAU---CA------GCA--
.(((((.(((((.(((...((.....)).((((((........))))))..))).)))))...)))))(((..(((((...)))))..))).....((...---..------)).-- ( -36.70)
>consensus
AGGCCAAUCUGCAGCAACAGAUCCGCCUGAGCCUCUACUACGUGCGGUUCCUGCAGCAGACCAUGGCCACCAC___AGAACCACUGC___CUCCCACCCAG_C_AA______GCA__
.(((((.(((((.(((...(((((((...((......))..))).))))..))).)))))...)))))................................................. (-15.98 = -16.12 +   0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	13,228,264 – 13,228,369
Length	105
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.26
Mean single sequence MFE	-46.48
Consensus MFE	-18.60
Energy contribution	-19.30
Covariance contribution	0.70
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.14
Structure conservation index	0.40
SVM decision value	0.37
SVM RNA-class probability	0.709077
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13228264 105 - 22407834
UGUGC------CUUGGCUGUGUGGGAG---GCAGUGGCUCC---GUGGAGGCCAUCGCCUGCUGCAGGAAGCGCACAUAGUAGAGACUCAGGCGGAUCUGCUGCUGCAGAUUGGCCU
((.(.------(((.((((((((..((---((.(((((((.---...)).))))).))))(((......))).)))))))).))).).))(((.(((((((....))))))).))). ( -51.90)
>DroPse_CAF1 4134 106 - 1
--UGC------UG---AUGGCUGGAAGCCUGCAGAGGUUCUCUGGUGGCGGCCAUGGUCUGCUGCAGGAACCGCACGUAGUAGAGGCUAAGCCGGACCUGUUGCUGCAGAUUGGCCU
--.((------(.---...((..(((((((....))))).))..)))))(((((..((((((.(((((..(.((...((((....)))).)).)..)))))....))))))))))). ( -43.10)
>DroGri_CAF1 5136 112 - 1
--UGCUGCAGCGUGGAUUGUGUGUCAG---ACAGUGGAGUUCGUGUCGUGGCCAUUGUCUGUUGCAGGAACCGCACAUAGUACAGGCUGAGACGGAUCUGUUGCUGCAAAUUAGCCU
--...((((((((((.((.((((.(((---(((((((....((...))...)))))))))).)))).)).)))).......((((((((...))).))))).))))))......... ( -41.90)
>DroYak_CAF1 4870 105 - 1
AGUGC------CUCGACUGCGUGGGAG---GCAGUGGCUCC---GUGGAAGCCAUCGCCUGCUGCAGGAAGCGGACGUAGUAGAGGCUCAGGCGGAUCUGCUGCUGCAGAUUGGCCU
.(.((------(((.(((((((...((---((.(((((((.---...).)))))).)))).((((.....))))))))))).))))).)((((.(((((((....))))))).)))) ( -59.70)
>DroAna_CAF1 5777 103 - 1
--UGC------UGGUGGUGGGUAGGGG---CCAGUGGUUCC---AUGGUGGCCAUGGUCUGCUGCAGGAAUCGCACAUAGUAGAGGCUCAGGCGGAUCUGCUGCUCCAGAUUGGCCU
--...------....(((.(((.((((---(..((((((((---...(..((........))..).))))))))....((((((.((....))...)))))))))))..))).))). ( -37.90)
>DroPer_CAF1 4131 106 - 1
--UGC------UG---AUGGCUGGAAGCCUGCAGAGGUUCUCUGGUGGCGGCCAUGGUCUGCUGCAGGAACCUCACGUAGUAGAGGCUUAGCCGGACCUGUUGCUGCAGAUUGGCCU
--.((------..---(((((((..(((((...(((((((.((.(..(((((....).))))..)))))))))).(......)))))))))))....((((....))))))..)).. ( -44.40)
>consensus
__UGC______UG_G_AUGGGUGGGAG___GCAGUGGUUCC___GUGGAGGCCAUGGUCUGCUGCAGGAACCGCACAUAGUAGAGGCUCAGGCGGAUCUGCUGCUGCAGAUUGGCCU
.................................................(((((..((((((.(((((..(((.....(((....)))....))).)))))....))))))))))). (-18.60 = -19.30 +   0.70)

alignment

secondary structure

dotplot

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