Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,305,656 – 1,305,748 |
Length | 92 |
Max. P | 0.891913 |
Location | 1,305,656 – 1,305,748 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 92 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 88.55 |
Mean single sequence MFE | -21.89 |
Consensus MFE | -19.32 |
Energy contribution | -19.27 |
Covariance contribution | -0.05 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -1.87 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 0.97 |
SVM RNA-class probability | 0.891913 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 1305656 92 + 22407834 UCAUCCCUCGGAUCAAUAUAUCUACGUACAGAUAUGCAGGGAUAUUGGCUCGUAAUCCACGUGGAUUAUGUCAAAAUUGGUAUAUCAUAAAA ..((((((((.(((..(((......)))..))).)).)))))).(((((..(((((((....)))))))))))).................. ( -21.20) >DroSec_CAF1 64381 92 + 1 UCAUCCUUGGGAUCAAUAUAUCUACGUACAGAUAUGCAGGGAUAUUGGCUCGUAAUCCACGUGGAUUAUGUCAAAAUUGGUAUAUCAUAAAA ..(((((((.......(((((((......)))))))))))))).(((((..(((((((....)))))))))))).................. ( -21.81) >DroSim_CAF1 65277 92 + 1 UCAUCCUUGGGAUCAAUAUAUCUACGUACAGAUAUGCAGGGAUAUUGGCUCGUAAUCCAUGUGGAUUAUGUCAAAAUUGGUAUAUCAUAAAA ..(((((((.......(((((((......)))))))))))))).(((((..(((((((....)))))))))))).................. ( -21.81) >DroEre_CAF1 75882 92 + 1 UCAGCCUUGGGCUCAAUACAUCUACGUACAGAUAUGCAGGGAUAUUGGCCCGUAAUCCACGUGGAUUAUGUCAAAAUUGGUAUAUCAUAAAA ...(((..((((.(((((..(((.((((....)))).)))..)))))))))(((((((....))))))).........)))........... ( -26.40) >DroYak_CAF1 66844 92 + 1 UCAUCCUUGGGCUCAAUAUAGGUACGUACAGAUAUGCAGGGAUAUUGGCUCGUAAUCCACGUGGAUUAUGUCAAAAUUGGUAUAUCAUAAAA ....(((............)))........(((((((...(((.(((((..(((((((....)))))))))))).))).)))))))...... ( -20.20) >DroAna_CAF1 90429 76 + 1 --GCCCCUGGGCCCAAUA--------------UAUGCAUGAGUAUUGGCUCGUAAUCCACGUGGAUUAUGUCAAAAUUGGUAUAUCAUAAAA --(((....))).....(--------------(((((...(((.(((((..(((((((....)))))))))))).))).))))))....... ( -19.90) >consensus UCAUCCUUGGGAUCAAUAUAUCUACGUACAGAUAUGCAGGGAUAUUGGCUCGUAAUCCACGUGGAUUAUGUCAAAAUUGGUAUAUCAUAAAA ..((((...)))).................(((((((...(((.(((((..(((((((....)))))))))))).))).)))))))...... (-19.32 = -19.27 + -0.05)
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