Locus 4541

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 13,013,719 – 13,013,839
Length 120
Max. P 0.683307
window7157

overview

Window 7

Location 13,013,719 – 13,013,839
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.17
Mean single sequence MFE -40.34
Consensus MFE -30.25
Energy contribution -29.34
Covariance contribution -0.91
Combinations/Pair 1.43
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 0.31
SVM RNA-class probability 0.683307
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 13013719 120 + 22407834
GAACGGGUCCGUGCAGCUGUUGAGCAAGUGGCGGGUAAUAAUCGCCCGAUCCAUCACCGUGCCGGAGGGAAGCACCACGGGGUCCGACAUUAGCGUGUCCAUCAGCGGAUCCUUGAACUC
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>DroVir_CAF1 44681 120 + 1
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>DroGri_CAF1 46347 120 + 1
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>DroWil_CAF1 60821 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 42031 120 + 1
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>DroAna_CAF1 44902 120 + 1
GAAUGGAUCUGUGCAGCUAUUGAGCAGAUGCCUGGUGAUGAUCGCCCGGUCCAUCACCGUGCCGGAGGGCAGCACCACUGGAUCGGACAUCAGGGUGUCCAUAAGCGGAUCCUUGAACUC
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>consensus
GAACGGAUCCGUGCAGCUAUUGAGCAGAUGACGUGUGAUAAUUGCACGAUCCAUCACAGUGCCAGAGGGCAACACAACUGGAUCCGACAUCAGCGUAUCCAUCAGCGGAUCCUUAAACUC
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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