Locus 4489

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 12,857,670 – 12,857,773
Length 103
Max. P 0.765891
window7061

overview

Window 1

Location 12,857,670 – 12,857,773
Length 103
Sequences 5
Columns 109
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.13
Mean single sequence MFE -24.20
Consensus MFE -19.56
Energy contribution -19.54
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.74
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.52
SVM RNA-class probability 0.765891
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12857670 103 - 22407834
UGUAA----AUCAGAAGCAGUGUACAUUUGAUAUAUGUAUGUAUG--UAGGCCAAAUCACGUAUCUGCUGAUUUGGGUAUUAAGGUAUUUGAUUUGUGAUACCGAAUUU
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>DroSec_CAF1 38208 105 - 1
UGUAC----AUCAAAAGCAGUGUACAUUUGAUAUACAUAUGUAUGUGUUGGCCAAAUCACGUAUCUGCUGAUUUGGGUAUUACGGUAUUUGAUUUGUGAUUCCGAAUUU
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>DroSim_CAF1 40728 105 - 1
UGUAC----AUCAGAAGCAGUGUACACUUGAUAUACAUAUGUAUGUGUUGGCCAAAUCACGUAUCUGCUGAUUUGGGUAUUAAGGUAUUUGAUUUGUGAUACCGAAUUU
.....----((((.((((((.((((.(((((((((((((....)))))...((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))).))))......... ( -26.80)
>DroEre_CAF1 44116 99 - 1
UGUACAUGCAUCAGAAGCAGUGUACAUUUGAUAUA----------UGUAACCCAAAUCACGUAUCUGCUGAUUUGGGUAUUAAGGUAUUUGAUUUGUGAUUUAGAAUUU
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>DroYak_CAF1 39692 95 - 1
CGUAC----AUCAGAAGCAGUGUACAAUUGAUAUG----------UGUAAGCCAAAUCACGUAUCUGCUGAUUUGGGUAUUAAUGUAUUUGAUUUGUGAUUUAGAGUUU
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>consensus
UGUAC____AUCAGAAGCAGUGUACAUUUGAUAUA__UAUGUAUGUGUAGGCCAAAUCACGUAUCUGCUGAUUUGGGUAUUAAGGUAUUUGAUUUGUGAUUCCGAAUUU
.........((((.((((((.((((.((((((((((((....)))).....((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))).))))......... (-19.56 = -19.54 +  -0.02)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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