Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,625,825 – 12,625,918 |
Length | 93 |
Max. P | 0.621586 |
Location | 12,625,825 – 12,625,918 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 6 |
Columns | 102 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 86.67 |
Mean single sequence MFE | -46.50 |
Consensus MFE | -36.49 |
Energy contribution | -36.55 |
Covariance contribution | 0.06 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -2.20 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.18 |
SVM RNA-class probability | 0.621586 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 12625825 93 - 22407834 GGCCAGCAACGGCGAGAUGCCACUACCCAUGGUGGAUGCCACAGCGGCGGCGGCUGCAGCCGCUGCUGCCAUGGAAUUGGGUGUGGUGGAGCC--------- ..........(((....((((((.(((((..((((...)))).(((((((((((....)))))))))))........)))))))))))..)))--------- ( -47.20) >DroSec_CAF1 6776 93 - 1 GGCCAGCAACGGCGAGAUGCCGCUACCCAUUGUGGAUGCCACAGCGGCGGCAGCUGCAGCCGCUGCUGCCAUGGAAUUGGGUGUGGUGGAGCC--------- ..........(((....((((((.(((((((((((...)))))).(((((((((.......))))))))).......)))))))))))..)))--------- ( -43.40) >DroSim_CAF1 6861 93 - 1 GGCCAGCAACGGCGAGAUGCCACUACCCAUUGUGGAUGCCACAGCGGCGGCAGCUGCAGCCGCUGCUGCCAUGGAAUUGGGUGUGGUGGAGCC--------- ..........(((....((((((.(((((((((((...)))))).(((((((((.......))))))))).......)))))))))))..)))--------- ( -43.80) >DroEre_CAF1 6720 93 - 1 GGCCAGCAACGGCGAGAUGCCACCACCCAUUGUGGAUGCCACAGCGGCGGCUGCUGCUGCCGCCGCUGCCAUGGAAUUGGGCGUGGUGGAUCC--------- .(((......)))..(((.(((((((((.....))..(((.((((((((((.......)))))))))).((......))))))))))))))).--------- ( -47.90) >DroYak_CAF1 6918 93 - 1 GGCCAGCAACGGCGAGAUGCCACUGCCCAUUGUGGAUGCCACGGCGGCGGCUGCUGCAGCCGCUGCUGCCAUGGAAUUGGGUGUGGUGGCUCC--------- .(((......)))(((..(((((.(((((..((((...))))(((((((((.((....)).))))))))).......))))))))))..))).--------- ( -48.90) >DroAna_CAF1 1499 102 - 1 GGCCAACAACGGAGAAAUCCCACUGGCCACCGUGGUGGCCACUGCCGCAGCUGCUGCAGCCGCCGCUGCCAUGGAUGUAGGUGUGGUGGCUCCACCGACUAC (((((.....(((....)))...))))).((((((((((..((((.((....)).))))..)))...)))))))..((((...(((((....))))).)))) ( -47.80) >consensus GGCCAGCAACGGCGAGAUGCCACUACCCAUUGUGGAUGCCACAGCGGCGGCUGCUGCAGCCGCUGCUGCCAUGGAAUUGGGUGUGGUGGAGCC_________ .(((......)))......(((((((((...((((...)))).((((((((.((....)).))))))))..........)).)))))))............. (-36.49 = -36.55 + 0.06)
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