Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,213,964 – 13,214,084 |
Length | 120 |
Max. P | 0.584031 |
Location | 13,213,964 – 13,214,084 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.39 |
Mean single sequence MFE | -40.82 |
Consensus MFE | -23.94 |
Energy contribution | -26.83 |
Covariance contribution | 2.89 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -1.76 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 0.10 |
SVM RNA-class probability | 0.584031 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 13213964 120 + 22407834 AGAUCGCAUGUGCAGUUCCAAGGAUUCUCGACCAGCGAUAAUGCUGUGAGCUUAGUCAAGUCCUGGAAACUCUCCACUCUCAGUUUGGUCAGCUCAUUGUUGUCCAGAUAGAUCUGCGAG ...(((((.(((.(((((((.(((((((((..((((......))))))))........))))))))))...)).)))..((.((((((.((((.....)))).)))))).))..))))). ( -37.20) >DroPse_CAF1 1950 120 + 1 AGAUCGCAGGUGCAGUUCCAUGGAUUCUGGUCGAGCGACAGGGCCGUCAGUCGGUUCAGACUCUGAAAAGUCUCCCUGUGCAGCACCCGAAACUGGUUGCCGUCCAGAUAGAUCUGUGAG ...((((((((.....((....)).(((((.((.((.(((((((((.....)))...(((((......))))))))))))).(((.(((....))).))))).)))))...)))))))). ( -43.50) >DroSec_CAF1 1243 120 + 1 AGAUCGCAGGUGCAGUUCCAAGGAUUCUCGACCAGCGAUAAGGCUGUGAGCUUAGUCAAGUCCUGGAAACUCUCGACUCUUAGUUUGGUCAGCUCAUUGUUGUCCAGAUAGAUCUGCGAG ...((((((((....(((((.(((((((((..((((......))))))))........))))))))))..............((((((.((((.....)))).))))))..)))))))). ( -39.80) >DroPer_CAF1 1948 120 + 1 AGAUCGCAGGUGCAAUUCCAUGGAUUCUGGUCGAGCGACAGGGCCGUCAGUCGGCUCAGACUCUGAAAAGUCUCCCUGUGCAGCACCCGAAACUGGUUGCCGUCCAGAUAGAUCUGUGAG ...((((((((.....((....)).(((((.((.((.(((((((((.....))))..(((((......))))).))))))).(((.(((....))).))))).)))))...)))))))). ( -45.10) >DroEre_CAF1 1521 120 + 1 AGAUCGCAGGUGCAGUUCCAAGGAUUCUCGACCAGCGAUAAUGCUGUCAGCUUAUUCAAGUCCUGGAAACUCUCCACUCUCAGUUUGGUCAGCUCAUUGUUGUCCAGAUAGAUCUGCGAG ...(((((((((.(((((((.(((((((.(((.(((......))))))))........))))))))))...)).)))..((.((((((.((((.....)))).)))))).)).)))))). ( -39.10) >DroYak_CAF1 6076 120 + 1 AGAUCGCAGGUACAGUUCCAGGGAUUCUCGACCAGUGAUAAUGCUGUGAGCUUGUUCAAGUCCUGGAAACUCUCCACUCUCAGUUUGGUCAGCUCAUUGUUGUCCAAAUAGAUCUGCGAU ..(((((((((....((((((((...((((..((((......))))))))(((....)))))))))))..............((((((.((((.....)))).))))))..))))))))) ( -40.20) >consensus AGAUCGCAGGUGCAGUUCCAAGGAUUCUCGACCAGCGAUAAGGCUGUCAGCUUAUUCAAGUCCUGGAAACUCUCCACUCUCAGUUUGGUCAGCUCAUUGUUGUCCAGAUAGAUCUGCGAG ...((((((((....(((((.(((((((((..((((......))))))))........))))))))))..............((((((.((((.....)))).))))))..)))))))). (-23.94 = -26.83 + 2.89)
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