Locus 4447

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 12,773,020 – 12,773,167
Length 147
Max. P 0.936136
window6993 window6994

overview

Window 3

Location 12,773,020 – 12,773,135
Length 115
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.05
Mean single sequence MFE -34.17
Consensus MFE -18.83
Energy contribution -19.70
Covariance contribution 0.87
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.11
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 1.25
SVM RNA-class probability 0.936136
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12773020 115 + 22407834
UGGAAAAGCAAGGAGCCUGCUGUAAGCUUACACUUCGAGUAUCUGGGUGCUUUCGAUUGUGUG----UGUGUGUGUGUUUAAGUUGCAGUUGCACUUGCAGCUGCAUAUUAAGUAUACG
......((((.(....)))))....((.(((((.((((((((....))))..))))..)))))----.))..((((((((((..(((((((((....)))))))))..)))))))))). ( -38.00)
>DroSec_CAF1 50012 93 + 1
U--------------------GUAAGCUUACACUUCGAGUAUCUGGGUGCUUUCGAUUGUGUG----UG--UGUGUGUUUGAGUUGCAGUUGCACUUGCAGCUGCAUAUUAAGUAUACG
.--------------------....((.(((((.((((((((....))))..))))..)))))----.)--)((((((((((..(((((((((....)))))))))..)))))))))). ( -34.40)
>DroSim_CAF1 50533 115 + 1
UGGAAAAGCAAGGAGCCUGCUGUAAGCUUACACUUCGAGUAUCUGGGUGCUUUCGAUUGUGUG----UGUGUGUGUGUUUGAGUUGCAGUUGCACUUGCAGCUGCAUAUUAAGUAUACG
......((((.(....)))))....((.(((((.((((((((....))))..))))..)))))----.))..((((((((((..(((((((((....)))))))))..)))))))))). ( -38.10)
>DroEre_CAF1 52069 111 + 1
UGGAAAUGCAAGUAGGUUUCUGUAAGCUUACACUUCGGGUAUCUGGGUGCUUGCCAUUGUGUU----UG----UGUGUUUGAGUUGCAGCUGCACUUGCAGCUGCAUAUUAAGUAUACG
...((((((((((((((((....))))))))....(((((((....)))))))...)))))))----)(----(((((((((..(((((((((....)))))))))..)))))))))). ( -41.50)
>DroYak_CAF1 52416 110 + 1
UGGAAAUGCAAGGCGCCUUCUGUAAGCUUACACUUGGAGUAUCUGGGUGCUUUCGAUUGUGUA----UG----UGUGUUUGAC-UCCAGUUGCACUGGCAGCUGCAUAUUAAGUAUACG
......((.(((((((((.((.((((......)))).)).....)))))))))))...(((((----((----(((((..(.(-(((((.....)))).))).))))))...)))))). ( -31.10)
>DroAna_CAF1 49989 117 + 1
CCGAACUGGAACAGGCCUUCUGUAUGUUUACCUCCAGACUAUCUCUGAGCCUUG--CUGUGUUCUGCUGUGGUGCUGUUUAAGUUGCAUUUUUGGUAGCACUUUCAUAUCAAGUAUACG
...((((.(((((((((....(((.(..(((...((((.....))))(((...)--)))))..))))...))).)))))).)))).....(((((((.........)))))))...... ( -21.90)
>consensus
UGGAAAUGCAAGGAGCCUUCUGUAAGCUUACACUUCGAGUAUCUGGGUGCUUUCGAUUGUGUG____UG__UGUGUGUUUGAGUUGCAGUUGCACUUGCAGCUGCAUAUUAAGUAUACG
.....................(((.((((((((...((((((....))))))......))))......................(((((((((....)))))))))....)))).))). (-18.83 = -19.70 +   0.87)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 12,773,059 – 12,773,167
Length 108
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.80
Mean single sequence MFE -39.26
Consensus MFE -24.38
Energy contribution -25.97
Covariance contribution 1.59
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -3.27
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 1.17
SVM RNA-class probability 0.925126
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12773059 108 + 22407834
UAUCUGGGUGCUUUCGAUUGUGUG----UGUGUGUGUGUUUAAGUUGCAGUUGCACUUGCAGCUGCAUAUUAAGUAUACGCCAAGUGGUCGGAAAGAUGAAGCACUCACCGG
....((((((((((((((..(...----((.((((((((((((..(((((((((....)))))))))..)))))))))))))).)..)))))).......)))))))).... ( -45.41)
>DroSec_CAF1 50031 106 + 1
UAUCUGGGUGCUUUCGAUUGUGUG----UG--UGUGUGUUUGAGUUGCAGUUGCACUUGCAGCUGCAUAUUAAGUAUACGCCAAGUGGUCGGAAAGAUGAAGCACUCACCGG
....((((((((((((((..(.((----.(--(((((((((((..(((((((((....)))))))))..)))))))))))))).)..)))))).......)))))))).... ( -45.71)
>DroSim_CAF1 50572 108 + 1
UAUCUGGGUGCUUUCGAUUGUGUG----UGUGUGUGUGUUUGAGUUGCAGUUGCACUUGCAGCUGCAUAUUAAGUAUACGCCAAGUGGUCGGAAAGAUGAAGCACUCACCGG
....((((((((((((((..(...----((.((((((((((((..(((((((((....)))))))))..)))))))))))))).)..)))))).......)))))))).... ( -45.51)
>DroEre_CAF1 52108 104 + 1
UAUCUGGGUGCUUGCCAUUGUGUU----UG----UGUGUUUGAGUUGCAGCUGCACUUGCAGCUGCAUAUUAAGUAUACGCCAAGUGGUCGGAAAGAUGAAGCACUCACCGG
....(((((((((((((((.....----((----(((((((((..(((((((((....)))))))))..)))))))))))...))))))..........))))))))).... ( -41.10)
>DroYak_CAF1 52455 103 + 1
UAUCUGGGUGCUUUCGAUUGUGUA----UG----UGUGUUUGAC-UCCAGUUGCACUGGCAGCUGCAUAUUAAGUAUACGCCAAGUGGUCGGAAAGAUGAAGCACUCACCGG
....((((((((((((((..(...----((----(((((((((.-..(((((((....)))))))....)))))))))))....)..)))))).......)))))))).... ( -33.21)
>DroAna_CAF1 50028 110 + 1
UAUCUCUGAGCCUUG--CUGUGUUCUGCUGUGGUGCUGUUUAAGUUGCAUUUUUGGUAGCACUUUCAUAUCAAGUAUACGCCGUGGGUACCGUGAGAAGAAGUCAUGGAAAG
...........((..--(.((((..((((.(((((.((.....(((((.......))))).....))))))))))).)))).)..))..((((((.......)))))).... ( -24.60)
>consensus
UAUCUGGGUGCUUUCGAUUGUGUG____UG__UGUGUGUUUGAGUUGCAGUUGCACUUGCAGCUGCAUAUUAAGUAUACGCCAAGUGGUCGGAAAGAUGAAGCACUCACCGG
....((((((((((....................(((((((((..(((((((((....)))))))))..)))))))))((((....)).)).......)))))))))).... (-24.38 = -25.97 +   1.59)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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