Locus 4588

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 13,141,703 – 13,141,861
Length 158
Max. P 0.976018
window7236 window7237

overview

Window 6

Location 13,141,703 – 13,141,822
Length 119
Sequences 5
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.61
Mean single sequence MFE -24.52
Consensus MFE -20.46
Energy contribution -21.38
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -2.00
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 1.76
SVM RNA-class probability 0.976018
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13141703 119 + 22407834
UAAUUAGCAAAAGCAAUCAUUUAAAUUUAAGUCAAAAUUUAAACGUAAAAUUGUUUAAUUAUACGAAUUCAGUCAUUGCUGUGUGCGAAGAGAAUUUGCAUAGUAAUUGAUUGCAUUGU
......((((..((((((((((((((((......)))))))))((((.((((....)))).)))).........((((((..(((((((.....)))))))))))))))))))).)))) ( -25.60)
>DroSec_CAF1 8780 119 + 1
UAAUAAUCAAAAGCAAUCAUUUAAAUUUAAGUCAAAAUUUAAACGUAAAAUUGUUUAAUUAUACGAAUACAGUCGUUACUGUGUGCCAAGAGAAUGUGCAUAGUAAUUGAUUGCAUUGC
............((((((((((((((((......)))))))))((((.((((....)))).)))).........(((((((((..(.........)..))))))))))))))))..... ( -27.30)
>DroSim_CAF1 9585 119 + 1
UAAUUAGCAAAAGCAAUCAUUUAAAUUUAAGUCAAAAUUUAAACGUAAAAUUGUUUAAUUAUACGAAUACAGUCGUUACUGUGUGCCAAGAGAAUUUGCAUAGUAAUUGAUUGCAUUGC
......((((..((((((((((((((((......)))))))))((((.((((....)))).)))).........((((((((((.............))))))))))))))))).)))) ( -25.92)
>DroEre_CAF1 10890 119 + 1
UAAUUAGCACAAGCAAUCAUUUAAAUUUAAGCCAAAAUUAAAACGUAAAAUGGUUUAGUUAUACGUGUACAGUCGUAACUUUGUGCCAGGAGAAUUUGCAUAGUAAUUGAUUGCAUUGC
......(((...(((((((.(((..(((((.......)))))..(((((.((((..((((((((.......)).))))))....))))......)))))....))).)))))))..))) ( -22.20)
>DroYak_CAF1 8888 119 + 1
UAACUAGCACAAGCAAUCAUUUAAAUUUAAGUCAAAAUUAAAACGUAAAAUUGUUUAAUUAUACGAAUACAGUCGUAACUUUGUGCCCAGAGAAUUUGCAUAGUAAUUGAUUGCAUUGC
......(((...(((((((.(((..(((((.......)))))..(((((............(((((......))))).(((((....)))))..)))))....))).)))))))..))) ( -21.60)
>consensus
UAAUUAGCAAAAGCAAUCAUUUAAAUUUAAGUCAAAAUUUAAACGUAAAAUUGUUUAAUUAUACGAAUACAGUCGUUACUGUGUGCCAAGAGAAUUUGCAUAGUAAUUGAUUGCAUUGC
............((((((((((((((((......)))))))))((((.((((....)))).)))).........((((((((((.............)))))))))))))))))..... (-20.46 = -21.38 +   0.92)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 13,141,742 – 13,141,861
Length 119
Sequences 5
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.76
Mean single sequence MFE -27.48
Consensus MFE -21.58
Energy contribution -21.98
Covariance contribution 0.40
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.83
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.73
SVM RNA-class probability 0.834548
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13141742 119 + 22407834
UAAACGUAAAAUUGUUUAAUUAUACGAAUUCAGUCAUUGCUGUGUGCGAAGAGAAUUUGCAUAGUAAUUGAUUGCAUUGUAAUCGAAAUAAUUGAUUGUUCCGCUCGAUGUUUGUUUUU
(((((((..((((((((.....(((((...(((((((((((..(((((((.....)))))))))))).))))))..)))))....))))))))((....))......)))))))..... ( -24.80)
>DroSec_CAF1 8819 119 + 1
UAAACGUAAAAUUGUUUAAUUAUACGAAUACAGUCGUUACUGUGUGCCAAGAGAAUGUGCAUAGUAAUUGAUUGCAUUGCAAUCGAAAUAAUUGAUUGUUCUGCUCGAUGUUUGUUUUU
((((((......)))))).....(((((((((((((((((((((..(.........)..)))))))).)))))(((..((((((((.....))))))))..)))..).))))))).... ( -32.20)
>DroSim_CAF1 9624 119 + 1
UAAACGUAAAAUUGUUUAAUUAUACGAAUACAGUCGUUACUGUGUGCCAAGAGAAUUUGCAUAGUAAUUGAUUGCAUUGCAAUCGAAAUAAUUGAUUGUUCUGCUCGAUGUUUGUUUUU
((((((......)))))).....((((((((((((((((((((((.............))))))))).)))))(((..((((((((.....))))))))..)))..).))))))).... ( -29.32)
>DroEre_CAF1 10929 119 + 1
AAAACGUAAAAUGGUUUAGUUAUACGUGUACAGUCGUAACUUUGUGCCAGGAGAAUUUGCAUAGUAAUUGAUUGCAUUGCAAUCGCAGUAAUUGAUUGUUCUGCUCGAUGUUUGUUUUU
...(((((.(((......))).)))))((((((........))))))...((((((..((((.......((((((...))))))((((.(((.....)))))))...))))..)))))) ( -26.40)
>DroYak_CAF1 8927 119 + 1
AAAACGUAAAAUUGUUUAAUUAUACGAAUACAGUCGUAACUUUGUGCCCAGAGAAUUUGCAUAGUAAUUGAUUGCAUUGCAAUCAAAAUAGUUGAUUGUUUUGUUUGAUGUUUGUUUUU
.(((((......))))).((((.(((((.(((((((((((((((....)))))...)))).......((((((((...)))))))).......))))))))))).)))).......... ( -24.70)
>consensus
UAAACGUAAAAUUGUUUAAUUAUACGAAUACAGUCGUUACUGUGUGCCAAGAGAAUUUGCAUAGUAAUUGAUUGCAUUGCAAUCGAAAUAAUUGAUUGUUCUGCUCGAUGUUUGUUUUU
.((((((........................((((((((((((((.............))))))))).)))))(((..((((((((.....))))))))..)))...))))))...... (-21.58 = -21.98 +   0.40)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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