Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,023,815 – 13,023,933 |
Length | 118 |
Max. P | 0.597226 |
Location | 13,023,815 – 13,023,933 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 73.39 |
Mean single sequence MFE | -46.75 |
Consensus MFE | -20.51 |
Energy contribution | -20.02 |
Covariance contribution | -0.49 |
Combinations/Pair | 1.44 |
Mean z-score | -1.82 |
Structure conservation index | 0.44 |
SVM decision value | 0.13 |
SVM RNA-class probability | 0.597226 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 13023815 118 + 22407834 UGCAGCGCCGUGUGCUCCUCCAUUUCCGCCUCCUCAUUGGCAUUGUAAUCACAAUGGGCACAUUUCUGGCAGUUCGGAGGUGGAGGAUUUACGCAGGCGUGCUUCUGUAGAUGCUGCA .(((((((((((((.(((((((((((((((........)))(((((......((((....))))....)))))..))))))))))))..))))).))).(((....)))...))))). ( -50.80) >DroVir_CAF1 4924 118 + 1 UGCACAGCGGUGUGCUCCUCCAGUUCGGCCUCCUCGACGGCAUUGUAGUCGCAAUGGGCACACUGCUGCGCCUCCGGGCUGGGCUGAUUGAUGCAGGCAUGUUUCUGCAGAUGCUCCG .((.(((((((((((((..........(((........)))(((((....)))))))))))))))))).))...(((((....(((...((.(((....))).))..)))..)).))) ( -45.70) >DroGri_CAF1 4744 118 + 1 UGCACCGCAGUGUGCUCCUCGAGUUCGGCCUCGUCCACGACGCUAUAGUCACAGUGGGCACACUGUUGUGCCUCCACCGGCGGCUGUUUAACGCAUGCAUGUUGCCGCAGAUGCUGCU .((((.(((((((((((((.((.(..(((.(((....))).)))..).))..)).))))))))))).)))).......(((((((((.........))).))))))((((...)))). ( -48.50) >DroEre_CAF1 5393 118 + 1 UGCAGCGCCGUGUGCUCCUCCAUUUCCGCCUCCUCACUGGCAUUGUAAUCACAGUGGGCACAUUUGUGGUAGUUGGGAGGCGGCGGAUUCACGCAGGCGUGCUUCUGGAGAUGCUGCA .(((((((.....))..((((....(((((((((.((((.((((((....))))))..(((....))).)))).))))))))).(((..((((....))))..)))))))..))))). ( -52.80) >DroWil_CAF1 3956 118 + 1 UGCACGAUCGUAUGCUCUUCUAUCUCUGGCUCCUCGGUGGCGGUAUAAUCACAAUGGGCACACUGAUGGGCACCAGGUGGUGGAGGAUUGAUGCAGGCAUGCUUUUGCAAAUGCUGCU (((((((((.....((((.((((((...((((.((((((((................)).)))))).))))...)))))).))))))))).))))(((((((....)))..))))... ( -40.29) >DroMoj_CAF1 4638 118 + 1 UGCACUGCCGUGUGCUCGUCCAGCUCCGCUUCCUCCACGGCAUUGUAGUCACAGUGAGCGCACUGCAUCGCCUCUGCGCUGGGCUCAUUGAUGCAGGCAUGCUUCUGCAGAUGCUGCU ((((.(((((((.(((.....)))...........))))))).))))....((((((((.((.((((.......)))).)).))))))))..((((.(((((....)))..)))))). ( -42.40) >consensus UGCACCGCCGUGUGCUCCUCCAGUUCCGCCUCCUCAACGGCAUUGUAAUCACAAUGGGCACACUGCUGGGCCUCCGGAGGCGGCGGAUUGACGCAGGCAUGCUUCUGCAGAUGCUGCU .........((((((((..........(((........)))(((((....))))))))))))).............................(((.((((((....)))..)))))). (-20.51 = -20.02 + -0.49)
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