Locus 4385

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 12,625,992 – 12,626,242
Length 250
Max. P 0.922867
window6902 window6903 window6904 window6905 window6906 window6907

overview

Window 2

Location 12,625,992 – 12,626,112
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.11
Mean single sequence MFE -53.13
Consensus MFE -35.39
Energy contribution -35.53
Covariance contribution 0.15
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.76
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.57
SVM RNA-class probability 0.785204
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12625992 120 + 22407834
AUCACUGUCGCCACAGGAUUUUGCCCAGUUCCAUCAGCUAUUGCAGCAACGUCAAGUUGCGUUGACACAGCAGUUCAACAGCUACAUGGAGCUGCUGCGAAGUGGUUCCCUGGGCCUGGC
......((((((.(((((((((((.(((((((((.((((......(((((.....)))))(((((.((....)))))))))))..)))))))))..))))))).....)))))))..))) ( -45.10)
>DroVir_CAF1 64117 120 + 1
CUCCAUUUCGCCGCAGGACUUCGCCCAGUUCCAGCAGCUGCUGCAGCAGCGGCAGGUGGCGCUACAGCAGCAAUUCAAUAGCUACAUGGAGCUGCUGCGGAGCGGCUCGCUGGGCCUGCC
............(((((....)(((((((...(((.(((.((((((((((..((.(((((((....))(....)......))))).))..))))))))))))).))).))))))))))). ( -54.30)
>DroPse_CAF1 6984 120 + 1
CUCGCUGUCCCCCCAGGACUUUGCCCAGUUCCAGCAGCUGCUGCAGCAGCGGCAGGUGGCCCUCCAGCAGCAGUUCAACAGCUACAUGGAGCUGCUGCGCAGCGGAUCGCUGGGCCUGGC
...((.((((.....))))...))((((..(((((..(((((((.((((((((.((....))((((..(((.(.....).)))...)))))))))))))))))))...)))))..)))). ( -60.60)
>DroMoj_CAF1 60519 120 + 1
CUCCAUUUCGCAACAGGAUUUCUCUCAGCUCCAGCAGGUGCUGCAGCAGCGACAGGUCGCACUGCAGCAGCAGCUCAAUAGCUAUAUAGAACUGUUGCGCAGCGGCUCGCUGGGUCUGUC
.(((...........))).......(((..(((((((.((((((.(((((((....))))..))).(((((((.((.(((....))).)).))))))))))))).)).)))))..))).. ( -49.30)
>DroAna_CAF1 1675 120 + 1
AUCCCUGUCCCCGCAGGACUUUGCCCAGUUCCAGCAGCUACUGCAACAGAGGCAAGUGGCCCUUCAGCAGCAGUUCAACAGCUACAUGGAGCUGCUCAGGAGCGGCUCCCUGGGCUUGUC
...(((((....)))))((...((((((....(((((((.((((...((.(((.....)))))...)))).)))).....)))....(((((((((....)))))))))))))))..)). ( -48.90)
>DroPer_CAF1 7229 120 + 1
CUCGCUGUCCCCCCAGGACUUUGCCCAGUUCCAGCAGCUGCUGCAGCAGCGGCAGGUGGCCCUCCAGCAGCAGUUCAACAGCUACAUGGAGCUGCUGCGCAGCGGAUCGCUGGGCCUGGC
...((.((((.....))))...))((((..(((((..(((((((.((((((((.((....))((((..(((.(.....).)))...)))))))))))))))))))...)))))..)))). ( -60.60)
>consensus
CUCCCUGUCCCCACAGGACUUUGCCCAGUUCCAGCAGCUGCUGCAGCAGCGGCAGGUGGCCCUCCAGCAGCAGUUCAACAGCUACAUGGAGCUGCUGCGCAGCGGCUCGCUGGGCCUGGC
............(((((......((((((.((....(((((((...))))))).....((......((((((((((..((......))))))))))))...))))...))))))))))). (-35.39 = -35.53 +   0.15)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 12,625,992 – 12,626,112
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.11
Mean single sequence MFE -55.80
Consensus MFE -33.15
Energy contribution -33.85
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.72
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.660094
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12625992 120 - 22407834
GCCAGGCCCAGGGAACCACUUCGCAGCAGCUCCAUGUAGCUGUUGAACUGCUGUGUCAACGCAACUUGACGUUGCUGCAAUAGCUGAUGGAACUGGGCAAAAUCCUGUGGCGACAGUGAU
.....((((((((((....)))((..(((.(((((.(((((((((....((..((((((......))))))..))..)))))))))))))).))).)).....)))).)))......... ( -45.30)
>DroVir_CAF1 64117 120 - 1
GGCAGGCCCAGCGAGCCGCUCCGCAGCAGCUCCAUGUAGCUAUUGAAUUGCUGCUGUAGCGCCACCUGCCGCUGCUGCAGCAGCUGCUGGAACUGGGCGAAGUCCUGCGGCGAAAUGGAG
.......(((....(((((((((((((((((......)))).......((((((.((((((.(....).)))))).))))))))))).)))...((((...)))).)))))....))).. ( -54.00)
>DroPse_CAF1 6984 120 - 1
GCCAGGCCCAGCGAUCCGCUGCGCAGCAGCUCCAUGUAGCUGUUGAACUGCUGCUGGAGGGCCACCUGCCGCUGCUGCAGCAGCUGCUGGAACUGGGCAAAGUCCUGGGGGGACAGCGAG
.((((..((((((....(((((((((((((((((.(((((.(.....).))))))))).(((.....))))))))))).)))))))))))..))))((...((((.....)))).))... ( -64.60)
>DroMoj_CAF1 60519 120 - 1
GACAGACCCAGCGAGCCGCUGCGCAACAGUUCUAUAUAGCUAUUGAGCUGCUGCUGCAGUGCGACCUGUCGCUGCUGCAGCACCUGCUGGAGCUGAGAGAAAUCCUGUUGCGAAAUGGAG
......(((((((...)))))((((((((((((...(((((....(((.(.(((((((((((((....)))).))))))))).).)))..)))))..))))...))))))))....)).. ( -52.50)
>DroAna_CAF1 1675 120 - 1
GACAAGCCCAGGGAGCCGCUCCUGAGCAGCUCCAUGUAGCUGUUGAACUGCUGCUGAAGGGCCACUUGCCUCUGUUGCAGUAGCUGCUGGAACUGGGCAAAGUCCUGCGGGGACAGGGAU
.....(((((((((((.(((....))).)))))..((((((.....(((((.((....((((.....))))..)).))))))))))).....))))))...(((((..(....).))))) ( -53.80)
>DroPer_CAF1 7229 120 - 1
GCCAGGCCCAGCGAUCCGCUGCGCAGCAGCUCCAUGUAGCUGUUGAACUGCUGCUGGAGGGCCACCUGCCGCUGCUGCAGCAGCUGCUGGAACUGGGCAAAGUCCUGGGGGGACAGCGAG
.((((..((((((....(((((((((((((((((.(((((.(.....).))))))))).(((.....))))))))))).)))))))))))..))))((...((((.....)))).))... ( -64.60)
>consensus
GCCAGGCCCAGCGAGCCGCUGCGCAGCAGCUCCAUGUAGCUGUUGAACUGCUGCUGCAGGGCCACCUGCCGCUGCUGCAGCAGCUGCUGGAACUGGGCAAAGUCCUGCGGCGACAGGGAG
.((((((((((....((((....((((((((......))))))))..(((((((.(.((((........)))).).)))))))..)).))..))))))......))))............ (-33.15 = -33.85 +   0.70)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 12,626,032 – 12,626,152
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.72
Mean single sequence MFE -53.40
Consensus MFE -27.29
Energy contribution -26.10
Covariance contribution -1.19
Combinations/Pair 1.60
Mean z-score -2.02
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.66
SVM RNA-class probability 0.814870
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12626032 120 + 22407834
UUGCAGCAACGUCAAGUUGCGUUGACACAGCAGUUCAACAGCUACAUGGAGCUGCUGCGAAGUGGUUCCCUGGGCCUGGCACAGGACGAUCCGGCACUGACCGCCCAGGUGGCGGCAGCC
((((.(((((.....)))))(((((.((....))))))).(((((..(((((..((....))..)))))((((((..((..(((..(......)..))).))))))))))))).)))).. ( -49.70)
>DroVir_CAF1 64157 120 + 1
CUGCAGCAGCGGCAGGUGGCGCUACAGCAGCAAUUCAAUAGCUACAUGGAGCUGCUGCGGAGCGGCUCGCUGGGCCUGCCGCAGGACGAUCCCGCGCUGGCCACACAGGUGGCCGCGGCC
(((((((.((((((((((((((((..(.(....).)..))))......((((((((....)))))))))))..))))))))).((......))..)))((((((....)))))))))).. ( -60.80)
>DroGri_CAF1 27195 120 + 1
UUGCAGCAACGUCAGGUGGCACUGCCCCAGCAAUUCAACAGCUAUAUAGAGCUGCUGAGAAAUGGUUCGUUGGGUCUCUCCCCAGAUGACCCGGCGCUGGCAACUCAAGUGGCUGCCGCU
..............(((((((..((((((((..((((.(((((......))))).)))).........(((((((((((....))).)))))))))))))..((....)))))))))))) ( -46.40)
>DroYak_CAF1 7125 120 + 1
UUGCAGCAACGCCAAGUGGCGUUGACGCAGCAGUUCAACAGCUACAUGGAGCUGCUGAGGAGUGGUUCCCUGGGCUUGGCGCAGGAUGACCCUGCUCUGACCACCCAGGUGGCGGCGGCC
..((..(((((((....)))))))..))((((((((..((......))))))))))..((.((.((..((((((.(..(.(((((.....))))).)..)...))))))..)).))..)) ( -56.80)
>DroMoj_CAF1 60559 120 + 1
CUGCAGCAGCGACAGGUCGCACUGCAGCAGCAGCUCAAUAGCUAUAUAGAACUGUUGCGCAGCGGCUCGCUGGGUCUGUCGCAGGACGAUCCGGCAUUGGCUGGUCAGAUCGCUGCCGCU
..((.(((((((..((((((..(((.(((((((.((.(((....))).)).)))))))))))))))).((((((((.(((....))))))))))).((((....)))).))))))).)). ( -56.20)
>DroAna_CAF1 1715 120 + 1
CUGCAACAGAGGCAAGUGGCCCUUCAGCAGCAGUUCAACAGCUACAUGGAGCUGCUCAGGAGCGGCUCCCUGGGCUUGUCGCCCGAUGACCCGGCCUUGACCACCCAGGUGGCGGCAGCA
((((....(((((..(((((..((.(((....))).))..)))))..(((((((((....))))))))).((((.(..((....))..))))))))))(.((((....))))).)))).. ( -50.50)
>consensus
CUGCAGCAACGGCAAGUGGCGCUGCAGCAGCAGUUCAACAGCUACAUGGAGCUGCUGAGGAGCGGCUCCCUGGGCCUGUCGCAGGACGACCCGGCACUGACCACCCAGGUGGCGGCAGCC
..((......(((((((...........(((.........))).((..((((((((....))))))))..)).)))))))............((((.(.(((.....))).).)))))). (-27.29 = -26.10 +  -1.19)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 12,626,032 – 12,626,152
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.72
Mean single sequence MFE -53.33
Consensus MFE -27.32
Energy contribution -26.88
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.64
Mean z-score -2.10
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.85
SVM RNA-class probability 0.866501
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12626032 120 - 22407834
GGCUGCCGCCACCUGGGCGGUCAGUGCCGGAUCGUCCUGUGCCAGGCCCAGGGAACCACUUCGCAGCAGCUCCAUGUAGCUGUUGAACUGCUGUGUCAACGCAACUUGACGUUGCUGCAA
(((....))).(((((((((((((..(......)..))).)))..)))))))..........((((((((..((.((.((.(((((((....)).))))))).)).))..)))))))).. ( -50.30)
>DroVir_CAF1 64157 120 - 1
GGCCGCGGCCACCUGUGUGGCCAGCGCGGGAUCGUCCUGCGGCAGGCCCAGCGAGCCGCUCCGCAGCAGCUCCAUGUAGCUAUUGAAUUGCUGCUGUAGCGCCACCUGCCGCUGCUGCAG
((((((((((((....))))))..((((((.....)))))))).)))).((((...))))..((((((((.....(((((.........))))).((((......)))).)))))))).. ( -59.10)
>DroGri_CAF1 27195 120 - 1
AGCGGCAGCCACUUGAGUUGCCAGCGCCGGGUCAUCUGGGGAGAGACCCAACGAACCAUUUCUCAGCAGCUCUAUAUAGCUGUUGAAUUGCUGGGGCAGUGCCACCUGACGUUGCUGCAA
.((((((((...........(((((...(((((.(((....)))))))).............(((((((((......)))))))))...)))))(((...))).......)))))))).. ( -49.50)
>DroYak_CAF1 7125 120 - 1
GGCCGCCGCCACCUGGGUGGUCAGAGCAGGGUCAUCCUGCGCCAAGCCCAGGGAACCACUCCUCAGCAGCUCCAUGUAGCUGUUGAACUGCUGCGUCAACGCCACUUGGCGUUGCUGCAA
(((((((........)))))))..((((((((..(((((.((...)).))))).))).....(((((((((......))))))))).)))))(((.(((((((....))))))).))).. ( -57.70)
>DroMoj_CAF1 60559 120 - 1
AGCGGCAGCGAUCUGACCAGCCAAUGCCGGAUCGUCCUGCGACAGACCCAGCGAGCCGCUGCGCAACAGUUCUAUAUAGCUAUUGAGCUGCUGCUGCAGUGCGACCUGUCGCUGCUGCAG
.((((((((((((((.((.((....)).)).(((.....)))))))..(((...((.((((((((.((((((.(((....))).)))))).))).)))))))...))))))))))))).. ( -53.00)
>DroAna_CAF1 1715 120 - 1
UGCUGCCGCCACCUGGGUGGUCAAGGCCGGGUCAUCGGGCGACAAGCCCAGGGAGCCGCUCCUGAGCAGCUCCAUGUAGCUGUUGAACUGCUGCUGAAGGGCCACUUGCCUCUGUUGCAG
..((((.(((((....)))))..((((..((((.((((((.....))))..(((((.(((....))).)))))..(((((.(.....).))))).))..))))....)))).....)))) ( -50.40)
>consensus
GGCCGCCGCCACCUGGGUGGCCAGCGCCGGAUCAUCCUGCGACAGGCCCAGCGAACCACUCCGCAGCAGCUCCAUGUAGCUGUUGAACUGCUGCGGCAGCGCCACCUGACGCUGCUGCAA
.((((((........))))))....(((((.....))))).......................((((((((......))))))))......(((.((((((........)))))).))). (-27.32 = -26.88 +  -0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 12,626,152 – 12,626,242
Length 90
Sequences 6
Columns 92
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.72
Mean single sequence MFE -30.57
Consensus MFE -24.78
Energy contribution -24.67
Covariance contribution -0.11
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.47
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.49
SVM RNA-class probability 0.755046
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12626152 90 + 22407834
CAGUUCCUAAUGCAGAGCCAACUGCAGGCCCUCAGUCAGGCCAGUCAGCAAUUGCAGGCACUGCAGAAGCAACAGCAGCGCCAGGUGGAU--
....(((...(((((......)))))((((........)))).....((....)).(((.((((..........)))).)))....))).-- ( -28.20)
>DroVir_CAF1 64277 83 + 1
CAGUUCCUCAUGCAGAGCCAGAUGCAGGCACUGGCCCAGGCCACGCAGCAGCUGCAGGCGCUGCAGAAGCAGCAGGA---------AUCGCU
..((((((........(((...(((((((..((((....))))....))..))))))))(((((....)))))))))---------)).... ( -31.80)
>DroSec_CAF1 7103 90 + 1
CAGUUCCUAAUGCAGAGUCAACUGCAGGCCCUCAGCCAGGCCAGUCAGCAAUUGCAGGCACUGCAGAAGCAACAGCAGCGCCAAAUGGAU--
....(((...(((((......)))))((((........)))).....((....)).(((.((((..........)))).)))....))).-- ( -28.20)
>DroSim_CAF1 7188 90 + 1
CAGUUCCUAAUGCAGAGCCAACUGCAGGCCCUCAGCCAGGCCAGUCAGCAAUUGCAGGCACUGCAGAAGCAACAGCAGCGCCAAAUGGAU--
....(((...(((((......)))))((((........)))).....((....)).(((.((((..........)))).)))....))).-- ( -28.20)
>DroEre_CAF1 7047 90 + 1
CAGUUCCUAAUGCAGAGUCAACUGCAGGCCCUGAGCCAGGCCACCCAGCAGCUGCAGGCACUGCAGAAGCAGCAGCAGCGCCAGGCGGAU--
(((..(((...((((......)))))))..))).(((.(((......((..((((((...))))))..)).((....))))).)))....-- ( -33.20)
>DroMoj_CAF1 60679 83 + 1
CAGUUCCUGAUGCAGAGCCAGCUGCAGGCGCUGUCCCAGGCCACACAGCAGCUGCAGGCGCUGCAGAAGCAACAGGA---------GACGCU
..(((.((..(((((.(((((((((.(((.(((...)))))).....))))))...))).)))))..)).))).(..---------..)... ( -33.80)
>consensus
CAGUUCCUAAUGCAGAGCCAACUGCAGGCCCUCAGCCAGGCCACUCAGCAACUGCAGGCACUGCAGAAGCAACAGCAGCGCCA__UGGAU__
..(((.((..(((((.(((.......((((........)))).....((....)).))).)))))..)).)))................... (-24.78 = -24.67 +  -0.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 12,626,152 – 12,626,242
Length 90
Sequences 6
Columns 92
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.72
Mean single sequence MFE -38.03
Consensus MFE -27.67
Energy contribution -28.20
Covariance contribution 0.53
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.40
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 1.15
SVM RNA-class probability 0.922867
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 12626152 90 - 22407834
--AUCCACCUGGCGCUGCUGUUGCUUCUGCAGUGCCUGCAAUUGCUGACUGGCCUGACUGAGGGCCUGCAGUUGGCUCUGCAUUAGGAACUG
--.(((....((((((((.(......).))))))))((((...((..((((((((......)))))...)))..))..))))...))).... ( -39.20)
>DroVir_CAF1 64277 83 - 1
AGCGAU---------UCCUGCUGCUUCUGCAGCGCCUGCAGCUGCUGCGUGGCCUGGGCCAGUGCCUGCAUCUGGCUCUGCAUGAGGAACUG
.....(---------(((((((((....)))))((((((((...))))).)))..(((((((((....)).)))))))......)))))... ( -36.10)
>DroSec_CAF1 7103 90 - 1
--AUCCAUUUGGCGCUGCUGUUGCUUCUGCAGUGCCUGCAAUUGCUGACUGGCCUGGCUGAGGGCCUGCAGUUGACUCUGCAUUAGGAACUG
--.(((....((((((((.(......).))))))))((((...((((...(((((......)))))..))))......))))...))).... ( -35.60)
>DroSim_CAF1 7188 90 - 1
--AUCCAUUUGGCGCUGCUGUUGCUUCUGCAGUGCCUGCAAUUGCUGACUGGCCUGGCUGAGGGCCUGCAGUUGGCUCUGCAUUAGGAACUG
--.(((....((((((((.(......).))))))))((((...((..((((((((......)))))...)))..))..))))...))).... ( -39.20)
>DroEre_CAF1 7047 90 - 1
--AUCCGCCUGGCGCUGCUGCUGCUUCUGCAGUGCCUGCAGCUGCUGGGUGGCCUGGCUCAGGGCCUGCAGUUGACUCUGCAUUAGGAACUG
--.((((((..(((((((.(((((....)))))....))))).))..)))(((((......)))))(((((......)))))...))).... ( -44.60)
>DroMoj_CAF1 60679 83 - 1
AGCGUC---------UCCUGUUGCUUCUGCAGCGCCUGCAGCUGCUGUGUGGCCUGGGACAGCGCCUGCAGCUGGCUCUGCAUCAGGAACUG
...((.---------(((((.(((...(((((...)))))(((((((((.((((((...))).))))))))).)))...))).))))))).. ( -33.50)
>consensus
__AUCCA__UGGCGCUGCUGUUGCUUCUGCAGUGCCUGCAACUGCUGACUGGCCUGGCUCAGGGCCUGCAGUUGGCUCUGCAUUAGGAACUG
...................(((.((..(((((.((...(((((((.....(((((......))))).))))))))).)))))..)).))).. (-27.67 = -28.20 +   0.53)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:16:33 2006