Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,211,967 – 13,212,080 |
Length | 113 |
Max. P | 0.929325 |
Location | 13,211,967 – 13,212,080 |
---|---|
Length | 113 |
Sequences | 4 |
Columns | 113 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 99.56 |
Mean single sequence MFE | -42.98 |
Consensus MFE | -42.12 |
Energy contribution | -42.38 |
Covariance contribution | 0.25 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -5.31 |
Structure conservation index | 0.98 |
SVM decision value | 0.21 |
SVM RNA-class probability | 0.636332 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 13211967 113 + 22407834 GCGACAGAGGUGGAGCAAGCCCCUAGCACUCCGUCUGAUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUCCUCCAAUGGAGGAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUAC ((.....(((.((......))))).)).....(((((.(((.....((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)))))))).. ( -41.40) >DroSec_CAF1 18768 113 + 1 GCGACAGAGGUGGAGCAAGCUCCUAGCACUCCGUCUGAUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUCCUCCAAUGGAGGAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUAC ......(((((((((....))))..)).))).(((((.(((.....((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)))))))).. ( -43.50) >DroSim_CAF1 18828 113 + 1 GCGACAGAGGUGGAGCAAGCUCCUAGCACUCCGUCUGAUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUCCUCCAAUGGAGGAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUAC ......(((((((((....))))..)).))).(((((.(((.....((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)))))))).. ( -43.50) >DroEre_CAF1 23257 113 + 1 GCGACAGAGGUGGAGCAAGCUCCUAGCACUCCGUCUGAUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUCCUCCAAUGGAGGAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUAC ......(((((((((....))))..)).))).(((((.(((.....((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)))))))).. ( -43.50) >consensus GCGACAGAGGUGGAGCAAGCUCCUAGCACUCCGUCUGAUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUCCUCCAAUGGAGGAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUAC ......(((((((((....))))..)).))).(((((.(((.....((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)))))))).. (-42.12 = -42.38 + 0.25)
Location | 13,211,967 – 13,212,080 |
---|---|
Length | 113 |
Sequences | 4 |
Columns | 113 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 99.56 |
Mean single sequence MFE | -38.38 |
Consensus MFE | -38.56 |
Energy contribution | -38.38 |
Covariance contribution | -0.19 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -3.76 |
Structure conservation index | 1.00 |
SVM decision value | 1.20 |
SVM RNA-class probability | 0.929325 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 13211967 113 - 22407834 GUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUCCUCCAUUGGAGGACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAUCAGACGGAGUGCUAGGGGCUUGCUCCACCUCUGUCGC ......(((((.(((((.(((((((.((...((.(((((...)))))))..)).))))))).)))))....)))))..(((((((.(...((((....)))).)))))))).. ( -37.70) >DroSec_CAF1 18768 113 - 1 GUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUCCUCCAUUGGAGGACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAUCAGACGGAGUGCUAGGAGCUUGCUCCACCUCUGUCGC ......(((((.(((((.(((((((.((...((.(((((...)))))))..)).))))))).)))))....)))))..(((((((.(...((((....)))).)))))))).. ( -38.60) >DroSim_CAF1 18828 113 - 1 GUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUCCUCCAUUGGAGGACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAUCAGACGGAGUGCUAGGAGCUUGCUCCACCUCUGUCGC ......(((((.(((((.(((((((.((...((.(((((...)))))))..)).))))))).)))))....)))))..(((((((.(...((((....)))).)))))))).. ( -38.60) >DroEre_CAF1 23257 113 - 1 GUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUCCUCCAUUGGAGGACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAUCAGACGGAGUGCUAGGAGCUUGCUCCACCUCUGUCGC ......(((((.(((((.(((((((.((...((.(((((...)))))))..)).))))))).)))))....)))))..(((((((.(...((((....)))).)))))))).. ( -38.60) >consensus GUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUCCUCCAUUGGAGGACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAUCAGACGGAGUGCUAGGAGCUUGCUCCACCUCUGUCGC ......(((((.(((((.(((((((.((...((.(((((...)))))))..)).))))))).)))))....)))))..(((((((.(...((((....)))).)))))))).. (-38.56 = -38.38 + -0.19)
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