Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,175,082 – 13,175,200 |
Length | 118 |
Max. P | 0.587866 |
Location | 13,175,082 – 13,175,200 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.75 |
Mean single sequence MFE | -45.27 |
Consensus MFE | -25.68 |
Energy contribution | -26.43 |
Covariance contribution | 0.75 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -2.16 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 0.11 |
SVM RNA-class probability | 0.587866 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 13175082 118 + 22407834 UAGUUCUGGAAGACUGCCGCCGCCGCCGACUGCUGGAGCAGUUGCUGCUGCAGGCCGCCCAUGUGGGCAAAUCCGUACAGGUUGUUCGAGUUGGUGGCAAUCAGGGUGCCCGGCUGUA .((((......))))((.(((((((((((((.(((.(((((...))))).)))...((((....)))).....((.((.....)).)))))))))))).....((....))))).)). ( -48.40) >DroVir_CAF1 19722 118 + 1 UAAUUUUGAAAGACAGCCGCCGCAGCAGAUUGCUGCAGCAACUGCUGCUGCAGUCCGCCCAUGUGCGCAAAGCCGUACAGAUUAUUUGUAUUUGUGGCGAUGAGCGUUGCCGGCUGUA ............(((((((..(((((.((((((.(((((....))))).))))))((((.(((.((.....)))))((((((.......))))))))))......)))))))))))). ( -49.10) >DroGri_CAF1 47928 118 + 1 UAGUUUUGAAAGACAGCCGCCGCAGCGGUUUGCUGCAACAGCUGCUGCUGCAGUCCGCCCAUGUGCGCAAAGCCGUACAAAUUAUUUGUAUUCGUUGCAAUUAGCGUUCCGGGCUGAA .............(((((...((((((((..((((...)))).)))))))).(..(((...((((((......))))))...((.(((((.....))))).)))))..)..))))).. ( -41.10) >DroWil_CAF1 80669 118 + 1 UAAUUCUGGAACACGGCAGCGGCUGCAGAUUGCUGUAAUAGCUGCUGCUGCAAUCCGCCCAUAUGGGCAAAGCCAUAGAGAUUAUUUGUAUUGGUGGCUAUCAGGGUGCCCGGUUGAA .....((((.....((((((((((((((....))))...))))))))))(((.(((((((....))))..((((((...(((.......))).))))))....))))))))))..... ( -47.50) >DroMoj_CAF1 61759 118 + 1 UAGUUUUGAAAGACAGUCGCUGCGGCGGAUUGCUGCAGCAACUGUUGCUGCAGUCCACCCAUAUGCGCAAAGCCGUACAGAUUAUUUGUAUUUGUGGCAAUUAGCGUUCCUGGCUGUA ............((((((..((.((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))...((((...(((..((((((.......))))))))).....))))....)))))). ( -41.60) >DroAna_CAF1 15770 118 + 1 UAGUUUUGAAAGACAGCCGCCGCCGCCGUCUGCUGGAGCAGCUGAUGCUGCAGGCCGCCCAUGUGCGCAAAUCCGUAUAGGUUGUUUGAAUUGGUGGCAAUUAGGGUGCCUGGCUGAA .............(((((((((((((.((((((...((((.....)))))))))).))((.((((((......))))))))...........))))))....(((...)))))))).. ( -43.90) >consensus UAGUUUUGAAAGACAGCCGCCGCAGCAGAUUGCUGCAGCAGCUGCUGCUGCAGUCCGCCCAUGUGCGCAAAGCCGUACAGAUUAUUUGUAUUGGUGGCAAUUAGCGUGCCCGGCUGAA .............(((((((((((((.((((((.(((........))).)))))).))...((((((......)))))).............)))))).....(.....).))))).. (-25.68 = -26.43 + 0.75)
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